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- PDB-3c3v: Crystal structure of peanut major allergen ara h 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3v
タイトルCrystal structure of peanut major allergen ara h 3
要素Arachin Arah3 isoform
キーワードALLERGEN / peanut allergen / allergy / ara h 3 / glycinin
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arachin Arah3 isoform
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Jin, T. / Zhang, Y.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of Ara h 3, a major allergen in peanut.
著者: Jin, T. / Guo, F. / Chen, Y.W. / Howard, A. / Zhang, Y.Z.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5782
ポリマ－58,5551
非ポリマー231
水5,134285
1
A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,46612
ポリマ－351,3286
非ポリマー1386
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
crystal symmetry operation10_555-y,-x,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area53140 Å2
ΔGint-266 kcal/mol
Surface area63230 Å2
手法PISA
2
A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子

A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子

A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,7336
ポリマ－175,6643
非ポリマー693
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-y,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+y+1,-x,z1
Buried area17740 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area40450 Å2
手法PISA
3
A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子

A: Arachin Arah3 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,1554
ポリマ－117,1092
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/21
Buried area5370 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area33420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.929, 144.929, 86.924
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-853-

HOH

21A-857-

HOH

31A-870-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: x,y,z ; -y,x-y,z ; -x,y-x,-z ; -y,-x,1/2-z; and y-x,y,1/2-z;

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要素

#1: タンパク質 Arachin Arah3 isoform


分子量: 58554.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNp residues 21-530 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: seeds / 由来: (天然) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: B5TYU1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE CORRECT RESIDUE AT THIS POSITION IS HISTIDINE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→50 Å / Num. obs: 55487 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.73→1.79 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.61 / Num. unique all: 5014 / % possible all: 90.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.73→41.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.409 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 2631 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 49465 --
obs0.189 52096 92.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 87.2 Å2 / Biso mean: 36.219 Å2 / Biso min: 15.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20.35 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→41.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 1 285 3563
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0223366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1041.9354596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.555430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.31524.627201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.47415540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7041530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1770.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022737
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2620.246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1941.52041
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.26323306
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.48931354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5934.51274
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.14533395
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free11.0213286
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.80533277
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.777 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 143 -
Rwork0.302 2741 -
all-2884 -
obs--70.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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