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- PDB-3ckf: The crystal structure of OspA deletion mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ckf
タイトルThe crystal structure of OspA deletion mutant
要素Outer surface protein A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / beta-sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel ...C1 set domains (antibody constant domain-like) / Outer Surface Protein A; domain 3 - #1 / Outer surface lipoprotein, Borrelia / Outer surface lipoprotein domain superfamily / Borrelia lipoprotein / Outer Surface Protein A; domain 3 / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer surface protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Makabe, K. / Koide, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: The promiscuity of beta-strand pairing allows for rational design of beta-sheet face inversion
著者: Makabe, K. / Koide, S.
履歴
登録2008年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年4月16日Group: Structure summary
改定 1.32017年8月16日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer surface protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8531
ポリマ－23,8531
非ポリマー00
水7,819434
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.303, 53.910, 55.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.76, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Outer surface protein A


分子量: 23852.650 Da / 分子数: 1
変異: E37S,E45S,K46S,K48A,K60A,K64S,K83A,E104S,K107S,K216S,E217S,K231S
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: ospA / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q45040
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SEQUENCE DATABASE REFERENCE RESIDUES 116-138 WERE DELETED IN THE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.45
詳細: 38% PEG400, 0.1M Imidazole, 0.05M MgSO4, 11mg/ml, pH 6.45, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 54134 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.25→1.29 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.231 / Mean I/σ(I) obs: 5.18 / Num. unique all: 4716 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2G8C

2g8c


解像度: 1.25→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.556 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1917 2742 5.1 %RANDOM
Rwork0.15595 ---
all0.1578 51336 --
obs0.1578 51336 96.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å20 Å20.76 Å2
2--1.6 Å20 Å2
3----1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 0 434 2066
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221699
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9892312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72633731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7875243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69227.96354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.92415337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg1.182152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.2317
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1940.21627
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0910.21095
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1840.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5791.51422
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6731.5477
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.06821841
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1813632
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.324.5460
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.42133711
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free5.5423434
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.1233256
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.215 173 -
Rwork0.187 3204 -
obs--81.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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