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- PDB-3c2g: Crystal complex of SYS-1/POP-1 at 2.5A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2g
タイトルCrystal complex of SYS-1/POP-1 at 2.5A resolution
要素
  • Pop-1 8-residue peptide
  • Sys-1 protein
キーワードCELL ADHESION/TRANSCRIPTION / beta-catenin / phylogeny / SYS-1 / POP-1 / Caenorhabditis elegans / Developmental protein / DNA-binding / Nucleus / CELL ADHESION-TRANSCRIPTION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of neuroblast migration / regulation of defecation rhythm / mesodermal cell fate determination / Repression of WNT target genes / polarity specification of proximal/distal axis / positive regulation of vulval development / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Transcriptional Regulation by VENTX / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation ...regulation of neuroblast migration / regulation of defecation rhythm / mesodermal cell fate determination / Repression of WNT target genes / polarity specification of proximal/distal axis / positive regulation of vulval development / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Transcriptional Regulation by VENTX / RUNX3 regulates WNT signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / gonad morphogenesis / nematode pharyngeal muscle development / Ca2+ pathway / positive regulation of mesodermal cell fate specification / mesodermal cell fate specification / regulation of asymmetric cell division / asymmetric cell division / mitochondrial unfolded protein response / gonad development / beta-catenin-TCF complex / endodermal cell fate commitment / proximal/distal pattern formation / negative regulation of cell division / embryonic digestive tract development / regulation of cell fate specification / embryonic pattern specification / cell fate determination / cell fate specification / embryo development ending in birth or egg hatching / histone acetyltransferase binding / female gonad development / canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of stem cell proliferation / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / beta-catenin binding / kinetochore / Wnt signaling pathway / histone deacetylase binding / male gonad development / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell cortex / scaffold protein binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sys-1 C-terminal domain-like / c-clamp / Transcription factor TCF/LEF / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...Sys-1 C-terminal domain-like / c-clamp / Transcription factor TCF/LEF / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Arc Repressor Mutant, subunit A / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein pop-1 / Beta-catenin homolog sys-1
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W.
引用
ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: The C. elegans SYS-1 protein is a bona fide beta-catenin.
著者: Liu, J. / Phillips, B.T. / Amaya, M.F. / Kimble, J. / Xu, W.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2005
タイトル: A beta-catenin identified by functional rather than sequence criteria and its role in Wnt/MAPK signaling.
著者: Miskowski, J. / Li, Y. / Kimble, J.
#2: ジャーナル: DEV.BIOL. / 年: 2001
タイトル: The sys-1 gene and sexual dimorphism during gonadogenesis in Caenorhabditis elegans.
著者: Kidd III, A.R. / Miskowski, J.A. / Siegfried, K.R. / Sawa, H. / Kimble, J.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: Reciprocal asymmetry of SYS-1/beta-catenin and POP-1/TCF controls asymmetric divisions in Caenorhabditis elegans.
著者: Phillips, B.T. / Kidd III, A.R. / King, R. / Hardin, J. / Kimble, J.
#4: ジャーナル: Development / 年: 2007
タイトル: Binary cell fate specification during C. elegans embryogenesis driven by reiterated reciprocal asymmetry of TCF POP-1 and its coactivator beta-catenin SYS-1.
著者: Huang, S. / Shetty, P. / Robertson, S.M. / Lin, R.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sys-1 protein
B: Sys-1 protein
C: Pop-1 8-residue peptide
D: Pop-1 8-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1764
ポリマ－145,1764
非ポリマー00
水1,29772
1
A: Sys-1 protein
C: Pop-1 8-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5882
ポリマ－72,5882
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
手法PISA
2
B: Sys-1 protein
D: Pop-1 8-residue peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,5882
ポリマ－72,5882
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.969, 85.343, 93.657
Angle α, β, γ (deg.)65.220, 78.080, 83.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSEALAALAAA180 - 2191 - 40
21MSEMSEALAALABB180 - 2191 - 40
32ASNASNMSEMSEAA225 - 59046 - 411
42ASNASNMSEMSEBB225 - 59046 - 411
53LYSLYSCYSCYSAA600 - 628421 - 449
63LYSLYSCYSCYSBB600 - 628421 - 449
74MSEMSELEULEUAA631 - 734452 - 555
84MSEMSELEULEUBB631 - 734452 - 555
95PROPROLEULEUAA742 - 792563 - 613
105PROPROLEULEUBB742 - 792563 - 613

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要素

#1: タンパク質 Sys-1 protein


分子量: 71636.766 Da / 分子数: 2 / 断片: Armadillo Domain (UNP residues 180 - 798) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: SYS-1 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9XVI2
#2: タンパク質・ペプチド Pop-1 8-residue peptide


分子量: 951.078 Da / 分子数: 2 / 断片: Beta-catenin Binding Domain (UNP residues 8 - 15) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: POP-1 / プラスミド: pGEX4T-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q10666
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Hepes, 0.6 M Na/K Tartrate, 20 mM Glycine and 5mM DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 75516 / Num. obs: 75516 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 72.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 81642
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
12.6-10032.90.912594
8.91-12.6200.9541132
7.27-8.9121.90.9441452
6.3-7.2728.70.9161682
5.64-6.329.20.9181902
5.14-5.6428.10.9262103
4.76-5.1423.60.9342270
4.45-4.76230.9362422
4.2-4.4523.50.9342576
3.98-4.224.80.9232756
3.8-3.9826.50.9122938
3.64-3.827.30.912981
3.49-3.6431.90.8993210
3.37-3.4935.10.8893342
3.25-3.3737.40.8863508
3.15-3.25390.8743567
3.06-3.1543.10.8783757
2.97-3.0648.30.8723860
2.89-2.97520.8723943
2.82-2.89550.8563938
2.75-2.8283.80.8313828
2.69-2.7592.80.8233812
2.63-2.6990.70.8083627
2.57-2.6388.80.7923382
2.52-2.5788.20.7763137
2.47-2.5289.10.7622923
2.42-2.4790.20.7242528
2.38-2.4290.70.7042183
2.32-2.3891.70.6582289

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.633 / SU ML: 0.174 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.314 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 3763 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.218 75483 93.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.676 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.74 Å21.65 Å20.24 Å2
2--0.89 Å2-0.6 Å2
3---0.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9885 0 0 72 9957
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02210110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1551.96413757
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.90351242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.77924.086443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.012151739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8971564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027564
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.24612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.27124
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1580.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.15926471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.886310209
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4344094
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.74463548
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3262 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.325
LOOSE THERMAL2.1910
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.567 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 198 -
Rwork0.281 3894 -
all-4092 -
obs--68.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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