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- PDB-3cey: Crystal structure of L3MBTL2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cey
タイトルCrystal structure of L3MBTL2
要素Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / MBT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional Regulation by E2F6 / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : ...: / : / Zinc finger, FCS-type / FCS-type zinc finger superfamily / Zinc finger, FCS-type / Zinc finger FCS-type profile. / Mbt repeat / MBT repeat profile. / Present in Drosophila Scm, l(3)mbt, and vertebrate SCML2 / : / mbt repeat / SH3 type barrels. - #140 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lethal(3)malignant brain tumor-like protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nady, N. / Guo, Y. / Pan, P. / Allali-Hassani, A. / Qi, C. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. ...Nady, N. / Guo, Y. / Pan, P. / Allali-Hassani, A. / Qi, C. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. / Kozieradzki, I. / Vedadi, M. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Bochkarev, A. / Read, R. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2009
タイトル: Methylation-state-specific recognition of histones by the MBT repeat protein L3MBTL2.
著者: Guo, Y. / Nady, N. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Zhu, H. / Pan, P. / Adams-Cioaba, M.A. / Amaya, M.F. / Dong, A. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Read, R.J. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.
履歴
登録2008年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,6952
ポリマ-108,6952
非ポリマー00
2,972165
1
A: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3471
ポリマ-54,3471
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,3471
ポリマ-54,3471
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-8.9 kcal/mol
Surface area37880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.643, 55.938, 329.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein / L3 / mbt-like 2 protein / H-l3 / mbt-like protein


分子量: 54347.379 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 170-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969R5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 10% PEG 3350, 0.1M NaAcetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 47081 / Num. obs: 47081 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→35.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 12.955 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25207 2391 5.1 %RANDOM
Rwork0.21006 ---
all0.21221 44600 --
obs0.21221 44600 87.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.078 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.3 Å20 Å20 Å2
2--0.64 Å20 Å2
3----1.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6181 0 0 165 6346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0226367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8451.9318672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2565773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.62223.06268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg1715972
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7571530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024830
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.22483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.24196
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2150.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2570.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9951.54002
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.59126287
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.52332835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6424.52385
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.394 87 -
Rwork0.283 1565 -
obs--42.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.28690.64692.04732.4405-0.29269.1901-0.1085-0.08910.3883-0.06410.05130.1626-0.5512-0.26690.05720.39260.0780.0223-0.02630.02330.141-0.5204-8.8801-64.0503
