PDB-3cjt: Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cjt

タイトル

Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) in complex with dimethylated ribosomal protein L11

要素

50S ribosomal protein L11
Ribosomal protein L11 methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE/RIBOSOMAL PROTEIN / S-Adenosyl-L-Methionine dependent methyltransferase / post-translational modification / multi-specific trimethylation / Ribonucleoprotein / Ribosomal protein / RNA-binding / rRNA-binding / TRANSFERASE-RIBOSOMAL PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-lysine N-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / large ribosomal subunit rRNA binding / methylation / cytosolic large ribosomal subunit / structural constituent of ribosome / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Multiple-Site Trimethylation of Ribosomal Protein L11 by the PrmA Methyltransferase.
著者: Demirci, H. / Gregory, S.T. / Dahlberg, A.E. / Jogl, G.

履歴

登録	2008年3月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3cjt.ent.gz	478 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3cjt_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cjt_full_validation.pdf.gz	3 MB	表示
XML形式データ	3cjt_validation.xml.gz	127.5 KB	表示
CIF形式データ	3cjt_validation.cif.gz	177.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/3cjt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cjqC 3cjrC 3cjsC 3egvC 2nxcS 2nxnS 1ufk 2nxe 2nxj S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4k81-3 7jw2-d 3bex-1 4au7-d 4rqi-1 2c26-d 2gqp-d 3lo5-d 3fal-2 5tss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (3)
#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (3)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (3)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

B: 50S ribosomal protein L11

C: Ribosomal protein L11 methyltransferase

D: 50S ribosomal protein L11

E: Ribosomal protein L11 methyltransferase

F: 50S ribosomal protein L11

G: Ribosomal protein L11 methyltransferase

H: 50S ribosomal protein L11

I: Ribosomal protein L11 methyltransferase

J: 50S ribosomal protein L11

K: Ribosomal protein L11 methyltransferase

L: 50S ribosomal protein L11

M: Ribosomal protein L11 methyltransferase

N: 50S ribosomal protein L11

O: Ribosomal protein L11 methyltransferase

P: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

350 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Ribosomal protein L11 methyltransferase

B: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

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44 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ribosomal protein L11 methyltransferase

D: 50S ribosomal protein L11

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3

E: Ribosomal protein L11 methyltransferase

F: 50S ribosomal protein L11

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4

G: Ribosomal protein L11 methyltransferase

H: 50S ribosomal protein L11

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5

I: Ribosomal protein L11 methyltransferase

J: 50S ribosomal protein L11

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6

K: Ribosomal protein L11 methyltransferase

L: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

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7

M: Ribosomal protein L11 methyltransferase

N: 50S ribosomal protein L11

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8

O: Ribosomal protein L11 methyltransferase

P: 50S ribosomal protein L11

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.822, 69.943, 379.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.47, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

-
タンパク質 , 2種, 16分子 ACEGIKMOBDFHJLNP

#1: タンパク質	Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase 分子量: 27594.738 Da / 分子数: 8 / 変異: H104A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Star 参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: タンパク質	50S ribosomal protein L11 分子量: 15526.111 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: rplK, rpl11 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) prmA::TC / 参照: UniProt: P36238

#1: タンパク質

Ribosomal protein L11 methyltransferase / L11 Mtase

分子量: 27594.738 Da / 分子数: 8 / 変異: H104A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: prmA / プラスミド: pET30b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Star
参照: UniProt: Q84BQ9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: タンパク質

50S ribosomal protein L11

分子量: 15526.111 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: rplK, rpl11 / プラスミド: pET11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) prmA::TC / 参照: UniProt: P36238

-
非ポリマー , 7種, 1911分子

#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-2MM / N,N-dimethyl-L-methionine 分子量: 177.264 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₅NO₂S
#8: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.15 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5.8 詳細: 200mM magnesium nitrate hexahydrate, 20% w/v PEG3350, 4mM AdoMet, pH 5.8, microbatch under oil, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月15日詳細: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer and vertical focusing mirror
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochrometer and vertical focusing mirror プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 157914 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.364 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 12404 / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entries 2NXC, 2NXN

