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- PDB-3c6a: Crystal Structure of the RB49 gp17 nuclease domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6a
タイトルCrystal Structure of the RB49 gp17 nuclease domain
要素Terminase large subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / terminase nuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


viral terminase, large subunit / viral DNA genome packaging / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / chromosome organization / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / endonuclease activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleotidyltransferase; domain 5 - #240 / Terminase, large subunit, gp17-like / Terminase, large subunit gp17-like, C-terminal / Terminase RNaseH-like domain / Terminase large subunit, T4likevirus-type, N-terminal / Nucleotidyltransferase; domain 5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Terminase, large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage RB49 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Sun, S. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2008
タイトル: The structure of the phage T4 DNA packaging motor suggests a mechanism dependent on electrostatic forces.
著者: Siyang Sun / Kiran Kondabagil / Bonnie Draper / Tanfis I Alam / Valorie D Bowman / Zhihong Zhang / Shylaja Hegde / Andrei Fokine / Michael G Rossmann / Venigalla B Rao /
要旨: Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The ...Viral genomes are packaged into "procapsids" by powerful molecular motors. We report the crystal structure of the DNA packaging motor protein, gene product 17 (gp17), in bacteriophage T4. The structure consists of an N-terminal ATPase domain, which provides energy for compacting DNA, and a C-terminal nuclease domain, which terminates packaging. We show that another function of the C-terminal domain is to translocate the genome into the procapsid. The two domains are in close contact in the crystal structure, representing a "tensed state." A cryo-electron microscopy reconstruction of the T4 procapsid complexed with gp17 shows that the packaging motor is a pentamer and that the domains within each monomer are spatially separated, representing a "relaxed state." These structures suggest a mechanism, supported by mutational and other data, in which electrostatic forces drive the DNA packaging by alternating between tensed and relaxed states. Similar mechanisms may occur in other molecular motors.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3662
ポリマ－26,3421
非ポリマー241
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.568, 125.163, 37.218
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Terminase large subunit


分子量: 26341.957 Da / 分子数: 1 / 断片: nuclease domain (UNP residues 359-564) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage RB49 (ファージ)
遺伝子: 17 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9T1C3
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15-20% PEG3350, 0.2M Na/K tartrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.6 % / Av σ(I) over netI: 23.3 / 数: 149604 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Χ2: 1.57 / D res high: 1.6 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 32564 / % possible obs: 97.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.455098.810.0251.1984.5
2.743.4599.810.0231.1684.7
2.392.7499.610.0291.3014.7
2.172.3998.810.0361.54.7
2.022.1798.710.0451.5934.7
1.92.0297.810.0621.7564.7
1.81.997.510.0881.8234.7
1.721.896.910.1241.8494.6
1.661.7296.510.1661.844.6
1.61.6690.910.2181.8363.9
反射解像度: 1.16→50 Å / Num. all: 86090 / Num. obs: 85573 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 1.18 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 1.16→1.2 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 8226 / Χ2: 0.939 / % possible all: 96.6

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1001.620.3286793434
ISO_20.6420.5991.620.34021469
ANO_1001.620.300
ANO_20.73301.620.339880
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_16.77-20.300299180
ISO_14.92-6.7700553184
ISO_14.06-4.9200732179
ISO_13.53-4.0600877183
ISO_13.17-3.53001024180
ISO_12.9-3.17001120183
ISO_12.69-2.9001228182
ISO_12.52-2.69001334170
ISO_12.38-2.52001413174
ISO_12.26-2.38001498162
ISO_12.15-2.26001574165
ISO_12.06-2.15001635155
ISO_11.98-2.06001725163
ISO_11.91-1.98001800177
ISO_11.85-1.91001853170
ISO_11.79-1.85001909168
ISO_11.73-1.79001982185
ISO_11.69-1.73002015175
ISO_11.64-1.69002086167
ISO_11.6-1.64002022132
ANO_16.77-20.30000
ANO_14.92-6.770000
ANO_14.06-4.920000
ANO_13.53-4.060000
ANO_13.17-3.530000
ANO_12.9-3.170000
ANO_12.69-2.90000
ANO_12.52-2.690000
ANO_12.38-2.520000
ANO_12.26-2.380000
ANO_12.15-2.260000
ANO_12.06-2.150000
ANO_11.98-2.060000
ANO_11.91-1.980000
ANO_11.85-1.910000
ANO_11.79-1.850000
ANO_11.73-1.790000
ANO_11.69-1.730000
ANO_11.64-1.690000
ANO_11.6-1.640000
ISO_26.77-20.30.5350.48427683
ISO_24.92-6.770.5910.67552785
ISO_24.06-4.920.6280.71770977
ISO_23.53-4.060.7040.61785290
ISO_23.17-3.530.720.723100281
ISO_22.9-3.170.7260.78665553
ISO_22.69-2.90000
ISO_22.52-2.690000
ISO_22.38-2.520000
ISO_22.26-2.380000
ISO_22.15-2.260000
ISO_22.06-2.150000
ISO_21.98-2.060000
ISO_21.91-1.980000
ISO_21.85-1.910000
ISO_21.79-1.850000
ISO_21.73-1.790000
ISO_21.69-1.730000
ISO_21.64-1.690000
ISO_21.6-1.640000
ANO_26.77-20.30.63502720
ANO_24.92-6.770.70105210
ANO_24.06-4.920.72107000
ANO_23.53-4.060.73308450
ANO_23.17-3.530.81409990
ANO_22.9-3.170.84106510
ANO_22.69-2.90000
ANO_22.52-2.690000
ANO_22.38-2.520000
ANO_22.26-2.380000
ANO_22.15-2.260000
ANO_22.06-2.150000
ANO_21.98-2.060000
ANO_21.91-1.980000
ANO_21.85-1.910000
ANO_21.79-1.850000
ANO_21.73-1.790000
ANO_21.69-1.730000
ANO_21.64-1.690000
ANO_21.6-1.640000

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
SOLOMON位相決定
SHELX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.16→10 Å / Num. parameters: 18219 / Num. restraintsaints: 21916 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.171 4298 -RANDOM
Rwork0.134 ---
obs0.134 81068 94.5 %-
all-85786 --
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 21.939 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1635 0 1 388 2024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.031
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.027
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.071
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.095
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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