PDB-3cb4: The Crystal Structure of LepA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cb4

タイトル

The Crystal Structure of LepA

要素

GTP-binding protein lepA

キーワード

TRANSLATION / GTPAse / OB-fold / GTP-binding / Membrane / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / response to pH / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / ribosomal small subunit binding / translation elongation factor activity / response to salt stress / response to cold / positive regulation of translation / ribosome binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Evans, R.N. / Blaha, G. / Bailey, S. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: The structure of LepA, the ribosomal back translocase.
著者: Evans, R.N. / Blaha, G. / Bailey, S. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2008年2月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cb4.cif.gz	580 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cb4.ent.gz	480 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cb4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/3cb4	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4fsh-d 2ywf-d 4p1l-d 2ywe-d 3t7g-d 6qf7-1 3u92-d 3u93-d 6iwb-d 1qs8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

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登録構造単位

D: GTP-binding protein lepA

A: GTP-binding protein lepA

B: GTP-binding protein lepA

C: GTP-binding protein lepA

E: GTP-binding protein lepA

F: GTP-binding protein lepA

400 kDa, 6 ポリマー
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1

A: GTP-binding protein lepA

登録者が定義した集合体
66.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GTP-binding protein lepA

登録者が定義した集合体
66.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GTP-binding protein lepA

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4

D: GTP-binding protein lepA

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5

E: GTP-binding protein lepA

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6

F: GTP-binding protein lepA

登録者が定義した集合体
66.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.960, 146.243, 139.317
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.60, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer. There are 6 biological units in the asymmetric unit (chains A, B, C, D, E, and F). The 6 biological units are arranged as a trimer of dimers.

#1: タンパク質	GTP-binding protein lepA 分子量: 66652.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lepA / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60785
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100 mM Tris-HCl pH 8.0 10% Peg 2000MME, 100 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	0.979
シンクロトロン	ALS	8.2.2	2	0.979