2nxc

2nxn

解像度: 2.3→29.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 11.637 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2593	7909	5 %	RANDOM
R_work	0.19442	-	-	-
obs	0.19765	149975	96.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21338	0	296	1885	23519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	22163
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.996	30175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.326	5	2795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.514	22.861	846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.687	15	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.195	15	172
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	3336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	16884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	10339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	14556
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.647	1.5	14469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.071	2	22368
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.715	3	8948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.802	4.5	7806
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.355 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	449	-
R_work	0.241	8149	-
obs	-	8149	71.84 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9783	0.825	0.2055	1.6675	-1.0267	5.0288	0.0527	-0.0828	0.029	-0.1045	0.0102	0.0438	-0.1683	-0.188	-0.0628	-0.0591	0.0323	-0.0096	0.0011	-0.0034	-0.092	-15.5156	3.0162	-1.8632
2	0.8022	0.0989	-0.107	0.7943	-0.0702	0.7221	0.0423	-0.0107	0.0022	0.0881	-0.0689	-0.0711	-0.0302	-0.0296	0.0265	-0.0579	-0.0226	-0.0225	-0.0257	0.0167	-0.0114	-9.8064	-1.505	41.6133
3	0.5253	-0.2482	-0.3411	1.8624	0.3673	3.277	0.0823	0.0789	-0.0335	-0.0948	-0.0188	-0.0491	0.0593	0.0022	-0.0635	-0.08	-0.0134	-0.0042	0.0146	0.0212	-0.0369	-9.6725	-3.1319	13.9721
4	4.2058	0.8959	-1.1278	2.8607	-0.5877	8.0135	0.6895	-0.2898	0.0167	0.3364	0.0094	0.17	0.9406	-0.2993	-0.6989	0.0746	-0.0273	-0.2393	-0.1503	0.0176	-0.0749	-18.8028	-17.1195	-7.8898
5	3.8204	1.1076	-0.5012	5.3437	1.3619	6.7474	0.0386	-0.3167	0.3665	-0.341	-0.1088	-0.3322	-0.4804	-0.0508	0.0702	-0.2079	-0.0353	0.0337	-0.09	0.0093	-0.0043	43.7962	15.576	58.7521
6	0.6346	-0.4068	-0.0099	1.1012	-0.6536	1.2324	0.0615	-0.0192	0.0097	0.0526	0.0217	0.0626	-0.0416	0.0066	-0.0831	-0.0081	-0.0552	-0.0133	-0.0887	0.0092	-0.0273	5.2114	13.4545	65.2445
7	4.3502	1.4762	0.2553	7.3314	-2.0845	3.8398	0.2418	-0.7096	0.5722	0.489	-0.3198	-0.2509	-0.4586	-0.1761	0.0781	-0.1397	-0.0977	-0.0055	0.077	-0.1747	-0.1283	34.762	17.1459	74.1783
8	2.3104	0.3654	0.8075	1.8652	-0.2318	5.2864	-0.0215	-0.0284	-0.0327	0.0112	0.0991	-0.0673	0.1663	0.1278	-0.0776	0.004	0.0286	0.0024	-0.0532	0.0137	-0.1199	16.6665	-30.0889	96.6312
9	1.0954	-0.0179	0.0064	0.6347	0.1051	0.5755	-0.0565	0.0966	0.0773	-0.0032	0.0134	0.0101	0.0423	0.0159	0.0431	-0.0286	-0.0283	-0.0181	-0.0568	0.0278	-0.0117	12.6522	-24.0582	53.2423
10	1.6439	-0.3446	-0.1518	1.0207	-0.2524	2.918	-0.0059	-0.112	-0.0145	0.0939	0.0521	0.0358	-0.0355	-0.068	-0.0462	-0.0009	-0.0312	-0.0247	-0.0572	0.0051	-0.0494	10.7703	-24.1051	80.811
11	2.2707	1.475	1.0507	4.0541	2.4813	9.5457	0.0299	0.3787	-0.0173	-0.0895	0.5842	0.1415	0.1432	-1.3306	-0.6141	-0.1538	-0.1011	-0.0343	0.14	0.2962	-0.104	-4.1489	-34	102.2058
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14	5.8548	1.1199	1.6426	3.2185	0.309	4.1411	-0.322	0.308	0.2163	-0.6359	0.3029	-0.3708	0.1654	0.415	0.0191	0.0619	-0.0965	0.1154	-0.1816	-0.0046	-0.0857	31.5233	20.6698	20.7581
15	2.6298	-0.2172	-1.0535	2.4637	-0.3539	5.1265	-0.0372	0.0596	0.0572	0.0588	0.1311	-0.0975	-0.108	0.1184	-0.0938	0.0005	-0.0249	-0.0029	-0.0599	0.0121	-0.1191	16.8285	1.0376	93.1227
16	1.2025	-0.0138	-0.0244	0.8603	0.0718	0.7563	-0.0625	-0.0868	-0.0975	0.0334	0.0168	0.0324	-0.0458	0.029	0.0457	-0.0153	0.0267	0.0266	-0.0638	0.0378	-0.0361	11.7573	-4.952	136.4565
17	1.5344	0.093	0.3296	1.4032	0.3971	3.5187	0.0065	0.1007	0.0002	-0.0698	0.0592	0.0558	0.0319	-0.0716	-0.0657	-0.0157	0.0151	0.0251	-0.0626	0.015	-0.0557	10.4621	-4.8584	108.8865
18	2.4561	-0.7372	-1.5995	4.0199	2.6682	11.706	-0.051	-0.2891	-0.0732	0.2215	0.5361	-0.0665	-0.3382	-1.3008	-0.485	-0.1489	0.0623	0.002	0.1314	0.2344	-0.1556	-3.2271	4.4787	86.8185
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21	8.56	-1.5186	-3.8497	6.4542	1.6068	6.0783	-0.3954	-0.7632	-0.2969	0.6562	0.3059	-0.381	-0.2725	0.8145	0.0896	0.0764	0.1149	-0.2243	-0.1955	0.0301	-0.2146	30.434	-49.6802	168.997
22	3.1763	-0.8271	-0.0102	3.0779	-0.4925	5.6342	0.117	0.0555	-0.0967	0.0774	-0.078	0.0974	0.1372	-0.1829	-0.039	-0.0468	-0.0345	0.0274	-0.0041	-0.0037	-0.1565	-17.1776	-32.0354	191.2249
23	0.8221	0.0263	0.0511	1.0534	-0.0652	0.7936	0.0155	0.0077	0.0298	-0.0971	-0.0608	-0.0763	0.0399	-0.0339	0.0453	-0.0386	0.0238	0.049	-0.0402	0.0262	-0.0343	-10.8261	-27.4844	147.9184
24	0.4778	0.1157	0.1893	1.9442	0.0102	3.3305	0.0126	-0.0688	0.0345	0.1055	0.0022	0.02	-0.0673	0.0502	-0.0148	-0.0436	0.0262	0.0191	0.0051	0.0166	-0.0711	-11.0616	-25.9135	175.4395
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26	2.6675	-0.8039	0.857	6.1789	2.697	8.0536	0.0027	0.2549	-0.4416	0.4413	-0.1734	-0.3638	0.4042	0.0839	0.1708	-0.2472	0.0251	0.0055	-0.0947	0.0244	0.0014	42.9793	-44.6042	130.932
27	0.6923	0.4716	-0.0329	1.3859	-0.7677	1.4208	0.0671	0.0073	0.0118	-0.1	0.0223	0.1218	0.0542	0.0246	-0.0894	0.0095	0.0484	0.0298	-0.1051	0.0191	-0.0447	4.4261	-42.4558	124.3235
28	4.1595	-3.1611	0.4049	8.1697	-3.7206	5.243	0.2702	0.8678	-0.7662	-0.4445	-0.2077	-0.2529	0.7081	-0.2079	-0.0625	-0.1248	0.0457	0.0134	0.08	-0.256	-0.1877	33.9956	-46.2693	115.4792

