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- PDB-2w4o: Crystal structure of Human CAMK4 in complex with 4-Amino(sulfamoy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w4o
タイトルCrystal structure of Human CAMK4 in complex with 4-Amino(sulfamoyl- phenylamino)-triazole-carbothioic acid (2,6-difluoro-phenyl)-amide)
要素CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE IV
キーワードTRANSFERASE / CALMODULIN-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / ATP-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / KINASE / NUCLEUS
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of osteoclast differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission ...calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / regulation of osteoclast differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / regulation of T cell differentiation in thymus / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Regulation of MECP2 expression and activity / long-term memory / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / fibrillar center / adaptive immune response / calmodulin binding / protein phosphorylation / intracellular signal transduction / inflammatory response / protein serine kinase activity / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DKI / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type IV
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Pike, A. / Phillips, C. / Niesen, F. / Shrestha, L. ...Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Pike, A. / Phillips, C. / Niesen, F. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Camk4 in Complex with 4-Amino(Sulfamoyl-Phenylamino)-Triazole- Carbothioic Acid (2,6-Difluoro-Phenyl)-Amide)
著者: Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Pike, A. / Phillips, C. / Niesen, F. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Bullock, A. / Berridge, G. ...著者: Muniz, J.R.C. / Rellos, P. / Gileadi, O. / Fedorov, O. / Filippakopoulos, P. / Salah, E. / Pike, A. / Phillips, C. / Niesen, F. / Shrestha, L. / Burgess-Brown, N. / Bullock, A. / Berridge, G. / von Delft, F. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Knapp, S.
履歴
登録2008年11月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年7月5日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_refine_tls_group

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7522
ポリマ－39,3261
非ポリマー4251
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)42.400, 70.810, 99.151
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CALCIUM/CALMODULIN-DEPENDENT PROTEIN KINASE TYPE IV / CAM KINASE-GR / CAMK4A


分子量: 39326.285 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 15-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CALM
参照: UniProt: Q16566, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DKI / 5-AMINO-3-{[4-(AMINOSULFONYL)PHENYL]AMINO}-N-(2,6-DIFLUOROPHENYL)-1H-1,2,4-TRIAZOLE-1-CARBOTHIOAMIDE / CDK 1/2 INHIBITOR


分子量: 425.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H13F2N7O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 17% PEG 10K; 0.10M (NH4)(AC); 0.1M BIS-TRIS PH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99987
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.98 Å / Num. obs: 18562 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 74.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JAM

2jam


解像度: 2.17→36.38 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1570 10.03 %
Rwork0.214 --
obs0.216 15656 95.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.28 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.4301 Å20 Å20 Å2
2--4.8548 Å20 Å2
3----4.4247 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.17→36.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2136 0 28 115 2279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072214
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.393012
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.201774
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.17-2.240.26381280.25381115X-RAY DIFFRACTION85
2.24-2.32010.27511330.2361179X-RAY DIFFRACTION91
2.3201-2.4130.29741300.24941237X-RAY DIFFRACTION93
2.413-2.52280.27531370.21311255X-RAY DIFFRACTION94
2.5228-2.65570.25691420.22721251X-RAY DIFFRACTION94
2.6557-2.82210.25831450.23061281X-RAY DIFFRACTION97
2.8221-3.03980.23581470.21691300X-RAY DIFFRACTION97
3.0398-3.34560.24491460.21641314X-RAY DIFFRACTION99
3.3456-3.82920.19291510.19441350X-RAY DIFFRACTION99
3.8292-4.82260.19251510.18021362X-RAY DIFFRACTION100
4.8226-36.38220.25511600.22051442X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.66230.18940.92290.63240.21721.0418-0.0834-0.19660.04640.21730.0811-0.00270.0201-0.13630.26040.05330.00170.2324-0.00410.18191.24314.862715.1404
20.4271-0.44750.20840.61320.18570.8420.10320.23060.104-0.1457-0.0686-0.05470.03360.09010.17990.00810.03440.20350.03790.1969-1.21910.4745-6.2216
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 112:231 OR RESID 2024:2112 ) )A112 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 112:231 OR RESID 2024:2112 ) )A2024 - 2112
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 232:324 )A232 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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