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万見
- PDB-3c3u: Crystal structure of AKR1C1 in complex with NADP and 3,5-dichloro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3u
タイトルCrystal structure of AKR1C1 in complex with NADP and 3,5-dichlorosalicylic acid
要素Aldo-keto reductase family 1 member C1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Aldo-keto reductase / 20 alpha hydroxysteroid dehydrogenase / AKR1C1 / Cytoplasm / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


3beta-hydroxy-5beta-steroid dehydrogenase activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase ...3beta-hydroxy-5beta-steroid dehydrogenase activity / 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 17-alpha,20-alpha-dihydroxypregn-4-en-3-one dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase (B-specific) activity / steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / indanol dehydrogenase / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase activity / trans-1,2-dihydrobenzene-1,2-diol dehydrogenase / 3(or 17)alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / indanol dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase [NAD(P)+] activity / 3beta(or 20alpha)-hydroxysteroid dehydrogenase / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / cellular response to jasmonic acid stimulus / : / androsterone dehydrogenase activity / 3alpha(or 20beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / intestinal cholesterol absorption / response to organophosphorus / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / ketosteroid monooxygenase activity / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / carboxylic acid binding / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / aldo-keto reductase (NADPH) activity / bile acid metabolic process / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / bile acid and bile salt transport / Prednisone ADME / prostaglandin metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / epithelial cell differentiation / digestion / xenobiotic metabolic process / cholesterol homeostasis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily ...Aldo-keto reductase family 1 member C / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5-dichloro-2-hydroxybenzoic acid / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member C1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dhagat, U. / El-Kabbani, O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Selectivity determinants of inhibitor binding to human 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase: crystal structure of the enzyme in ternary complex with coenzyme and the potent inhibitor ...タイトル: Selectivity determinants of inhibitor binding to human 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase: crystal structure of the enzyme in ternary complex with coenzyme and the potent inhibitor 3,5-dichlorosalicylic acid
著者: Dhagat, U. / Endo, S. / Sumii, R. / Hara, A. / El-Kabbani, O.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldo-keto reductase family 1 member C1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8554
ポリマ－36,8391
非ポリマー1,0163
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.364, 84.236, 49.183
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 4 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 4 - 323 / Label seq-ID: 4 - 323

Dom-ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Aldo-keto reductase family 1 member C1 / AKR1C1 / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2- ...AKR1C1 / 20-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase / 20-alpha-HSD / Trans-1 / 2-dihydrobenzene-1 / 2-diol dehydrogenase / High-affinity hepatic bile acid-binding protein / HBAB / Chlordecone reductase homolog HAKRC / Dihydrodiol dehydrogenase 1/2 / DD1/DD2


分子量: 36839.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C1, DDH, DDH1 / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pKKDD1
参照: UniProt: Q04828, 20alpha-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-C2U / 3,5-dichloro-2-hydroxybenzoic acid / 3,5-ジクロロサリチル酸


分子量: 207.011 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H4Cl2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 25% Polyglycol monomethylether 550, 0.01M Zinc sulphate, pH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月13日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 27340 / Num. obs: 26329 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.99 % / Rmerge(I) obs: 0.0504 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2299 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 2076 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MRQ

1mrq


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.876 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21761 1316 5 %RANDOM
Rwork0.17446 ---
obs0.17672 26329 96.22 %-
all-27340 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.654 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å2-0.59 Å2
2--0.92 Å20 Å2
3----0.41 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.195 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2592 0 61 328 2981
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5642.0023703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.6165329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.99224.194124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.02815474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9791517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2405
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.21390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21829
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1770.2244
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0560.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9731.51688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.37822633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32531206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3614.51066
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2592 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0 Å

タイプWeight position
medium positional0.5
medium thermal2
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.515 83 -
Rwork0.391 1737 -
obs-1737 83.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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