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- PDB-3c4p: Crystal Structure of the SHV-1 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c4p
タイトルCrystal Structure of the SHV-1 Beta-lactamase/Beta-lactamase inhibitor protein (BLIP) E73M complex
要素
  • Beta-lactamase SHV-1
  • Beta-lactamase inhibitory protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Beta-lactamase / Beta-lactamase inhibitory protein / protein-protein complex / BLIP / SHV-1 / Antibiotic resistance / Hydrolase / Plasmid / Secreted / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family ...Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase SHV-1 / Beta-lactamase inhibitory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Reynolds, K.A. / Hanes, M.S. / Thomson, J.M. / Antczak, A.J. / Berger, J.M. / Bonomo, R.A. / Kirsch, J.F. / Handel, T.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Computational redesign of the SHV-1 beta-lactamase/beta-lactamase inhibitor protein interface.
著者: Reynolds, K.A. / Hanes, M.S. / Thomson, J.M. / Antczak, A.J. / Berger, J.M. / Bonomo, R.A. / Kirsch, J.F. / Handel, T.M.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase SHV-1
B: Beta-lactamase inhibitory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6584
ポリマ－46,4662
非ポリマー1922
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area16430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.476, 127.476, 73.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase SHV-1 / PIT-2


分子量: 28907.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla, shv1 / プラスミド: pBCSK(-) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH10B / 参照: UniProt: P0AD64, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase inhibitory protein / BLIP


分子量: 17558.574 Da / 分子数: 1 / Mutation: E109M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
プラスミド: pET26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35804
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 37.5% Ammonium Sulfate, 100mM Tris HCl, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1159 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 134214 / Num. obs: 68434 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.498 / % possible all: 97.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.13 Å
Translation2.5 Å48.13 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.75→48.128 Å / SU ML: 0.25 / 位相誤差: 19.37 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2072 3464 5.06 %
Rwork0.1801 --
obs0.1814 68434 99.91 %
all-134214 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.695 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.73 Å20 Å2-0 Å2
2--1.73 Å2-0 Å2
3----3.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.128 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3258 0 10 490 3758
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013328
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2344510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9921188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084508
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006587
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.75-1.7740.2871460.2472512265898.59
1.774-1.7990.2451340.22425942728100
1.799-1.8260.2231520.22125592711100
1.826-1.8550.2351360.20826072743100
1.855-1.8850.2461570.2082590274799.96
1.885-1.9170.1811210.20325662687100
1.917-1.9520.2081370.1892591272899.96
1.952-1.990.2191380.19626182756100
1.99-2.030.2051410.18925602701100
2.03-2.0750.2151490.192577272699.96
2.075-2.1230.2031420.1912614275699.93
2.123-2.1760.2181390.18125862725100
2.176-2.2350.2121330.18726112744100
2.235-2.30.241360.18925912727100
2.3-2.3750.2121430.19126052748100
2.375-2.460.2011730.18525422715100
2.46-2.5580.2031310.1926152746100
2.558-2.6740.2211140.19726342748100
2.674-2.8150.2071430.1925872730100
2.815-2.9920.2411490.19725932742100
2.992-3.2230.2441350.20426132748100
3.223-3.5470.1731100.17526482758100
3.547-4.0590.1721340.1562630276499.96
4.059-5.1120.1691260.14326522778100
5.112-36.2840.1951440.1812670281499.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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