PDB-3ciq: A regulatable switch mediates self-association in an immunoglobul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ciq

タイトル

A regulatable switch mediates self-association in an immunoglobulin fold

要素

Beta-2-microglobulin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / class-1 MHC / amyloid / protein folding / dialysis-related amyloidosis / beta-2 microglobulin / Disease mutation / Glycation / Glycoprotein / Immune response / Immunoglobulin domain / MHC I / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Calabrese, M.F. / Eakin, C.M. / Wang, J.M. / Miranker, A.D.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: A regulatable switch mediates self-association in an immunoglobulin fold.
著者: Calabrese, M.F. / Eakin, C.M. / Wang, J.M. / Miranker, A.D.

履歴

登録	2008年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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検証レポート

文書・要旨	3ciq_validation.pdf.gz	515 KB	表示	wwPDB検証レポート
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ciq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ciq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2f8o
類似構造データ	3mzt-d 1vub-3 5nmr-d 1j5y-2 5j9i-d 4noe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-2-microglobulin

B: Beta-2-microglobulin

C: Beta-2-microglobulin

D: Beta-2-microglobulin

E: Beta-2-microglobulin

F: Beta-2-microglobulin

G: Beta-2-microglobulin

H: Beta-2-microglobulin

I: Beta-2-microglobulin

J: Beta-2-microglobulin

K: Beta-2-microglobulin

L: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

144 kDa, 12 ポリマー
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1

G: Beta-2-microglobulin

H: Beta-2-microglobulin

I: Beta-2-microglobulin

J: Beta-2-microglobulin

K: Beta-2-microglobulin

L: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 6 ポリマー
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2

