PDB-3cey: Crystal structure of L3MBTL2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cey

タイトル

Crystal structure of L3MBTL2

要素

Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / MBT / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcriptional Regulation by E2F6 / : / SUMOylation of chromatin organization proteins / chromatin organization / histone binding / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Nady, N. / Guo, Y. / Pan, P. / Allali-Hassani, A. / Qi, C. / Zhu, H. / Dong, A. / Mackenzie, F. / Crombet, L. / Loppnau, P. ...

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: Methylation-state-specific recognition of histones by the MBT repeat protein L3MBTL2.
著者: Guo, Y. / Nady, N. / Qi, C. / Allali-Hassani, A. / Zhu, H. / Pan, P. / Adams-Cioaba, M.A. / Amaya, M.F. / Dong, A. / Vedadi, M. / Schapira, M. / Read, R.J. / Arrowsmith, C.H. / Min, J.

履歴

登録	2008年2月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cey.cif.gz	174 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cey.ent.gz	135.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3cey_validation.pdf.gz	446.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cey_full_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示
XML形式データ	3cey_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	3cey_validation.cif.gz	47.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ce/3cey	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3f70C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6zxt-d 4gmk-d 5tv3-4 4ygf-3 6jgt-d 4o5f-d 6ag0-1 4u0l-2 6bg3-d 4xfw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein

B: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein

109 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein

登録者が定義した集合体
54.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein

登録者が定義した集合体
54.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.643, 55.938, 329.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lethal(3)malignant brain tumor-like 2 protein / L3 / mbt-like 2 protein / H-l3 / mbt-like protein 分子量: 54347.379 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 170-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: L3MBTL2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q969R5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.79 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M NaAcetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月10日
放射	モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→100 Å / Num. all: 47081 / Num. obs: 47081 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→35.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 12.955 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25207	2391	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21006	-	-	-
all	0.21221	44600	-	-
obs	0.21221	44600	87.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.078 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6181	0	0	165	6346

