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- PDB-3c9h: Crystal structure of the substrate binding protein of the ABC tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c9h
タイトルCrystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens
要素ABC transporter, substrate binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / substrate binding protein / ABC transporter / Structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / ABC transporter, substrate binding protein (Iron)
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Zhang, R. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter, substrate binding protein
B: ABC transporter, substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,3636
ポリマ－78,9302
非ポリマー4334
水7,800433
1
A: ABC transporter, substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6813
ポリマ－39,4651
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ABC transporter, substrate binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6813
ポリマ－39,4651
非ポリマー2162
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.313, 86.947, 109.642
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 ABC transporter, substrate binding protein


分子量: 39465.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
生物種: Agrobacterium tumefaciens / 株: C58 / 遺伝子: GI:17936349, AGR_C_4480, Atu2467 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7CWZ6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 433 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M Sodium citrate, 0.2M Ammonium acetate, 30% PEG 4000, 10mM ATP, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月27日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→68.2 Å / Num. all: 54496 / Num. obs: 54136 / % possible obs: 99.34 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 19.78
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.731 / Mean I/σ(I) obs: 1.57 / Num. unique all: 4178 / % possible all: 97.77

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 7.333 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.497 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22817 2898 5.1 %RANDOM
Rwork0.17259 ---
all0.17539 54136 --
obs0.17539 54136 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5265 0 28 433 5726
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225415
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023672
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.9567356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93438897
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.945669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.94623.306245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.92115871
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9771542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2802
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1980.23819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22594
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22743
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1760.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2770.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4861.54314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5441.51351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72625399
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.03332439
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.114.51957
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 206 -
Rwork0.235 3879 -
obs-4085 97.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.753 Å / Origin y: -0.084 Å / Origin z: 11.145 Å
111213212223313233
T-0.0293 Å20.0063 Å2-0.0003 Å2--0.0228 Å20.0024 Å2---0.0462 Å2
L0.6245 °20.1767 °2-0.0115 °2-0.1016 °2-0.0221 °2--0.2935 °2
S0.0131 Å °0.0196 Å °0.0044 Å °-0.0151 Å °0.0184 Å °-0.0024 Å °-0.0121 Å °-0.0162 Å °-0.0314 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA16 - 6016 - 60
2X-RAY DIFFRACTION1AA61 - 10061 - 100
3X-RAY DIFFRACTION1AA101 - 150101 - 150
4X-RAY DIFFRACTION1AA151 - 200151 - 200
5X-RAY DIFFRACTION1AA201 - 250201 - 250
6X-RAY DIFFRACTION1AA251 - 300251 - 300
7X-RAY DIFFRACTION1AA301 - 354301 - 354
8X-RAY DIFFRACTION1BB15 - 6015 - 60
9X-RAY DIFFRACTION1BB61 - 10061 - 100
10X-RAY DIFFRACTION1BB101 - 150101 - 150
11X-RAY DIFFRACTION1BB151 - 200151 - 200
12X-RAY DIFFRACTION1BB201 - 250201 - 250
13X-RAY DIFFRACTION1BB251 - 300251 - 300
14X-RAY DIFFRACTION1BB301 - 353301 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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