A: Beta-2-microglobulin

B: Beta-2-microglobulin

C: Beta-2-microglobulin

D: Beta-2-microglobulin

E: Beta-2-microglobulin

F: Beta-2-microglobulin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.7 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.594, 68.047, 96.218
Angle α, β, γ (deg.)	104.38, 94.15, 117.77
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	SER	SER	2	A	A	8 - 11	9 - 12
2	1	GLN	GLN	SER	SER	2	B	B	8 - 11	9 - 12
3	1	GLN	GLN	SER	SER	2	C	C	8 - 11	9 - 12
4	1	GLN	GLN	SER	SER	2	D	D	8 - 11	9 - 12
5	1	GLN	GLN	SER	SER	2	E	E	8 - 11	9 - 12
6	1	GLN	GLN	SER	SER	2	F	F	8 - 11	9 - 12
7	1	GLN	GLN	SER	SER	2	G	G	8 - 11	9 - 12
8	1	GLN	GLN	SER	SER	2	H	H	8 - 11	9 - 12
9	1	GLN	GLN	SER	SER	2	I	I	8 - 11	9 - 12
10	1	GLN	GLN	SER	SER	2	J	J	8 - 11	9 - 12
11	1	GLN	GLN	SER	SER	2	K	K	8 - 11	9 - 12
12	1	GLN	GLN	SER	SER	2	L	L	8 - 11	9 - 12
1	2	SER	SER	VAL	VAL	1	A	A	20 - 27	21 - 28
2	2	SER	SER	VAL	VAL	1	B	B	20 - 27	21 - 28
3	2	SER	SER	VAL	VAL	1	C	C	20 - 27	21 - 28
4	2	SER	SER	VAL	VAL	1	D	D	20 - 27	21 - 28
5	2	SER	SER	VAL	VAL	1	E	E	20 - 27	21 - 28
6	2	SER	SER	VAL	VAL	1	F	F	20 - 27	21 - 28
7	2	SER	SER	VAL	VAL	1	G	G	20 - 27	21 - 28
8	2	SER	SER	VAL	VAL	1	H	H	20 - 27	21 - 28
9	2	SER	SER	VAL	VAL	1	I	I	20 - 27	21 - 28
10	2	SER	SER	VAL	VAL	1	J	J	20 - 27	21 - 28
11	2	SER	SER	VAL	VAL	1	K	K	20 - 27	21 - 28
12	2	SER	SER	VAL	VAL	1	L	L	20 - 27	21 - 28
1	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	A	A	37 - 40	38 - 41
2	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	B	B	37 - 40	38 - 41
3	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	C	C	37 - 40	38 - 41
4	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	D	D	37 - 40	38 - 41
5	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	E	E	37 - 40	38 - 41
6	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	F	F	37 - 40	38 - 41
7	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	G	G	37 - 40	38 - 41
8	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	H	H	37 - 40	38 - 41
9	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	I	I	37 - 40	38 - 41
10	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	J	J	37 - 40	38 - 41
11	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	K	K	37 - 40	38 - 41
12	3	VAL	VAL	LEU	LEU	1	L	L	37 - 40	38 - 41
1	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	A	A	49 - 56	50 - 57
2	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	B	B	49 - 56	50 - 57
3	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	C	C	49 - 56	50 - 57
4	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	D	D	49 - 56	50 - 57
5	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	E	E	49 - 56	50 - 57
6	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	F	F	49 - 56	50 - 57
7	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	G	G	49 - 56	50 - 57
8	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	H	H	49 - 56	50 - 57
9	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	I	I	49 - 56	50 - 57
10	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	J	J	49 - 56	50 - 57
11	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	K	K	49 - 56	50 - 57
12	4	VAL	VAL	PHE	PHE	1	L	L	49 - 56	50 - 57
1	5	PHE	PHE	THR	THR	1	A	A	62 - 68	63 - 69
2	5	PHE	PHE	THR	THR	1	B	B	62 - 68	63 - 69
3	5	PHE	PHE	THR	THR	1	C	C	62 - 68	63 - 69
4	5	PHE	PHE	THR	THR	1	D	D	62 - 68	63 - 69
5	5	PHE	PHE	THR	THR	1	E	E	62 - 68	63 - 69
6	5	PHE	PHE	THR	THR	1	F	F	62 - 68	63 - 69
7	5	PHE	PHE	THR	THR	1	G	G	62 - 68	63 - 69
8	5	PHE	PHE	THR	THR	1	H	H	62 - 68	63 - 69
9	5	PHE	PHE	THR	THR	1	I	I	62 - 68	63 - 69
10	5	PHE	PHE	THR	THR	1	J	J	62 - 68	63 - 69
11	5	PHE	PHE	THR	THR	1	K	K	62 - 68	63 - 69
12	5	PHE	PHE	THR	THR	1	L	L	62 - 68	63 - 69
1	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	A	A	78 - 83	79 - 84
2	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	B	B	78 - 83	79 - 84
3	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	C	C	78 - 83	79 - 84
4	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	D	D	78 - 83	79 - 84
5	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	E	E	78 - 83	79 - 84
6	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	F	F	78 - 83	79 - 84
7	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	G	G	78 - 83	79 - 84
8	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	H	H	78 - 83	79 - 84
9	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	I	I	78 - 83	79 - 84
10	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	J	J	78 - 83	79 - 84
11	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	K	K	78 - 83	79 - 84
12	6	TYR	TYR	ASN	ASN	1	L	L	78 - 83	79 - 84
1	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	A	A	41 - 48	42 - 49
2	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	B	B	41 - 48	42 - 49
3	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	C	C	41 - 48	42 - 49
4	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	D	D	41 - 48	42 - 49
5	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	E	E	41 - 48	42 - 49
6	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	F	F	41 - 48	42 - 49
7	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	G	G	41 - 48	42 - 49
8	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	H	H	41 - 48	42 - 49
9	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	I	I	41 - 48	42 - 49
10	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	J	J	41 - 48	42 - 49
11	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	K	K	41 - 48	42 - 49
12	7	LYS	LYS	LYS	LYS	4	L	L	41 - 48	42 - 49
1	8	SER	SER	SER	SER	2	A	A	57 - 61	58 - 62
2	8	SER	SER	SER	SER	2	B	B	57 - 61	58 - 62
3	8	SER	SER	SER	SER	2	C	C	57 - 61	58 - 62
4	8	SER	SER	SER	SER	2	D	D	57 - 61	58 - 62
5	8	SER	SER	SER	SER	2	E	E	57 - 61	58 - 62
6	8	SER	SER	SER	SER	2	F	F	57 - 61	58 - 62
7	8	SER	SER	SER	SER	2	G	G	57 - 61	58 - 62
8	8	SER	SER	SER	SER	2	H	H	57 - 61	58 - 62
9	8	SER	SER	SER	SER	2	I	I	57 - 61	58 - 62
10	8	SER	SER	SER	SER	2	J	J	57 - 61	58 - 62
11	8	SER	SER	SER	SER	2	K	K	57 - 61	58 - 62
12	8	SER	SER	SER	SER	2	L	L	57 - 61	58 - 62
1	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	A	A	84 - 89	85 - 90
2	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	B	B	84 - 89	85 - 90
3	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	C	C	84 - 89	85 - 90
4	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	D	D	84 - 89	85 - 90
5	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	E	E	84 - 89	85 - 90
6	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	F	F	84 - 89	85 - 90
7	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	G	G	84 - 89	85 - 90
8	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	H	H	84 - 89	85 - 90
9	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	I	I	84 - 89	85 - 90
10	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	J	J	84 - 89	85 - 90
11	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	K	K	84 - 89	85 - 90
12	9	HIS	HIS	GLN	GLN	4	L	L	84 - 89	85 - 90

