PDB-3ckj: Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ckj

タイトル

Crystal Structure of a Mycobacterial Protein

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / mycobacteria

機能・相同性

機能・相同性情報

glucosyl-3-phosphoglycerate synthase / glycosyltransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Marland, Z. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a UDP-glucose-specific glycosyltransferase from a Mycobacterium species.
著者: Fulton, Z. / McAlister, A. / Wilce, M.C. / Brammananth, R. / Zaker-Tabrizi, L. / Perugini, M.A. / Bottomley, S.P. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2008年3月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ckj.cif.gz	74.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ckj.ent.gz	55.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ckj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ckj_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ckj_full_validation.pdf.gz	476.5 KB	表示
XML形式データ	3ckj_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3ckj_validation.cif.gz	20.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ck/3ckj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cknC 3ckoC 3ckqC 3ckvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y7g-1 3ckn-1 3cko-1 3ckv-1 3a2m-d 5juc-1 4dec-1 3e25-1 4y9x-1 1rrk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (3) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

35.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.6, 86.6, 104.3
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein 分子量: 34827.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア) 株: K-10 / 参照: UniProt: Q73WU1
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.6 M mono-Ammonium dihydrogen phosphate, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9793, 0.9794, 0.9641, 1.0

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9793	1
2	0.9794	1
3	0.9641	1
4	1	1

反射

解像度: 1.8→100 Å / Num. all: 37229 / Num. obs: 35916 / 冗長度: 4.6 % / R_sym value: 0.03

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.505

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 4.412 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20124	1158	3.1 %	RANDOM
R_work	0.19011	-	-	-
obs	0.19046	35916	99.08 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2244	0	42	102	2388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.568	2.007	3282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.571	5	318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.923	22.967	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.17	15	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.089	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1812
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.218	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.5	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	2	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.36	3	918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.581	4.5	800

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	87	-
R_work	0.296	2616	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.0543	1.9777	-2.4855	2.9704	3.0422	4.5971	-0.5641	-0.3296	-0.1174	1.0763	0.3848	0.2851	0.9873	1.0152	0.1794	0.9149	0.3623	-0.0357	0.1209	0.2217	0.1588	26.2099	7.3268	23.1954
2	3.0931	-1.289	0.6082	4.6852	0.2708	4.0177	-0.3836	-0.5225	-0.176	1.1378	0.1376	0.9268	0.6617	-0.1457	0.246	0.5267	-0.0245	0.3229	0.1543	0.1057	0.1477	9.6305	21.8245	28.4576
3	2.8476	0.7334	-1.3513	6.0615	-0.7241	4.0461	-0.0422	-0.4502	0.0171	0.6398	0.0416	0.88	-0.2176	-0.3839	0.0007	0.1836	0.0623	0.0964	0.093	-0.0755	0.309	6.0569	37.4445	20.7474
4	1.5082	-1.1722	-0.4725	4.0881	-0.7114	2.9066	-0.2602	-0.4616	-0.0445	0.7391	0.1161	0.5216	0.1962	-0.2209	0.1442	0.2429	0.0207	0.0982	0.0728	-0.0005	0.1355	12.1616	29.5981	23.5026
5	4.1014	-0.4285	-1.7497	4.9046	-0.5079	4.5377	-0.3028	-0.608	-0.3818	1.0373	0.1655	0.2983	0.7762	0.2628	0.1372	0.6476	0.1365	0.0937	0.1681	0.1207	0.1955	19.0797	16.5631	26.1864
6	1.4323	-0.9842	-0.6685	3.0707	1.3111	3.5011	-0.1261	-0.219	-0.0814	0.3875	0.0972	0.1236	0.2838	0.1163	0.0289	0.1551	0.0118	-0.0361	0.0534	0.0131	0.1199	22.5374	24.4483	13.7173
7	6.3477	3.2681	-0.8668	7.9402	-0.1833	4.0544	-0.2791	-0.4128	-0.0277	0.7836	0.2539	-0.0493	0.4959	0.5714	0.0252	0.3976	0.1597	-0.0604	0.1443	0.033	0.0954	25.837	20.071	20.6647
8	0.5972	-1.7664	3.7977	5.2246	-11.233	24.1511	-0.2919	0.3257	-0.7052	0.8259	0.0157	0.7357	0.9558	-0.9956	0.2762	0.3724	-0.1331	0.0966	0.2374	0.0982	0.6037	5.9766	16.7813	9.81
9	3.8072	-0.1301	1.6792	2.6144	0.8832	4.1807	0.0333	0.1597	-0.0951	-0.0709	-0.1127	0.2814	-0.0866	-0.1946	0.0794	0.0865	0.0083	-0.0472	0.069	-0.0253	0.1898	13.7335	28.1154	-2.9756
10	4.3242	-0.0995	0.499	6.9707	3.1319	9.1271	-0.0821	-0.5158	0.2809	0.716	0.0744	0.0359	-0.2338	0.1029	0.0077	0.262	0.0025	-0.0357	0.0611	-0.0749	0.232	18.4947	41.2903	19.3539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	15 - 26	15 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	27 - 98	27 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	99 - 120	99 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	121 - 143	121 - 143
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	144 - 172	144 - 172
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	173 - 244	173 - 244
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	245 - 261	245 - 261
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	262 - 268	262 - 268
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	269 - 315	269 - 315
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	316 - 329	316 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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