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- PDB-3c3b: Crystal Structure of human phosphoglycerate kinase bound to D-CDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c3b
タイトルCrystal Structure of human phosphoglycerate kinase bound to D-CDP
要素Phosphoglycerate kinase 1
キーワードTRANSFERASE / protein-nucleotide complex / D-enantiomer of CDP / kinase / Acetylation / ATP-binding / Cytoplasm / Disease mutation / Glycolysis / Hereditary hemolytic anemia / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / phosphorylation / epithelial cell differentiation ...Manipulation of host energy metabolism / phosphoglycerate kinase / phosphoglycerate kinase activity / protein-disulfide reductase (NAD(P)H) activity / Gluconeogenesis / canonical glycolysis / Glycolysis / plasminogen activation / phosphorylation / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / gluconeogenesis / glycolytic process / ADP binding / cellular response to hypoxia / membrane raft / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglycerate kinase, N-terminal domain / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase, N-terminal / Phosphoglycerate kinase, conserved site / Phosphoglycerate kinase superfamily / Phosphoglycerate kinase / Phosphoglycerate kinase signature. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Phosphoglycerate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Arold, S.T. / Gondeau, C. / Lionne, C. / Chaloin, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis for the lack of enantioselectivity of human 3-phosphoglycerate kinase
著者: Gondeau, C. / Chaloin, L. / Lallemand, P. / Roy, B. / Perigaud, C. / Barman, T. / Varga, A. / Vas, M. / Lionne, C. / Arold, S.T.
履歴
登録2008年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoglycerate kinase 1
B: Phosphoglycerate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5035
ポリマ－89,9102
非ポリマー5933
水13,295738
1
A: Phosphoglycerate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0502
ポリマ－44,9551
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphoglycerate kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4533
ポリマ－44,9551
非ポリマー4982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.579, 55.588, 93.805
Angle α, β, γ (deg.)78.92, 84.32, 82.95
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Phosphoglycerate kinase 1 / 3-Phosphoglycerate Kinase / Primer recognition protein 2 / PRP 2 / Cell migration-inducing gene 10 protein


分子量: 44954.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGK1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)/pDIA17 / 参照: UniProt: P00558, phosphoglycerate kinase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 738 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 2.6M NaKPO4, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月26日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.96 Å / Num. all: 54699 / Num. obs: 54699 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3838 / % possible all: 50.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0062精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VJC

1vjc


解像度: 1.8→50.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 3.324 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 1703 3 %RANDOM
Rwork0.16925 ---
all0.17137 54697 --
obs0.17137 54697 87.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.435 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20.01 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6004 0 35 738 6777
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0226129
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg21.9898258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8865796
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.31625.633229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.865151128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4811522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1520.2948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214447
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.75323955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.80336323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.59562174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.451101935
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 58 -
Rwork0.244 2084 -
obs--44.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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