ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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REFMAC | 5.2.0005精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.004 | データ抽出 | | HKL-2000 | | データ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | PHASER | | 位相決定 | | |
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精密化 | 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.644 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.228 | 2147 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.198 | - | - | - |
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obs | 0.199 | 42574 | 99.89 % | - |
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all | - | 42635 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20.102 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.06 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.1 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.04 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2494 | 0 | 1 | 255 | 2750 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.01 | 0.022 | 2542 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.182 | 1.965 | 3428 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.967 | 5 | 310 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg28.269 | 23.554 | 121 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg11.209 | 15 | 463 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg18.11 | 15 | 20 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.081 | 0.2 | 378 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.005 | 0.02 | 1909 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.203 | 0.2 | 1236 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.307 | 0.2 | 1787 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.142 | 0.2 | 198 | X-RAY DIFFRACTION | r_metal_ion_refined0.086 | 0.2 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.136 | 0.2 | 42 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.126 | 0.2 | 18 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.906 | 1.5 | 1586 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it1.475 | 2 | 2479 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.341 | 3 | 1084 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it3.634 | 4.5 | 949 | | | | | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.28 | 187 | - |
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Rwork | 0.231 | 2901 | - |
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all | - | 3088 | - |
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obs | - | - | 99.2 % |
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