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- PDB-3chk: Calcium bound structure of alpha-14 giardin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3chk
タイトルCalcium bound structure of alpha-14 giardin
要素Alpha-14 giardin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Calcium-binding / Annexin
機能・相同性
機能・相同性情報


cell projection organization / calcium-dependent phospholipid binding / motile cilium / phosphatidylserine binding / calcium ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin E1, fourth repeat / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-14 giardin / Annexin E1
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Pathuri, P. / Luecke, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Apo and calcium-bound crystal structures of cytoskeletal protein alpha-14 giardin (annexin E1) from the intestinal protozoan parasite Giardia lamblia
著者: Pathuri, P. / Nguyen, E.T. / Ozorowski, G. / Svard, S.G. / Luecke, H.
履歴
登録2008年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-14 giardin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8386
ポリマ－38,6371
非ポリマー2005
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.301, 50.018, 71.819
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Alpha-14 giardin


分子量: 38637.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫)
遺伝子: Alpha-14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4VPP4, UniProt: Q9NFS4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.87 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM calcium chloride, 100 mM bis-Tris pH 6.5, and 24% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 38460 / Num. obs: 38460 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.65→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 2.385 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 1932 5 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.203 38449 97.02 %-
all-38449 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.04 Å20 Å2-0.48 Å2
2--1.3 Å20 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2436 0 5 367 2808
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222483
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3241.9623346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9525302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.59223.554121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99515452
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4771520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2365
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021873
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21757
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1390.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.130.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.51545
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51122409
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55531070
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7384.5937
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.694 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 117 -
Rwork0.262 2230 -
all-2347 -
obs--80.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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