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- PDB-3c8d: Crystal structure of the enterobactin esterase FES from Shigella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c8d
タイトルCrystal structure of the enterobactin esterase FES from Shigella flexneri in the presence of 2,3-Di-hydroxy-N-benzoyl-glycine
要素Enterochelin esterase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta-alpha sandwich / IroD / Iron aquisition / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


enterochelin esterase activity / iron(III)-enterobactin esterase / iron ion transport / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Enterochelin esterase, N-terminal / Enterochelin esterase, N-terminal / : / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Enterochelin esterase, N-terminal / Enterochelin esterase, N-terminal / : / Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Iron(III) enterobactin esterase / Iron(III) enterobactin esterase
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kim, Y. / Maltseva, N. / Abergel, R. / Holzle, D. / Raymond, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Siderophore Mediated Iron Acquisition: Structure and Specificity of Enterobactin Esterase from Shigella flexneri.
著者: Kim, Y. / Maltseva, N. / Abergel, R. / Holzle, D. / Raymond, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enterochelin esterase
B: Enterochelin esterase
C: Enterochelin esterase
D: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,4848
ポリマ－183,7164
非ポリマー7684
水20,1771120
1
A: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1212
ポリマ－45,9291
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1212
ポリマ－45,9291
非ポリマー1921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3133
ポリマ－45,9291
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Enterochelin esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9291
ポリマ－45,9291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Enterochelin esterase
B: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2424
ポリマ－91,8582
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
手法PISA
6
C: Enterochelin esterase
D: Enterochelin esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2424
ポリマ－91,8582
非ポリマー3842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.297, 155.972, 48.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enterochelin esterase


分子量: 45928.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 2a str. 2457T (フレクスナー赤痢菌)
生物種: Shigella flexneri / 株: 2457T / Serotype 2a / 遺伝子: fes, S0503, SF0497 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83SB9, UniProt: A0A0H2VTI6*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG 3000, 0.1 M Citrate pH 5.5, 3 mM DHBG, 1 mM FeCl3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月8日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twinタイプ: merohedral / Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.354
反射解像度: 1.8→48.48 Å / Num. all: 149451 / Num. obs: 149451 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 26.65 Å2 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.81 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique all: 13227 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 86.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2B20

2b20


解像度: 1.8→48.48 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: 1. TWINNING: TWIN LAW: h,-k,-l, TWIN FRACTION: 0.354. 2. When refining TLS, the output PDB file always has the ANISOU records for the atoms involved in TLS groups. The anisotropic B-factor in ...詳細: 1. TWINNING: TWIN LAW: h,-k,-l, TWIN FRACTION: 0.354. 2. When refining TLS, the output PDB file always has the ANISOU records for the atoms involved in TLS groups. The anisotropic B-factor in ANISOU records is the total B-factor (B_tls + B_individual). The isotropic equivalent B-factor in ATOM records is the mean of the trace of the ANISOU matrix divided by 10000 and multiplied by 8*pi^2 and represents the isotropic equivalent of the total B-factor (B_tls + B_individual). To obtain the individual B-factors, one needs to compute the TLS component (B_tls) using the TLS records in the PDB file header and then subtract it from the total B-factors (on the ANISOU records).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 14889 9.97 %RANDOM
Rwork0.15 ---
all-149377 --
obs-149377 90.03 %-
溶媒の処理Bsol: 42.52 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 39.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.03 Å2-0 Å20.58 Å2
2---7.16 Å2-0 Å2
3---9.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12555 0 52 1120 13727
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.637
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.34 644
Rwork0.31 5615
obs-6259
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09370.0222-0.01450.0265-0.0190.0625-0.0436-0.0069-0.0522-0.0155-0.0008-0.01450.0103-0.01460.03920.0811-0.00280.02250.092-0.01950.10681.3076-0.28531.3719
20.0565-0.0152-0.01170.03890.01660.0458-0.01350.02330.01720.0337-0.01-0.01350.0096-0.02960.01760.08690.0015-0.01450.1171-0.00070.08120.746535.1929-3.3536
30.05290.01950.01630.06710.00140.0715-0.0215-0.0197-0.027-0.0386-0.0208-0.036-0.0251-0.03570.03930.14450.0110.00790.1572-0.00410.148256.28974.157125.4354
40.0538-0.03540.0160.0657-0.01980.0803-0.03240.01380.07520.01360.005-0.06460.03-0.02060.02490.09250.0098-0.03050.1112-0.01370.14256.779839.292620.2906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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