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- PDB-3cf6: Structure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cf6
タイトルStructure of Epac2 in complex with cyclic-AMP and Rap
要素
  • Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4
  • Ras-related protein Rap-1b
キーワードSIGNALING PROTEIN/GTP-BINDING PROTEIN / EPAC / RAPGEF4 / RAP / RAP1B / CAMP / SP-CAMPS / GEF / GUNANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR / G-PROTEIN / GTP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / SIGNALING PROTEIN REGULATOR-GTP-BINDING PROTEIN COMPLEX / SIGNALING PROTEIN-GTP-BINDING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Rap protein signal transduction / regulation of cell junction assembly / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 ...Rap protein signal transduction / regulation of cell junction assembly / modification of postsynaptic structure / positive regulation of integrin activation / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / calcium-ion regulated exocytosis / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / MET activates RAP1 and RAC1 / regulation of establishment of cell polarity / azurophil granule membrane / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / lipid droplet / Integrin signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / cellular response to cAMP / small monomeric GTPase / establishment of localization in cell / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / GDP binding / cell-cell junction / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / G protein activity / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activity / Neutrophil degranulation / GTP binding / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1240 / Ras-related protein Rap1 / Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Small GTPase, Ras-type / Jelly Rolls / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1240 / Ras-related protein Rap1 / Son of sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 1 / Son of sevenless (SoS) protein Chain: S domain 1 / Son of Sevenless (SoS) protein; Chain S, domain 2 / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Small GTPase, Ras-type / Jelly Rolls / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Ubiquitin-like (UB roll) / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Jelly Rolls / Roll / Up-down Bundle / Sandwich / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SP1 / : / Ras-related protein Rap-1b
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Rehmann, H. / Arias-Palomo, E. / Hadders, M.A. / Schwede, F. / Llorca, O. / Bos, J.L.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structure of Epac2 in complex with a cyclic AMP analogue and RAP1B.
著者: Holger Rehmann / Ernesto Arias-Palomo / Michael A Hadders / Frank Schwede / Oscar Llorca / Johannes L Bos /
要旨: Epac proteins are activated by binding of the second messenger cAMP and then act as guanine nucleotide exchange factors for Rap proteins. The Epac proteins are involved in the regulation of cell ...Epac proteins are activated by binding of the second messenger cAMP and then act as guanine nucleotide exchange factors for Rap proteins. The Epac proteins are involved in the regulation of cell adhesion and insulin secretion. Here we have determined the structure of Epac2 in complex with a cAMP analogue (Sp-cAMPS) and RAP1B by X-ray crystallography and single particle electron microscopy. The structure represents the cAMP activated state of the Epac2 protein with the RAP1B protein trapped in the course of the exchange reaction. Comparison with the inactive conformation reveals that cAMP binding causes conformational changes that allow the cyclic nucleotide binding domain to swing from a position blocking the Rap binding site towards a docking site at the Ras exchange motif domain.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of the cyclic-AMP-responsive exchange factor Epac2 in its auto-inhibited state
著者: Rehmann, H. / Das, J. / Knipscheer, P. / Wittinghofer, A. / Bos, J.L.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Structure and regulation of the cAMP-binding domains of Epac2
著者: Rehmann, H. / Prakash, B. / Wolf, E. / Rueppel, A. / de Rooij, J. / Bos, J.L. / Wittinghofer, A.
履歴
登録2008年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Derived calculations
改定 1.32021年8月4日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: refine / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details ..._refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0855
ポリマ－98,2982
非ポリマー7873
水4,936274
1
E: Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子

E: Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4
R: Ras-related protein Rap-1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,17010
ポリマ－196,5974
非ポリマー1,5736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x,-y,-z-1/21
Buried area11990 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area67380 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area35410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.367, 149.025, 225.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-998-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Rap guanine nucleotide exchange factor (GEF) 4


分子量: 79277.836 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 306-993 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 解説: GST fusion / 遺伝子: Rapgef4 / プラスミド: pGEX4T1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: A2ASW3
#2: タンパク質 Ras-related protein Rap-1b / GTP-binding protein smg p21B / Rap1B


分子量: 19020.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAP1B / プラスミド: pTac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CK600K / 参照: UniProt: P61224
#3: 化合物 ChemComp-SP1 / 6-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-2-THIOXO-TETRAHYDRO-2-FURO[3,2-D][1,3,2]DIOXAPHOSPHININE-2,7-DIOL / SP-ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHOROTHIOATE


分子量: 345.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O5PS
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.352371 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.019531 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4M (NH4)2SO4, 1.2M Li2SO4, 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9732 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月7日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 104773 / Num. obs: 102111 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.62 % / Rmerge(I) obs: 0.084
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.96 / % possible all: 87.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2byv, pdb entry 1BKD

2byv

1bkd


解像度: 2.2→48.56 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26503 5214 -random
Rwork0.2434 ---
all0.24446 100557 --
obs0.24446 100557 95.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.187 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→48.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6238 0 49 274 6561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.418
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.005

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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