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年9月28日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 92895 / Num. obs: 88629 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 6070 / R_sym value: 0.494 / % possible all: 64.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 46.615 / SU ML: 0.396 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29455	4590	5.2 %	RANDOM
R_work	0.24644	-	-	-
obs	0.24896	84039	95.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.53 Å²	0 Å²	0.42 Å²
2-	-	1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24492	0	0	3	24495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	24909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.088	1.975	33762
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.567	5	3132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.681	24.392	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.304	15	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.504	15	180
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	18726
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	10787
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	16785
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.239	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.206	1.5	16049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.371	2	25320
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.466	3	9790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.812	4.5	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.43	163	-
R_work	0.401	3062	-
obs	-	-	64.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6113	0.7041	0.2571	2.1642	0.3879	3.117	-0.0714	0.1603	-0.0429	-0.3432	0.2163	-0.3424	0.1329	0.4409	-0.1449	-0.1413	-0.043	-0.0037	-0.1347	0.0547	-0.2324	30.9432	110.7694	146.8033
2	3.1426	-1.1721	-0.0711	4.6356	-0.4762	3.3763	-0.0455	0.0342	0.0731	0.4412	-0.0883	0.4243	-0.2745	-0.3411	0.1338	-0.0987	-0.1322	-0.1259	-0.0322	-0.0285	-0.2399	79.2723	92.2992	139.7363
3	5.4656	-0.6874	1.1829	1.4714	-0.5949	4.7835	-0.0837	0.6489	0.9801	-0.1725	0.0703	0.5348	-0.7853	-0.3321	0.0134	0.018	-0.0695	-0.062	-0.0132	0.0234	0.1421	45.6948	59.0578	101.229
4	4.3446	-0.2547	1.0283	1.9799	0.407	3.1762	-0.2213	-0.3681	0.1357	0.3612	0.1385	-0.0681	-0.0873	0.2432	0.0828	0.0286	0.0087	0.1033	-0.0968	0.1535	-0.1436	58.2667	58.6721	40.8229
5	2.0164	-0.2639	-0.2712	4.4482	0.7298	3.2075	-0.0181	0.3155	-0.4878	-0.3387	0.0546	0.148	0.7179	-0.1688	-0.0365	0.1266	0.009	0.0961	0.054	-0.0127	0.0603	95.0224	89.9618	64.3688
6	3.3244	1.1028	-0.5845	2.7382	0.16	2.5385	0.0794	-0.41	-0.4372	0.085	-0.1017	-0.0145	0.4266	-0.307	0.0223	-0.0517	0.0088	0.0531	0.1776	-0.0262	-0.136	40.379	108.9992	84.8798
7	0.4344	-0.7454	-0.772	4.1571	-0.9737	4.4062	-0.0067	0.2022	0.2027	0.2566	0.0116	-0.0206	-0.1337	0.2208	-0.0049	-0.3348	0.0106	0.0164	-0.1497	-0.0114	-0.0854	24.2869	76.4601	139.7182
8	3.3402	1.4979	0.2126	0.737	0.4275	4.7637	-0.1477	0.1534	0.0367	-0.0057	0.0504	-0.1306	-0.3858	0.2584	0.0973	-0.1518	-0.0091	0.0304	-0.1939	-0.0047	-0.1557	61.6395	61.9864	142.1917
9	2.0402	1.8435	-1.0745	2.7777	1.0645	4.2921	0.1027	-0.1422	0.2012	0.162	-0.202	0.2236	-0.1684	-0.2049	0.0992	-0.247	0.0568	0.0025	-0.1757	0.006	-0.2052	79.5935	69.4796	103.1206
10	1.7503	1.081	-0.692	3.7911	-0.663	2.5807	-0.008	-0.0996	-0.1779	0.0901	-0.0586	-0.0931	0.2092	0.2511	0.0667	-0.193	0.0425	-0.0433	-0.0761	0.0101	-0.2231	39.8759	89.0049	43.3086
11	4.3764	-0.068	-1.0717	0.0886	-0.3966	5.0332	-0.1703	-0.2972	-0.4509	0.0757	0.053	0.0176	0.2907	-0.0576	0.1173	-0.1521	-0.0385	0.0038	-0.2765	-0.0346	-0.1745	69.8235	113.8651	53.8436
12	3.0148	-1.467	-0.4594	1.206	-0.1866	3.4539	-0.0089	0.2664	-0.0172	-0.1373	-0.0206	0.0163	0.0727	-0.2102	0.0295	-0.1103	-0.0821	-0.0069	-0.1908	-0.0228	-0.1695	73.9336	109.0541	97.2294
13	0.0111	-0.1072	-0.014	3.682	-0.9861	0.4923	0.1596	0.2455	0.0639	-0.2855	-0.1564	-0.2942	-0.078	0.1069	-0.0032	-0.0174	0.0196	0.0745	0.1271	0.0248	-0.0745	33.9428	78.8115	124.015
14	2.522	1.9717	0.9294	1.6703	1.0262	1.0393	-0.0611	-0.3172	0.3139	0.0154	0.0038	0.3684	-0.292	-0.0629	0.0574	-0.0328	0.0671	0.0695	-0.0114	-0.0238	-0.1085	54.748	68.3139	158.1526
15	1.2642	1.7251	0.5937	2.4974	0.3523	1.7407	-0.12	0.1133	0.4489	-0.2298	0.1605	0.2654	-0.0252	-0.3806	-0.0406	0.049	0.0126	0.0595	-0.0975	0.038	-0.1032	78.0721	73.6712	85.0655
16	0.0307	-0.2621	0.138	3.6304	-0.7954	0.7261	-0.0248	-0.2059	0.058	0.2206	0.0117	-0.2628	0.1427	0.1492	0.0131	0.009	-0.0637	0.0009	0.2016	0.0229	-0.1233	43.6615	88.8023	61.3062
17	3.6999	-0.5874	-0.3819	0.0932	0.0616	1.1166	-0.0792	0.16	-0.4725	0.0621	0.0611	0.1932	0.3509	0.0594	0.0181	0.0061	-0.0464	0.0407	-0.0538	-0.0796	-0.1464	71.6691	107.269	36.8421
18	4.6705	-1.7081	-0.2836	0.7234	-0.1563	0.702	0.0027	-0.1555	-0.4259	0.1527	0.0649	0.0884	0.1279	-0.2167	-0.0676	0.0347	-0.0528	0.0348	-0.0756	0.0124	-0.1753	66.9436	102.9943	113.2461
19	3.2353	0.4595	0.6202	5.1698	-0.3958	5.1086	-0.0281	-0.1443	0.0758	-0.0438	0.0341	0.4726	0.0898	-0.2053	-0.006	-0.4537	-0.0144	-0.0679	-0.3257	-0.0061	-0.2584	8.0346	99.8679	150.6475
20	4.7078	0.2051	1.6098	3.2031	0.6538	5.1298	-0.0911	0.1089	-0.3118	0.0911	-0.0374	-0.5998	0.4882	0.3724	0.1286	-0.2108	-0.0896	-0.0426	-0.1663	0.0757	-0.1648	90.0621	69.8009	133.7751
21	3.815	0.9735	-0.1031	4.598	0.5305	4.1139	-0.0332	-0.2351	-0.5594	0.0795	0.0459	-0.0487	0.5004	0.2807	-0.0127	-0.2318	0.0186	0.0424	-0.2003	-0.0131	-0.2366	63.4658	45.9242	114.2713
22	4.1437	0.4183	-1.2601	4.5515	-1.8427	3.7119	0.0705	0.0628	-0.2777	-0.2819	-0.0613	0.2087	0.1543	-0.5282	-0.0092	-0.2478	-0.1009	0.0326	-0.1691	0.0171	-0.1639	36.2402	62.3153	28.3368
23	4.9493	-0.0361	-0.2885	2.2317	0.0112	3.7989	0.0871	-0.1787	0.6089	0.1662	0.1019	-0.458	-0.4717	0.1561	-0.189	-0.1221	-0.0181	0.0292	-0.2213	0.0082	-0.0953	94.2005	114.2484	72.398
24	5.2113	-0.1236	-1.3154	3.842	1.6808	4.4939	0.1179	0.2044	0.6194	-0.0871	-0.1057	-0.0101	-0.5397	0.0652	-0.0123	-0.1167	0.0401	0.0241	-0.167	0.0129	-0.1945	57.0704	127.8242	79.8477

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	1 - 185	1 - 185
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	C	1 - 185	1 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	D	1 - 185	1 - 185
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	A	1 - 185	1 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 185	1 - 185
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 185	1 - 185
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	B	290 - 375	290 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	C	290 - 375	290 - 375
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	D	290 - 375	290 - 375
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	A	290 - 375	290 - 375
11	X-RAY DIFFRACTION	11	E	E	290 - 375	290 - 375
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	F	290 - 375	290 - 375
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	B	376 - 555	376 - 555
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	C	376 - 555	376 - 555
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	D	376 - 555	376 - 555
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	A	376 - 555	376 - 555
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	E	376 - 555	376 - 555
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	F	376 - 555	376 - 555
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	B	186 - 289	186 - 289
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	C	186 - 289	186 - 289
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	D	186 - 289	186 - 289
22	X-RAY DIFFRACTION	22	D	A	186 - 289	186 - 289
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	E	186 - 289	186 - 289
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	F	186 - 289	186 - 289

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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