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- PDB-3cki: Crystal structure of the TACE-N-TIMP-3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cki
タイトルCrystal structure of the TACE-N-TIMP-3 complex
要素
  • ADAM 17
  • Metalloproteinase inhibitor 3
キーワードHydrolase / hydrolase inhibitor / extra-cellular matrix / catalytic zinc / sA-sB loop / Alternative splicing / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Membrane / Metal-binding / Metalloprotease / Notch signaling pathway / Phosphoprotein / Protease / SH3-binding / Transmembrane / Zymogen / Disease mutation / Extracellular matrix / Metalloenzyme inhibitor / Metalloprotease inhibitor / Secreted / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


: / ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / platelet dense granule lumen / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant ...: / ADAM 17 endopeptidase / regulation of mast cell apoptotic process / signal release / platelet dense granule lumen / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / metalloendopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / cellular response to high density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / metalloendopeptidase inhibitor activity / Notch receptor processing / interleukin-6 receptor binding / tumor necrosis factor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / TNF signaling / positive regulation of leukocyte chemotaxis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Regulated proteolysis of p75NTR / commissural neuron axon guidance / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / neutrophil mediated immunity / germinal center formation / Notch binding / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cold-induced thermogenesis / CD163 mediating an anti-inflammatory response / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell adhesion mediated by integrin / Signaling by EGFR / amyloid precursor protein catabolic process / cytokine binding / Collagen degradation / membrane protein ectodomain proteolysis / basement membrane / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Growth hormone receptor signaling / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of chemokine production / spleen development / response to hormone / Notch signaling pathway / visual perception / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / extracellular matrix / response to cytokine / B cell differentiation / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / PDZ domain binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell motility / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein processing / metalloendopeptidase activity / SH3 domain binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / metallopeptidase activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / integrin binding / Platelet degranulation / peptidase activity / actin cytoskeleton / T cell differentiation in thymus / positive regulation of cell growth / : / endopeptidase activity / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / defense response to Gram-positive bacterium / cell adhesion / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / response to xenobiotic stimulus / Golgi membrane / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain ...Protease inhibitor I35 (TIMP) / Proteinase inhibitor I35b (TIMP), C-terminal / Tissue inhibitor of metalloproteinase, conserved site / Tissue inhibitor of metalloproteinase / Tissue inhibitors of metalloproteinases signature. / Tissue inhibitor of metalloproteinase family. / ADAM17, membrane-proximal domain / Membrane-proximal domain, switch, for ADAM17 / Metallo-peptidase family M12 / ADAM10/ADAM17 catalytic domain / : / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #120 / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metalloproteinase inhibitor 3 / Disintegrin and metalloproteinase domain-containing protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Goettig, P. / Maskos, K. / Belouski, E. / Winters, D. / Hecht, R. / Black, R. / Bode, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural determinants of the ADAM inhibition by TIMP-3: crystal structure of the TACE-N-TIMP-3 complex.
著者: Wisniewska, M. / Goettig, P. / Maskos, K. / Belouski, E. / Winters, D. / Hecht, R. / Black, R. / Bode, W.
履歴
登録2008年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ADAM 17
B: Metalloproteinase inhibitor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0164
ポリマ－42,9282
非ポリマー882
水3,423190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.447, 70.447, 156.728
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ADAM 17 / A disintegrin and metalloproteinase domain 17 / TNF-alpha-converting enzyme / TNF-alpha convertase ...A disintegrin and metalloproteinase domain 17 / TNF-alpha-converting enzyme / TNF-alpha convertase / Snake venom-like protease / CD156b antigen


分子量: 28954.457 Da / 分子数: 1 / 断片: TACE catalytic domain (UNP RESIDUES 219-474) / 変異: S266A, N452Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADAM17, CSVP, TACE / 細胞株 (発現宿主): CHO / 器官 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P78536, ADAM 17 endopeptidase
#2: タンパク質 Metalloproteinase inhibitor 3 / TIMP-3 / Tissue inhibitor of metalloproteinases 3 / Protein MIG-5


分子量: 13973.272 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TIMP-3 (UNP RESIDUES 24-144) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIMP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35625
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 309 K / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate/acetic acid, 25% polyethylene glycol 3,350, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 309K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW611.282
シンクロトロンMPG/DESY, HAMBURG BW621.280,1.2825,1.2790
検出器
タイプID検出器日付詳細
MAR CCD 165 mm1CCD2006年12月13日MIRRORS
MAR CCD 165 mm2CCD2006年12月13日MIRRORS
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SI 111 CHANNELMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.2821
21.281
31.28251
41.2791
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 16708 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 31.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 8.2 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: 1BKC

1bkc


解像度: 2.3→19.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1392278.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 922 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 18136 99.2 %-
all-16125 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.3794 Å2 / ksol: 0.286424 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 46.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2--1.93 Å20 Å2
3----1.33 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.3 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.32 Å0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 2 190 3201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.381.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.812
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.352
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.722.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 100 5.9 %
Rwork0.302 1585 -
obs--94.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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