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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cgr | ||||||
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タイトル | X-ray structure containing the pseudouridylated U2 snRNA and intron branch site consensus sequences | ||||||
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![]() | RNA / RNA double helix / Branchpoint sequence / BPS / U2 snRNA / pseudouridine / pre-mRNA splicing | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lin, Y. / Kielkopf, C.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray structures of U2 snRNA-branchpoint duplexes containing conserved pseudouridines. 著者: Lin, Y. / Kielkopf, C.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 25.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 16.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 408.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 408.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 3883.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Central nucleotides of this sequence are highly conserved in yeast U2 snRNA |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 4115.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Central nucleotides of this sequence are highly conserved in yeast pre-mRNAs |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 % | ||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2006年1月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 5193 / Num. obs: 4759 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 83.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: our previously solved RNA duplex 解像度: 2.1→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 26.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.57 Å | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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