PDB-3c20: Crystal Structure of Threonine-sensitive Aspartokinase from Metha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c20

タイトル

Crystal Structure of Threonine-sensitive Aspartokinase from Methanococcus jannaschii with L-aspartate

要素

Probable aspartokinase

キーワード

TRANSFERASE / kinase / allosetric inhibition / theronine-sensitive / ACT domain / Amino-acid biosynthesis / Threonine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate kinase / aspartate kinase activity / homoserine biosynthetic process / threonine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Liu, X. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: The Structural Basis for Allosteric Inhibition of a Threonine-sensitive Aspartokinase.
著者: Liu, X. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.

履歴

登録	2008年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c20.cif.gz	181.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c20.ent.gz	145.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c20.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c20_validation.pdf.gz	463.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c20_full_validation.pdf.gz	483.7 KB	表示
XML形式データ	3c20_validation.xml.gz	33.6 KB	表示
CIF形式データ	3c20_validation.cif.gz	46.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c20 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c20	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c1mSC 3c1nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aqu-d 1pxy-1 5aqh-d 3fzm-d 3r6s-4 2h0g-d 5lxv-d 5aqo-1 6njy-d 4iru-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (3) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (3) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable aspartokinase

B: Probable aspartokinase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable aspartokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable aspartokinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.973, 199.071, 96.394
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	B
2	2	A
1	3	B
2	3	A
1	4	A
2	4	B
1	5	A
2	5	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	GLN	GLN	1	A	A	2 - 55	2 - 55
2	1	THR	THR	GLN	GLN	1	B	B	2 - 55	2 - 55
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	2	B	B	56 - 130	56 - 130
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	2	A	A	56 - 130	56 - 130
1	3	ARG	ARG	LEU	LEU	1	B	B	131 - 260	131 - 260
2	3	ARG	ARG	LEU	LEU	1	A	A	131 - 260	131 - 260
1	4	ALA	ALA	CYS	CYS	2	A	A	261 - 405	261 - 405
2	4	ALA	ALA	CYS	CYS	2	B	B	261 - 405	261 - 405
1	5	VAL	VAL	LYS	LYS	1	A	A	406 - 470	406 - 470
2	5	VAL	VAL	LYS	LYS	1	B	B	406 - 470	406 - 470

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: タンパク質	Probable aspartokinase / Aspartate kinase 分子量: 51457.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0571 / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q57991, aspartate kinase
#2: 化合物	ChemComp-ASP / ASPARTIC ACID / アスパラギン酸タイプ: L-peptide linking / 分子量: 133.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₇NO₄
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 14% PEG4000, 0.1M Tris, 0.8M ammonium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1.039 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.039 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 30974 / % possible obs: 0.91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 28.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / R_sym value: 0.395

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CrystalClear		データ収集
CrystalClear		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

開始モデル: PDB code:3C1M

3c1m

解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 37.776 / SU ML: 0.353 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27298	1466	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23794	-	-	-
obs	0.23976	27389	99.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.893 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.95 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.61 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.383 Å	-
Luzzati sigma a	-	0.4543 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7075	0	24	13	7112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	7178
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.183	1.987	9666
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.711	5	927
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.122	24.892	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.517	15	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.411	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5156
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	3712
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	5016
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.202	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.371	1.5	4732
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.653	2	7440
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.798	3	2677
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.428	4.5	2226
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	406	tight positional	0.02	0.05
2	B	300	tight positional	0.03	0.05
3	B	983	tight positional	0.03	0.05
4	A	556	tight positional	0.06	0.05
5	A	475	tight positional	0.03	0.05
2	B	311	medium positional	0.6	0.5
4	A	491	medium positional	0.83	0.5
1	A	406	tight thermal	0.04	0.5
2	B	300	tight thermal	0.04	0.5
3	B	983	tight thermal	0.05	0.5
4	A	556	tight thermal	0.04	0.5
5	A	475	tight thermal	0.05	0.5
2	B	311	medium thermal	0.29	2
4	A	491	medium thermal	0.28	2

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	120	-
R_work	0.294	1967	-
obs	-	-	99.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7688	-0.027	-1.4799	2.3169	0.1013	3.9834	-0.0925	-0.1558	-0.3432	0.0033	-0.045	-0.1846	-0.0524	0.436	0.1374	0.2339	-0.1116	0.0188	0.2023	-0.0834	0.1208	-25.121	-7.663	-27.335
2	3.8126	1.9613	-2.2659	9.5932	3.6143	4.0083	0.3137	-0.0702	0.2849	0.2809	-0.2891	0.3151	-0.2503	-0.1914	-0.0246	0.3645	0.0233	0.0383	0.1918	-0.1046	0.172	-38.826	7.057	-22.663
3	5.1723	3.3212	0.7846	5.7363	0.7857	1.6418	-0.0513	0.1391	-1.0913	-0.2098	0.3197	-1.2436	0.0243	0.1682	-0.2684	0.2105	-0.0167	0.1969	0.0631	-0.1732	0.3912	-26.227	20.145	-4.665
4	2.7807	0.6177	-0.901	1.8997	-0.8278	1.2719	0.1395	0.1189	0.0183	0.4892	-0.0607	0.0094	-0.1604	-0.0316	-0.0788	0.1234	-0.021	0.045	0.099	-0.0577	0.0946	-10.465	58.708	-0.735
5	8.1426	2.5273	-1.134	8.4231	-0.3944	0.1582	0.2436	-0.2467	-0.3104	0.3831	-0.2716	0.4695	0.1618	-0.3316	0.028	0.1934	-0.145	0.0997	0.2037	-0.0184	0.1596	-21.986	44.653	7.852
6	3.5749	-0.0841	-1.9604	4.1029	0.822	3.6614	-0.2193	0.5327	-0.2268	-0.7983	0.1826	-0.4119	-0.0253	-0.208	0.0368	0.2661	-0.111	0.1717	0.1467	-0.1132	0.1472	-30.535	31.746	-12.715

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 258	2 - 258
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	259 - 309	259 - 309
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	310 - 470	310 - 470
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	2 - 258	2 - 258
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	259 - 309	259 - 309
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	310 - 470	310 - 470

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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