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万見
- PDB-3c50: Crystal Structure of G protein coupled receptor kinase 1 bound to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c50
タイトルCrystal Structure of G protein coupled receptor kinase 1 bound to ADP and magnesium chloride at 2.6A
要素Rhodopsin kinase
キーワードTRANSFERASE / Ser/Thr kinase / RGS homology domain / G protein coupled receptor kinase / GRK / GRK1 / rhodopsin kinase / P-loop / autophosphorylation / ADP / ATP-binding / Lipoprotein / Membrane / Methylation / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Prenylation / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


rhodopsin kinase / rhodopsin kinase activity / regulation of opsin-mediated signaling pathway / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / regulation of signal transduction / visual perception / photoreceptor disc membrane / protein autophosphorylation / signal transduction / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily ...Rhodopsin kinase, catalytic domain / GPCR kinase / Regulator of G-protein Signalling 4, domain 2 / Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2 / Regulator of G protein signaling domain / RGS domain / RGS domain profile. / Regulator of G protein signalling domain / RGS, subdomain 2 / RGS domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Rhodopsin kinase GRK1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Singh, P. / Tesmer, J.J.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structures of rhodopsin kinase in different ligand states reveal key elements involved in G protein-coupled receptor kinase activation.
著者: Singh, P. / Wang, B. / Maeda, T. / Palczewski, K. / Tesmer, J.J.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhodopsin kinase
B: Rhodopsin kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,29017
ポリマ－122,8602
非ポリマー1,43015
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.504, 122.304, 174.076
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERCYSCYS5AA30 - 4730 - 47
211SERSERCYSCYS5BB30 - 4730 - 47
121PHEPHEPROPRO5AA58 - 53358 - 533
221PHEPHEPROPRO5BB58 - 53358 - 533
112HOHHOHHOHHOH4AR571 - 735
212HOHHOHHOHHOH4BS570 - 707

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Rhodopsin kinase / RK / G protein-coupled receptor kinase 1


分子量: 61429.934 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-535 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GRK1, RHOK / 細胞株 (発現宿主): High 5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P28327, rhodopsin kinase

-
非ポリマー , 5種, 318分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: PEG 8000, NaCl, glycerol, MES pH 6.25, ADP, magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. obs: 43786

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C4Z

3c4z


解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / SU B: 14.954 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R: 0.455 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18984 --
obs0.18984 43677 99.85 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.969 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å20 Å20 Å2
2---2.99 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7989 0 78 303 8370
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0228326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2441.97711256
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.838314229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.59851005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05123.554408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.064151440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2161566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21177
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021796
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21657
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.25792
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.24022
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24311
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1680.210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1640.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7021.56527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0931.52028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.76927993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17933963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7944.53263
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
12864medium positional0.260.5
2107medium positional0.330.5
13952loose positional0.495
12864medium thermal0.562
2107medium thermal1.532
13952loose thermal0.9210
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rwork0.268 3124 -
Rfree-0 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5691-0.212-0.10941.84380.19370.50210.04710.09340.0426-0.12-0.0199-0.1561-0.0262-0.042-0.0272-0.05250.01540.0137-0.06760.0181-0.1958-3.70933.816-16.534
20.51390.7702-0.29312.9449-0.46130.7089-0.14220.0502-0.0884-0.17440.0559-0.09960.1091-0.02820.08630.0002-0.0271-0.0194-0.03520.0018-0.09826.743-31.777-21.85
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 533
2X-RAY DIFFRACTION1A571 - 735
3X-RAY DIFFRACTION1A570
4X-RAY DIFFRACTION2B30 - 533
5X-RAY DIFFRACTION2B570 - 707

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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