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万見
- PDB-3cjj: Crystal structure of human rage ligand-binding domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cjj
タイトルCrystal structure of human rage ligand-binding domain
要素Advanced glycosylation end product-specific receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / SIGNALING PROTEIN / immunoglobulin domain / Glycoprotein / Membrane / Secreted / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression ...advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / positive regulation of endothelin production / regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / glucose mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte extravasation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of DNA-templated DNA replication / positive regulation of dendritic cell differentiation / negative regulation of long-term synaptic depression / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / induction of positive chemotaxis / transcytosis / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / protein localization to membrane / regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / regulation of spontaneous synaptic transmission / scavenger receptor activity / laminin receptor activity / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / negative regulation of long-term synaptic potentiation / phagocytic cup / phagocytosis / transport across blood-brain barrier / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / fibrillar center / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / cell junction / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / molecular adaptor activity / histone binding / learning or memory / response to hypoxia / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynapse / apical plasma membrane / inflammatory response / protein-containing complex binding / cell surface / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...: / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Koch, M. / Dattilo, B.M. / Schiefner, A. / Diez, J. / Chazin, W.J. / Fritz, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural basis for ligand recognition and activation of RAGE.
著者: Koch, M. / Chitayat, S. / Dattilo, B.M. / Schiefner, A. / Diez, J. / Chazin, W.J. / Fritz, G.
履歴
登録2008年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Advanced glycosylation end product-specific receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3296
ポリマ－24,0091
非ポリマー3215
水4,125229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.850, 119.960, 28.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Advanced glycosylation end product-specific receptor / Receptor for advanced glycosylation end products


分子量: 24008.531 Da / 分子数: 1 / 断片: V and C1 domain, ligand-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Origami B / 参照: UniProt: Q15109
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na cacodylate, 0.2M Zn acetate, 11% PEG 8000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.008, 1.28, 1.283
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月21日
放射モノクロメーター: Al FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0081
21.281
31.2831
ReflectionAv σ(I) over netI: 10.5 / 数: 127070 / Rmerge(I) obs: 0.073 / D res high: 2 Å / Num. obs: 33893 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)IDRmerge(I) obs
1035.182097810.032
61098599.210.04
5691210010.045
45206699.910.052
34582099.810.065
2.73374299.910.084
2.22.71168810010.145
22.2847110010.276
反射解像度: 1.85→35.18 Å / Num. obs: 23066 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.657 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 11.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.85-20.5893.23354147121100
2-2.20.29963191944841100
2.2-2.70.15710.54407262401100
2.7-30.09316.71396620231100
3-40.072212143531871100
4-50.05623.1776611631100
5-60.04822.834385241100
6-100.04622.43719590199.2
10-35.180.04119.9710143177.3

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.85→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.375 / SU ML: 0.114 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1154 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.21 23063 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.02 Å20 Å20 Å2
2---1.05 Å20 Å2
3---2.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1687 0 8 229 1924
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9881.9822389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1275224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.08223.23971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.16815293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.1051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021347
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2770
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21133
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2120.2180
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2020.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1461.51139
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87621804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6953694
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4664.5582
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.301 84 -
Rwork0.275 1595 -
all-1679 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9504-0.2360.29784.0614-1.19470.92670.1025-0.1309-0.4383-0.031-0.1556-0.32210.04460.01870.05310.1136-0.0058-0.01740.06710.02760.044848.0472.82512.239
22.3318-1.96351.81112.9834-2.3892.51-0.03430.16950.33650.1198-0.1555-0.1816-0.13910.10830.18980.09780.0317-0.01320.05750.0517-0.00334.69538.963-5.625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA22 - 1231 - 102
2X-RAY DIFFRACTION2AA124 - 240103 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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