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	6367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.845	1.931	8672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.256	5	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.622	23.06	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17	15	972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.757	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.257	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.995	1.5	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.591	2	6287
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.523	3	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.642	4.5	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	87	-
R_work	0.283	1565	-
obs	-	-	42.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2869	0.6469	2.0473	2.4405	-0.2926	9.1901	-0.1085	-0.0891	0.3883	-0.0641	0.0513	0.1626	-0.5512	-0.2669	0.0572	0.3926	0.078	0.0223	-0.0263	0.0233	0.141	-0.5204	-8.8801	-64.0503
2	1.7922	-1.0866	0.7923	5.5277	-4.6042	5.4369	-0.0353	0.0473	-0.079	-0.1027	-0.0107	0.1371	-0.0741	0.1599	0.046	0.3141	0.0046	-0.0641	-0.0227	-0.0161	0.103	1.9764	3.9635	-78.1468
3	7.809	-17.7263	3.1198	62.9039	-13.9519	6.4079	-0.0467	-0.0359	0.6589	-0.3026	-0.7966	-1.9143	-0.7439	0.6842	0.8433	0.3193	-0.0418	-0.1858	0.0264	0.0044	0.1186	12.2596	4.5544	-71.9447
4	2.519	0.4961	0.9742	10.4578	-2.6055	4.5784	0.328	0.3582	0.1025	-0.4579	0.023	0.1589	0.7182	0.31	-0.351	0.2748	0.161	-0.0948	-0.0095	-0.0668	0.0817	13.4283	-30.0308	-59.3717
5	3.616	-1.6933	1.4422	3.9492	-1.8246	8.3313	0.1037	0.1278	-0.541	-0.5801	0.1189	0.2058	1.2186	0.5727	-0.2226	0.44	0.1717	-0.0496	0.0045	-0.0511	0.1038	13.9074	-32.3475	-56.4448
6	3.8047	0.7033	-2.2173	3.2043	-0.3251	1.471	-0.214	-0.4018	-0.1439	-0.0767	0.1771	0.1004	0.3656	0.1093	0.037	0.2872	0.0965	0.0488	0.1355	0.0903	0.0742	7.2787	-26.7205	-35.5118
7	2.7492	-3.0678	-0.6685	6.7631	0.8625	4.7815	-0.1689	-0.335	-0.3008	0.2195	0.1432	0.2981	0.7244	-0.1472	0.0257	0.2325	0.0938	-0.0344	0.1052	0.0759	0.1044	9.0693	-28.4841	-38.3265
8	7.0767	-0.1569	-0.8452	4.8987	-3.1643	7.1849	-0.1575	-0.4143	-0.1249	0.179	0.3367	0.4973	-0.0485	-0.2729	-0.1792	0.2036	0.2201	0.0793	0.1473	0.0479	-0.0194	-0.3676	-23.6941	-29.6795
9	3.4036	-0.1878	-0.6571	2.4433	-0.9208	9.1165	0.2359	-0.3157	-0.2845	0.0079	0.0466	0.3549	0.2366	-0.8639	-0.2825	0.1786	-0.0314	-0.0709	0.1585	0.1341	0.1202	-4.7357	-18.1133	-52.7576
10	3.7113	-0.0264	-0.8339	2.0641	0.3448	5.8077	0.1228	-0.0474	-0.0056	-0.1369	0.0232	0.2069	0.4196	-0.1205	-0.1459	0.2931	0.0283	-0.0799	0.0671	0.0094	0.1172	1.331	-17.8458	-60.0891
11	2.1451	-0.9165	-0.991	7.926	0.8834	6.3935	-0.006	0.0658	-0.0443	0.0705	0.1228	0.2739	-0.2645	-0.0438	-0.1168	-0.0479	0.1109	0.0037	0.2379	0.0505	0.0304	14.132	9.3631	-17.7438
12	10.1764	-2.4508	-3.4822	9.3393	9.2201	22.3436	-0.3303	0.3224	-0.2137	-0.1163	0.2909	-0.1279	0.0393	0.2229	0.0394	0.043	-0.0193	0.0129	0.1433	0.0723	0.1417	2.5136	7.2817	-4.9189
13	5.6758	-2.6472	-4.3343	2.9093	1.6781	4.2829	0.1004	-0.0255	0.0117	0.0703	-0.077	0.0296	0.14	-0.073	-0.0233	0.0562	0.0017	-0.0107	0.299	0.0001	0.152	2.4156	10.3806	-4.6422
14	8.7072	-5.5518	-4.9092	5.9901	2.6401	3.6112	-0.5497	-0.1061	-0.8658	0.3434	0.0023	0.3789	0.5869	-0.0629	0.5474	0.0719	-0.0409	0.0261	0.1592	0.0355	0.1018	0.6171	2.7781	-3.836
15	9.7833	-1.722	-4.3631	8.5583	1.3208	18.5598	-0.5166	-0.6807	-0.4943	0.6994	0.254	-0.6328	-0.119	2.2042	0.2626	-0.0591	0.2403	-0.1048	0.3773	0.0524	0.1481	40.4609	-7.2036	-21.2042
16	4.3333	-5.0923	-1.1096	6.11	2.2338	7.1592	-0.383	-0.3982	0.4891	0.5019	0.2474	-0.8126	0.4768	0.9968	0.1356	0.0167	0.2378	-0.0848	0.3487	0.0109	0.2342	35.6949	-4.9579	-18.5317
17	4.0739	-1.0297	-0.416	1.2023	0.9342	7.7519	-0.2342	-0.4394	-0.6356	0.7301	0.1293	-0.0165	0.8925	-0.128	0.105	0.3501	0.3108	0.0996	0.1681	0.0793	0.1837	33.2241	-16.3958	-24.7165
18	2.8593	-1.4701	-1.4262	8.9126	-0.2931	5.5255	-0.0547	0.0342	0.0108	-0.3264	0.1096	-0.4743	0.3388	0.5484	-0.0549	0.1021	0.0909	0.0887	0.2307	-0.014	0.0741	33.7383	-9.1229	-40.4682
19	3.7806	-1.1363	-3.4959	2.6587	1.189	6.7576	0.2893	0.9789	0.153	-0.5128	-0.1943	-0.2677	-0.3173	-0.7398	-0.095	0.1835	0.1153	0.0999	0.246	0.0176	0.0238	27.5274	-4.4733	-48.1554
20	2.4153	-0.5016	-1.3635	2.5871	0.2013	5.1484	0.0499	0.1929	0.1108	-0.2609	-0.0441	-0.3039	-0.0934	0.0019	-0.0058	0.0699	0.0573	0.0129	0.19	0.01	0.1463	21.6261	6.1451	-26.8285

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	172 - 211	21 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	212 - 297	61 - 146
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	298 - 314	147 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	315 - 340	164 - 189
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	341 - 419	190 - 268
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	420 - 450	269 - 299
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	451 - 489	300 - 338
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	490 - 534	339 - 383
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	535 - 579	384 - 428
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	580 - 604	429 - 453
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	173 - 207	22 - 56
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	208 - 230	57 - 79
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	231 - 286	80 - 135
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	287 - 322	136 - 171
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	323 - 342	172 - 191
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	343 - 382	192 - 231
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	B	383 - 422	232 - 271
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	B	423 - 477	272 - 326
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	478 - 528	327 - 377
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	529 - 605	378 - 454

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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