PDB-3ci7: Crystal structure of a simplified BPTI containing 20 alanines

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ci7

タイトル

Crystal structure of a simplified BPTI containing 20 alanines

要素

bovine pancreatic trypsin inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / sequence simplification / bovine pancreatic trypsin inhibitor

機能・相同性

Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Few Secondary Structures / Irregular

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Islam, M.M. / Sohya, S. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kuroda, Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of an extensively simplified variant of bovine pancreatic trypsin inhibitor in which over one-third of the residues are alanines
著者: Islam, M.M. / Sohya, S. / Noguchi, K. / Yohda, M. / Kuroda, Y.

履歴

登録	2008年3月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ci7.cif.gz	96.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ci7.ent.gz	74.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ci7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ci7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ci/3ci7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2zjxC 5ptiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ndp-1 4fvo-d 5epa-3 5epa-1 3d40-d 2g0w-2 5epa-2 3qur-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: bovine pancreatic trypsin inhibitor

B: bovine pancreatic trypsin inhibitor

C: bovine pancreatic trypsin inhibitor

D: bovine pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

24.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.508, 57.222, 71.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	bovine pancreatic trypsin inhibitor / BPTI 分子量: 5958.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide synthesis
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: Tris-HCl, pH8.7, Lithium sulfate, PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→44.76 Å / Num. all: 40883 / Num. obs: 38836
反射シェル	最高解像度: 1.4 Å / Num. unique all: 40883

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
SHELX	モデル構築
SHELXL-97	精密化
HKL-2000	データ収集
HKL-2000	データ削減
SCALEPACK	データスケーリング
SHELX	位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO
開始モデル: PDB entry 5PTI

5pti

解像度: 1.4→44.76 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2052	2047	-	RANDOM
obs	0.1513	38836	99.7 %	-
all	-	40883	-	-

Refine analyze

Num. disordered residues: 2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→44.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1651	0	20	277	1948

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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