21.7922-1.08660.79235.5277-4.60425.4369-0.03530.0473-0.079-0.1027-0.01070.1371-0.07410.15990.0460.31410.0046-0.0641-0.0227-0.01610.1031.97643.9635-78.1468
37.809-17.72633.119862.9039-13.95196.4079-0.0467-0.03590.6589-0.3026-0.7966-1.9143-0.74390.68420.84330.3193-0.0418-0.18580.02640.00440.118612.25964.5544-71.9447
42.5190.49610.974210.4578-2.60554.57840.3280.35820.1025-0.45790.0230.15890.71820.31-0.3510.27480.161-0.0948-0.0095-0.06680.081713.4283-30.0308-59.3717
53.616-1.69331.44223.9492-1.82468.33130.10370.1278-0.541-0.58010.11890.20581.21860.5727-0.22260.440.1717-0.04960.0045-0.05110.103813.9074-32.3475-56.4448
63.80470.7033-2.21733.2043-0.32511.471-0.214-0.4018-0.1439-0.07670.17710.10040.36560.10930.0370.28720.09650.04880.13550.09030.07427.2787-26.7205-35.5118
72.7492-3.0678-0.66856.76310.86254.7815-0.1689-0.335-0.30080.21950.14320.29810.7244-0.14720.02570.23250.0938-0.03440.10520.07590.10449.0693-28.4841-38.3265
87.0767-0.1569-0.84524.8987-3.16437.1849-0.1575-0.4143-0.12490.1790.33670.4973-0.0485-0.2729-0.17920.20360.22010.07930.14730.0479-0.0194-0.3676-23.6941-29.6795
93.4036-0.1878-0.65712.4433-0.92089.11650.2359-0.3157-0.28450.00790.04660.35490.2366-0.8639-0.28250.1786-0.0314-0.07090.15850.13410.1202-4.7357-18.1133-52.7576
103.7113-0.0264-0.83392.06410.34485.80770.1228-0.0474-0.0056-0.13690.02320.20690.4196-0.1205-0.14590.29310.0283-0.07990.06710.00940.11721.331-17.8458-60.0891
112.1451-0.9165-0.9917.9260.88346.3935-0.0060.0658-0.04430.07050.12280.2739-0.2645-0.0438-0.1168-0.04790.11090.00370.23790.05050.030414.1329.3631-17.7438
1210.1764-2.4508-3.48229.33939.220122.3436-0.33030.3224-0.2137-0.11630.2909-0.12790.03930.22290.03940.043-0.01930.01290.14330.07230.14172.51367.2817-4.9189
135.6758-2.6472-4.33432.90931.67814.28290.1004-0.02550.01170.0703-0.0770.02960.14-0.073-0.02330.05620.0017-0.01070.2990.00010.1522.415610.3806-4.6422
148.7072-5.5518-4.90925.99012.64013.6112-0.5497-0.1061-0.86580.34340.00230.37890.5869-0.06290.54740.0719-0.04090.02610.15920.03550.10180.61712.7781-3.836
159.7833-1.722-4.36318.55831.320818.5598-0.5166-0.6807-0.49430.69940.254-0.6328-0.1192.20420.2626-0.05910.2403-0.10480.37730.05240.148140.4609-7.2036-21.2042
164.3333-5.0923-1.10966.112.23387.1592-0.383-0.39820.48910.50190.2474-0.81260.47680.99680.13560.01670.2378-0.08480.34870.01090.234235.6949-4.9579-18.5317
174.0739-1.0297-0.4161.20230.93427.7519-0.2342-0.4394-0.63560.73010.1293-0.01650.8925-0.1280.1050.35010.31080.09960.16810.07930.183733.2241-16.3958-24.7165
182.8593-1.4701-1.42628.9126-0.29315.5255-0.05470.03420.0108-0.32640.1096-0.47430.33880.5484-0.05490.10210.09090.08870.2307-0.0140.074133.7383-9.1229-40.4682
193.7806-1.1363-3.49592.65871.1896.75760.28930.97890.153-0.5128-0.1943-0.2677-0.3173-0.7398-0.0950.18350.11530.09990.2460.01760.023827.5274-4.4733-48.1554
202.4153-0.5016-1.36352.58710.20135.14840.04990.19290.1108-0.2609-0.0441-0.3039-0.09340.0019-0.00580.06990.05730.01290.190.010.146321.62616.1451-26.8285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA172 - 21121 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2AA212 - 29761 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3AA298 - 314147 - 163
4X-RAY DIFFRACTION4AA315 - 340164 - 189
5X-RAY DIFFRACTION5AA341 - 419190 - 268
6X-RAY DIFFRACTION6AA420 - 450269 - 299
7X-RAY DIFFRACTION7AA451 - 489300 - 338
8X-RAY DIFFRACTION8AA490 - 534339 - 383
9X-RAY DIFFRACTION9AA535 - 579384 - 428
10X-RAY DIFFRACTION10AA580 - 604429 - 453
11X-RAY DIFFRACTION11BB173 - 20722 - 56
12X-RAY DIFFRACTION12BB208 - 23057 - 79
13X-RAY DIFFRACTION13BB231 - 28680 - 135
14X-RAY DIFFRACTION14BB287 - 322136 - 171
15X-RAY DIFFRACTION15BB323 - 342172 - 191
16X-RAY DIFFRACTION16BB343 - 382192 - 231
17X-RAY DIFFRACTION17BB383 - 422232 - 271
18X-RAY DIFFRACTION18BB423 - 477272 - 326
19X-RAY DIFFRACTION19BB478 - 528327 - 377
20X-RAY DIFFRACTION20BB529 - 605378 - 454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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