#1: タンパク質	Beta-2-microglobulin 分子量: 11888.383 Da / 分子数: 12 / 変異: H13F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.58 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 28% PEG 3350, 200 mM ammonium tartrate dibasic, pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.37
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.37 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 28565 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.079
反射シェル	解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.363 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 44.996 / SU ML: 0.384 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26393	1539	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22475	-	-	-
obs	0.2267	28565	94.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.443 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.86 Å²	-0.24 Å²	2.65 Å²
2-	-	-2.42 Å²	2.36 Å²
3-	-	-	4.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9836	0	22	76	9934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	10132
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.895	1.942	13717
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.168	23.89	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.492	15	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.324	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	7779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	3816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.294	0.2	6816
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.081	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.166	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.079	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.546	2	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.899	3	9608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.74	2	4707
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.372	3	4109
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	317	tight positional	0.01	0.05
2	B	317	tight positional	0.01	0.05
3	C	317	tight positional	0.01	0.05
4	D	317	tight positional	0.01	0.05
5	E	317	tight positional	0.01	0.05
6	F	317	tight positional	0.01	0.05
7	G	317	tight positional	0.01	0.05
8	H	317	tight positional	0.01	0.05
9	I	317	tight positional	0.01	0.05
10	J	317	tight positional	0.01	0.05
11	K	317	tight positional	0.01	0.05
12	L	317	tight positional	0.01	0.05
1	A	131	medium positional	0.25	0.5
2	B	131	medium positional	0.51	0.5
3	C	131	medium positional	0.23	0.5
4	D	131	medium positional	0.43	0.5
5	E	131	medium positional	0.39	0.5
6	F	131	medium positional	0.25	0.5
7	G	131	medium positional	0.42	0.5
8	H	131	medium positional	0.41	0.5
9	I	131	medium positional	0.27	0.5
10	J	131	medium positional	0.35	0.5
11	K	131	medium positional	0.25	0.5
12	L	131	medium positional	0.31	0.5
1	A	317	tight thermal	0.02	0.5
2	B	317	tight thermal	0.02	0.5
3	C	317	tight thermal	0.02	0.5
4	D	317	tight thermal	0.03	0.5
5	E	317	tight thermal	0.02	0.5
6	F	317	tight thermal	0.02	0.5
7	G	317	tight thermal	0.02	0.5
8	H	317	tight thermal	0.02	0.5
9	I	317	tight thermal	0.02	0.5
10	J	317	tight thermal	0.02	0.5
11	K	317	tight thermal	0.02	0.5
12	L	317	tight thermal	0.02	0.5
1	A	131	medium thermal	0.17	2
2	B	131	medium thermal	0.22	2
3	C	131	medium thermal	0.22	2
4	D	131	medium thermal	0.3	2
5	E	131	medium thermal	0.24	2
6	F	131	medium thermal	0.21	2
7	G	131	medium thermal	0.2	2
8	H	131	medium thermal	0.14	2
9	I	131	medium thermal	0.15	2
10	J	131	medium thermal	0.15	2
11	K	131	medium thermal	0.22	2
12	L	131	medium thermal	0.27	2

