PDB-3cab: Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellif...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3cab

タイトル

Crystal structure of a pheromone binding protein from Apis mellifera soaked at pH 7.0

要素

Pheromone-binding protein ASP1

キーワード

PHEROMONE-BINDING PROTEIN / honeybee / Apis mellifera / pheromone binding protein / signal transduction / queen mandibular pheromone

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of the honey bee PBP pheromone and pH-induced conformational change
著者: Pesenti, M.E. / Spinelli, S. / Bezirard, V. / Briand, L. / Pernollet, J.C. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2008年2月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3cab.cif.gz	39.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3cab.ent.gz	26.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3cab.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3cab_validation.pdf.gz	406.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3cab_full_validation.pdf.gz	406.8 KB	表示
XML形式データ	3cab_validation.xml.gz	4.7 KB	表示
CIF形式データ	3cab_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ca/3cab	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bfaC 3bfbC 3bfhC 3cdnC 3bjhS 2h8v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2h8v-d 3s2x-1 1dt1-d 3bfb-d 3fe8-d 3fe9-d 2i6f-1 3ogn-2 3r1v-1 6lyx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pheromone-binding protein ASP1

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.478, 86.185, 49.557
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-124- HOH
2	1	A-134- HOH
3	1	A-147- HOH
4	1	A-167- HOH
5	1	A-210- HOH

#1: タンパク質	Pheromone-binding protein ASP1 分子量: 13194.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) プラスミド: pHIL-D2 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9U9J6, UniProt: Q8WRW5*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, pH5.5, crystal was soaked in same conditions at pH7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月7日 / 詳細: cylindrical gazing incidence mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→56.8 Å / Num. all: 12126 / Num. obs: 12126 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 29.57 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1733 / R_sym value: 0.413 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3BJH

3bjh

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.921 / SU ML: 0.09 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21714	976	8.1 %	RANDOM
R_work	0.17511	-	-	-
all	0.17848	11121	-	-
obs	0.17848	11121	99.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.149 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.77 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.59 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.134 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	907	0	18	112	1037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	956
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	628
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.981	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	3.008	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.165	5	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.114	27.174	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.151	15	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.026	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.2	448
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.239	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.225	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.208	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.812	1.5	770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.193	1.5	235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.011	2	965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.559	3	411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.164	4.5	334

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	61	-
R_work	0.215	802	-
obs	-	-	99.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7927	-0.5017	1.1748	2.6682	-1.6184	5.0657	-0.0312	0.0965	0.4089	0.0874	-0.2843	-0.281	-0.3878	0.5244	0.3155	-0.2055	-0.0434	-0.0131	-0.1824	0.0135	-0.1005	11.359	11.7451	-4.6732
2	13.9879	2.5724	-3.7635	4.7053	0.6861	4.3957	-0.2458	0.4414	-0.2822	-0.1101	0.281	-0.4232	-0.0028	0.3033	-0.0352	-0.0036	-0.1159	-0.0306	0.0747	-0.0995	-0.0953	19.7768	18.1512	9.4095
3	4.2499	1.4389	3.6147	13.0035	5.3424	10.667	-0.3117	-0.0303	0.4949	-0.3583	0.0817	0.0549	-0.9924	0.4167	0.23	-0.157	-0.0299	0.0069	-0.1335	-0.0207	-0.1181	7.277	15.0624	4.8703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 69	3 - 69
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	70 - 88	70 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	89 - 119	89 - 119

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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