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- PDB-3chl: Crystal Structure of Alpha-14 Giardin with magnesium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chl
タイトルCrystal Structure of Alpha-14 Giardin with magnesium bound
要素Alpha-14 giardin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Magnesium-binding / Annexin
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection organization / calcium-dependent phospholipid binding / motile cilium / phosphatidylserine binding / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin E1, fourth repeat / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-14 giardin / Annexin E1
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pathuri, P. / Luecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Apo and calcium-bound crystal structures of cytoskeletal protein alpha-14 giardin (annexin E1) from the intestinal protozoan parasite Giardia lamblia
著者: Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Ozorowski, G. / Svard, S.G. / Luecke, H.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-14 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6612
ポリマ－38,6371
非ポリマー241
水3,045169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.859, 133.859, 69.668
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Alpha-14 giardin


分子量: 38637.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
遺伝子: Alpha-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VPP4, UniProt: Q9NFS4*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.44 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 100 mM magnesium chloride, 100 mM sodium citrate pH 5.0, and 15% (w/v) PEG 4000 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 273K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.979, 0.91216, 0.9793, 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.912161
30.97931
40.97951
反射解像度: 1.9→66.96 Å / Num. all: 36608 / Num. obs: 36608 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
13 wavelength10.97926.64-8.33
13 wavelength20.97964.03-2.71
13 wavelength30.97964.06-10.51
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se21.0980.1870.3540.3330.721
2Se31.7610.0520.3870.210.823
3Se26.3690.0280.5190.1290.777
4Se27.2120.0840.4380.2030.703
5Se37.0140.4190.2680.1520.784
6Se34.9660.5040.4660.1460.745
7Se48.6090.6010.3110.0650.73
Phasing dmFOM : 0.81 / FOM acentric: 0.81 / FOM centric: 0 / 反射: 15556 / Reflection acentric: 15556 / Reflection centric: 0
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentric反射Reflection acentric
7.1-44.2920.960.96677677
4.5-7.10.950.9520952095
3.6-4.50.930.9326522652
3.1-3.60.890.8926542654
2.7-3.10.740.7446824682
2.5-2.70.570.5727962796

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SOLVE2.09位相決定
RESOLVE2.09位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.872 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1828 5 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.201 36571 99.65 %-
all-36571 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.69 Å2-0.34 Å20 Å2
2---0.69 Å20 Å2
3---1.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2529 0 1 169 2699
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9643477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6345314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.35923.629124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.3715468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1171520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21796
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1410.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1820.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1481.51609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94922512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82831101
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2744.5965
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 139 -
Rwork0.272 2583 -
all-2722 -
obs--99.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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