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万見
- PDB-3cay: Crystal structure of Lipopeptide Detergent (LPD-12) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cay
タイトルCrystal structure of Lipopeptide Detergent (LPD-12)
要素LPD-12
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha helix / acyl chains / detergent / amphiphilic / lipopeptide / self-assembling peptide
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Ho, D.N. / Pomroy, N.C. / Cuesta-Seijo, J.A. / Prive, G.G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a self-assembling lipopeptide detergent at 1.20 A.
著者: Ho, D.N. / Pomroy, N.C. / Cuesta-Seijo, J.A. / Prive, G.G.
履歴
登録2008年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LPD-12
B: LPD-12
C: LPD-12
D: LPD-12
E: LPD-12
F: LPD-12
G: LPD-12
H: LPD-12
I: LPD-12
J: LPD-12
K: LPD-12
L: LPD-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,15034
ポリマ－33,91712
非ポリマー11,23422
水7,422412
1
A: LPD-12
B: LPD-12
C: LPD-12
D: LPD-12
E: LPD-12
F: LPD-12
G: LPD-12
H: LPD-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,73920
ポリマ－22,6118
非ポリマー6,12712
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: LPD-12
J: LPD-12
K: LPD-12
L: LPD-12
ヘテロ分子

I: LPD-12
J: LPD-12
K: LPD-12
L: LPD-12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,82328
ポリマ－22,6118
非ポリマー10,21220
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.484, 130.040, 42.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
LPD-12


分子量: 2826.394 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: de novo designed lipopeptide
#2: 糖...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 12% PEG 3350, 0.15 M potassium phosphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID10.9793
回転陽極BRUKER AXS MICROSTAR21.54
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2006年8月4日
Bruker Platinum 1352CCD2006年6月18日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Helios multilayer opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
21.541
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 124528 / Num. obs: 124528 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.043
反射 シェル解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 2.5 % / Rsym value: 0.244 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→10 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.1725 6284 Random
Rwork0.1344 --
all0.1364 119289 -
obs0.1364 119289 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2351 0 407 412 3170
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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