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	102	-
R_work	0.338	2170	-
obs	-	-	96.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.536	0.4986	0.4336	5.5014	1.6789	1.9032	-0.0337	-0.1497	0.564	-0.0438	0.0031	-0.3336	-0.1526	0.3678	0.0306	-0.2009	-0.0949	-0.0271	0.0385	-0.0159	0.0403	-20.4498	23.8227	8.7314
2	5.9868	2.9897	-0.3482	4.2869	1.141	2.4473	-0.0366	0.1068	-0.6424	-0.2593	-0.0643	-0.1716	0.3818	0.2451	0.1009	-0.1493	0.1126	-0.0701	-0.0323	-0.0024	-0.0756	-23.4431	-6.1065	6.8587
3	7.8769	1.7822	1.6363	1.8872	-0.5723	5.1572	0.2065	-0.3497	-0.7326	0.0498	-0.2268	-0.2206	0.2701	0.9024	0.0202	-0.215	0.0418	-0.1296	0.0648	0.128	0.0088	-27.8567	-7.8134	25.9134
4	2.0011	1.3076	-0.0752	3.1572	-0.7842	2.5106	0.2008	-0.0028	0.3328	-0.1893	-0.1247	0.2255	0.0379	-0.0796	-0.0761	-0.3284	-0.0244	-0.0557	-0.0993	0.0212	-0.1558	-55.7579	1.8803	20.8177
5	2.4677	1.1298	-0.319	2.5301	0.7929	5.3017	0.2802	-0.2056	1.0068	0.21	-0.2968	0.5315	-0.077	-0.5478	0.0166	-0.2256	-0.022	0.0987	-0.057	-0.0986	0.1975	-51.6692	20.0417	27.1602
6	3.1113	-0.6965	-0.6242	3.3757	1.3416	3.6848	0.212	0.5614	0.9304	-0.3589	0.1816	0.4077	-0.1494	-0.1336	-0.3936	-0.0965	-0.0595	-0.0854	-0.0513	0.2277	0.166	-38.2726	26.6537	1.1207
7	1.8581	0.1225	0.5109	4.2742	1.3406	5.0772	-0.2408	0.0424	-0.3493	0.4792	-0.0306	1.2871	-0.1037	-0.5087	0.2713	-0.0472	0.0078	0.1497	-0.088	-0.0984	0.2219	-70.6598	7.6922	-40.6373
8	0.5906	-0.9777	0.0564	3.853	0.8324	4.7963	-0.5561	-0.3671	-0.1794	1.6134	0.4171	1.3465	0.3988	-0.7425	0.139	1.1493	0.1072	0.865	0.0624	0.2059	0.3598	-68.1399	-6.8452	-14.6919
9	3.3947	-0.2607	1.3883	3.4386	1.0744	1.763	-0.1446	-0.185	-0.4481	0.8824	0.1151	0.9064	0.3949	-0.1108	0.0295	0.7634	0.04	0.4347	-0.0951	0.1393	0.3335	-57.7815	-21.2587	-22.423
10	2.0156	1.5161	0.6083	8.0777	0.8214	2.7012	-0.239	0.0611	-0.2049	1.3574	0.5137	-0.8692	0.3775	0.688	-0.2746	0.4282	0.2127	-0.1324	0.0764	-0.044	0.0134	-32.6869	-4.6803	-23.0363
11	2.1439	-2.9218	-0.9844	10.5035	1.6947	4.297	-0.2972	0.0932	0.0395	0.246	0.3554	-0.9542	0.4349	0.6632	-0.0582	-0.0801	0.0549	0.0348	0.0186	-0.0546	-0.0725	-35.0148	-0.7274	-42.1436
12	1.7821	-0.725	-1.3225	2.2591	-0.1344	3.6816	-0.2355	-0.1832	-0.1027	0.7228	0.0495	0.3143	-0.3225	0.118	0.186	0.0883	0.0341	0.0389	-0.2114	-0.0423	-0.2406	-55.9528	19.9549	-35.9887

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 97	1 - 98
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	0 - 97	1 - 98
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	0 - 97	1 - 98
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	0 - 97	1 - 98
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	0 - 97	1 - 98
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	0 - 97	1 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	0 - 97	1 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	0 - 97	1 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	0 - 97	1 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	0 - 97	1 - 98
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	0 - 97	1 - 98
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	0 - 97	1 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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