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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c2f | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the quinolinate phosphoribosyl transferase (BNA6) from Saccharomyces cerevisiae complexed with PRPP | ||||||
![]() | Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / QPRTase / PRTase / BNA6 / PRPP / Cytoplasm / Glycosyltransferase / Nucleus / Pyridine nucleotide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() Nicotinate metabolism / quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / NAD biosynthetic process / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | di Luccio, E. / Wilson, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comprehensive X-ray Structural Studies of the Quinolinate Phosphoribosyl Transferase (BNA6) from Saccharomyces cerevisiae. 著者: di Luccio, E. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer composed of a trimer of dimer in the asymmetric unit generated by the operations: -Y, X-Y, Z ; Y-X, -X, Z; Y, X, -Z ; X-Y, -Y, -Z ; -X, Y-X, -Z ; dimer is generated by : -X, Y-X, -Z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32270.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: BNA6, QPT1 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P43619, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) |
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#2: 糖 | ChemComp-PRP / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: 0.979397 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979397 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.8 % / Av σ(I) over netI: 14.9 / 数: 64403 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.35 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 13552 / % possible obs: 99.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 13619 / Num. obs: 13552 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.432 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 5.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1313 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 97 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.432 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
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