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万見
- PDB-3c0k: Crystal Structure of a ribosomal RNA methyltranferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0k
タイトルCrystal Structure of a ribosomal RNA methyltranferase
要素UPF0064 protein yccW
キーワードTRANSFERASE / PUA domain / Adomet dependent methyltransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine) methyltransferase activity / 23S rRNA (cytosine1962-C5)-methyltransferase / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / single-species biofilm formation / rRNA base methylation / rRNA methylation / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
rRNA large subunit methyltransferase I / RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase ...rRNA large subunit methyltransferase I / RlmI, PUA-like domain / PUA-like domain / RNA methyltransferase domain (HRMD) like / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Transcription Regulator spoIIAA / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase I
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Subramanian, S. / Jayaraman, S. / Bujnicki, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli 23S rRNA:m5C methyltransferase RlmI (YccW) reveals evolutionary links between RNA modification enzymes
著者: Sunita, S. / Tkaczuk, K.L. / Purta, E. / Kasprzak, J.M. / Douthwaite, S. / Bujnicki, J.M. / Sivaraman, J.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UPF0064 protein yccW
B: UPF0064 protein yccW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,7642
ポリマ－89,7642
非ポリマー00
水8,251458
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area29830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.312, 80.875, 66.155
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UPF0064 protein yccW


分子量: 44881.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / プラスミド: pCA24N / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P75876, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 458 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 30% (w/v) PEG 4000, 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.2M sodium acetate, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9791, 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月10日
詳細: vertically collimating mirror (that is shared with X12B) followed by a channel-cut Si(111) crystal monochromator and a doubly focusing toroidal mirror.
放射モノクロメーター: Si(111) crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97951
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 42783 / % possible obs: 75 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称分類
CBASSデータ収集
SnB位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→42.25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 -9.2 %
Rwork0.194 --
obs-42783 92.9 %
溶媒の処理Bsol: 52.956 Å2
原子変位パラメータBiso max: 64.99 Å2 / Biso mean: 24.899 Å2 / Biso min: 7.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.643 Å20 Å2-2.349 Å2
2---0.977 Å20 Å2
3---6.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6129 0 0 458 6587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.243

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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