+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3cg5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of the Covalent Adduct Formed between TB B-lactamase and Clavulanate | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha-beta structure / covalent adduct / Antibiotic resistance / Lipoprotein / Membrane / Palmitate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Tremblay, L.W. / Hugonnet, J.E. / Blanchard, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Structure of the covalent adduct formed between Mycobacterium tuberculosis beta-lactamase and clavulanate. 著者: Tremblay, L.W. / Hugonnet, J.E. / Blanchard, J.S. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3cg5.cif.gz | 70.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3cg5.ent.gz | 50.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3cg5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3cg5_validation.pdf.gz | 438.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3cg5_full_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3cg5_validation.xml.gz | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3cg5_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/3cg5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2gdnS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28272.721 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-307 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: blaA, blaC / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-ISS / ( | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | CLAVULANATE WAS USED IN PROTEIN SOLUTION WHICH UNDERWENT CHEMICAL REACTION AND SUBSEQUENTLY FORMED ...CLAVULANAT | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.1 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 2 M NH4(H2)PO4, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月8日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→41.4 Å / Num. all: 27349 / Num. obs: 27349 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 15.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1732 / % possible all: 88 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2GDN 解像度: 1.7→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 2.54 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.11 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.99 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.1947 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→41.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
|