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 54	1 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	67 - 254	67 - 254
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	2 - 70	2 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	72 - 140	72 - 140
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 54	1 - 54
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	67 - 254	67 - 254
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	2 - 70	2 - 70
8	X-RAY DIFFRACTION	8	E	E	1 - 54	1 - 54
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	E	67 - 254	67 - 254
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	F	2 - 70	2 - 70
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	F	72 - 140	72 - 140
12	X-RAY DIFFRACTION	12	G	G	1 - 54	1 - 54
13	X-RAY DIFFRACTION	13	G	G	67 - 254	67 - 254
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	H	2 - 70	2 - 70
15	X-RAY DIFFRACTION	15	I	I	1 - 54	1 - 54
16	X-RAY DIFFRACTION	16	I	I	67 - 254	67 - 254
17	X-RAY DIFFRACTION	17	J	J	2 - 70	2 - 70
18	X-RAY DIFFRACTION	18	J	J	72 - 140	72 - 140
19	X-RAY DIFFRACTION	19	K	K	1 - 54	1 - 54
20	X-RAY DIFFRACTION	20	K	K	67 - 254	67 - 254
21	X-RAY DIFFRACTION	21	L	L	2 - 70	2 - 70
22	X-RAY DIFFRACTION	22	M	M	1 - 54	1 - 54
23	X-RAY DIFFRACTION	23	M	M	67 - 254	67 - 254
24	X-RAY DIFFRACTION	24	N	N	2 - 70	2 - 70
25	X-RAY DIFFRACTION	25	N	N	72 - 140	72 - 140
26	X-RAY DIFFRACTION	26	O	O	1 - 54	1 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	27	O	O	67 - 254	67 - 254
28	X-RAY DIFFRACTION	28	P	P	2 - 70	2 - 70

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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