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- PDB-3c2f: Crystal structure of the quinolinate phosphoribosyl transferase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2f
タイトルCrystal structure of the quinolinate phosphoribosyl transferase (BNA6) from Saccharomyces cerevisiae complexed with PRPP
要素Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE / QPRTase / PRTase / BNA6 / PRPP / Cytoplasm / Glycosyltransferase / Nucleus / Pyridine nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Nicotinate metabolism / quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / NAD biosynthetic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 ...Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PRP / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者di Luccio, E. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Comprehensive X-ray Structural Studies of the Quinolinate Phosphoribosyl Transferase (BNA6) from Saccharomyces cerevisiae.
著者: di Luccio, E. / Wilson, D.K.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6612
ポリマ－32,2711
非ポリマー3901
水1,44180
1
A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,96512
ポリマ－193,6246
非ポリマー2,3406
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_556x-y,-y,-z+11
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area31870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)154.905, 154.905, 70.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

HOH

詳細The biological assembly is a hexamer composed of a trimer of dimer in the asymmetric unit generated by the operations: -Y, X-Y, Z ; Y-X, -X, Z; Y, X, -Z ; X-Y, -Y, -Z ; -X, Y-X, -Z ; dimer is generated by : -X, Y-X, -Z

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Quinolinate phosphoribosyltransferase / QAPRTase


分子量: 32270.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BNA6, QPT1 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P43619, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 糖 ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP


タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13O14P3
識別子タイププログラム
a-D-Ribf1PO35PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.979397 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月12日
放射モノクロメーター: 0.979397 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979397 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.8 % / Av σ(I) over netI: 14.9 / 数: 64403 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.07 / D res high: 2.35 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 13552 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.063099.810.0350.9314.6
4.025.0699.810.0481.0214.8
3.514.0299.910.0460.8554.9
3.193.5110010.0660.9854.9
2.963.1999.910.0981.0594.9
2.792.9610010.131.1254.9
2.652.7910010.1861.184.9
2.532.6510010.2311.1474.9
2.432.5399.510.2851.2084.6
2.352.439710.3021.2164.1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 13619 / Num. obs: 13552 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 45.432 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.302 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1313 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 97

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 6.841 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 518 4 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 12878 95.06 %-
all-12360 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.432 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.29 Å2-1.65 Å20 Å2
2---3.29 Å20 Å2
3---4.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 22 80 2144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5831.972842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3925264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.58624.82887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.82815357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.452159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3020.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2820.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.330.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2180.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1190.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.6111.51350
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.55622112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it16.8363838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it19.6164.5730
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 40 -
Rwork0.243 779 -
all-819 -
obs--85.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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