PDB-3c0f: Crystal Structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c0f

タイトル

Crystal Structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeoglobus fulgidus DSM 4304 solved by S-SAD using a Cr X-ray source

要素

Uncharacterized protein AF_1514

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / hot dog fold / sulphur SAD / methylated

機能・相同性

Dna Ligase; domain 1 - #340 / Domain of unknown function DUF5619 / Domain of unknown function (DUF5619) / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein AF_1514

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Li, Y. / Bahti, P. / Shaw, N. / Song, G. / Yin, J. / Zhu, J.-Y. / Zhang, H. / Xu, H. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeoglobus fulgidus DSM 4304 solved by S-SAD using a Cr X-ray source.
著者: Li, Y. / Bahti, P. / Shaw, N. / Song, G. / Chen, S. / Zhang, X. / Zhang, M. / Cheng, C. / Yin, J. / Zhu, J.Y. / Zhang, H. / Che, D. / Xu, H. / Abbas, A. / Wang, B.C. / Liu, Z.J.

履歴

登録	2008年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c0f.cif.gz	34.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c0f.ent.gz	23.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c0f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c0f_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c0f_full_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示
XML形式データ	3c0f_validation.xml.gz	8.2 KB	表示
CIF形式データ	3c0f_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4lwj-d 1b7f-1 1g2e-d 6cqo-2 1b7f-2 1o6a-d 3k2m-2 3a9j-d 6tu9-2 1xm8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Uncharacterized protein AF_1514

10.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Uncharacterized protein AF_1514

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.737, 49.737, 106.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Uncharacterized protein AF_1514 分子量: 10654.134 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) 生物種: Archaeoglobus fulgidus / 株: DSM4304 / 遺伝子: AF1514 / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O28758
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.19 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 10 % v/v MPD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007	2		2.29

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2007年11月12日
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2007年11月18日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	2.29	1

反射

解像度: 1.8→45.08 Å / Num. all: 13109 / Num. obs: 11982 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.74 / 冗長度: 9.2 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_merge(I) obs: 0.041 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 46.2

反射シェル

解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 735 / R_sym value: 0.216 / % possible all: 58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / SU B: 4.362 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.8 / σ(I): 1.8 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22647	575	4.8 %	RANDOM
R_work	0.20554	-	-	-
obs	0.20652	11347	91.27 %	-
all	-	13109	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.372 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.31 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.035 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	682	0	0	121	803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.009	1.995	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.217	5	84
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.942	25	34
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.344	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.08	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	528
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.171	0.2	290
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	466
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.064	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.203	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.073	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.28	1.5	434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.49	2	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.698	3	308
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.058	4.5	273

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / R_factor R_free error: 0.114 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.412	21	-
R_work	0.409	484	-
obs	-	420	53.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.7769	-10.2464	10.3172	10.4615	-7.2985	12.9779	-0.104	0.0985	0.4025	0.0338	-0.1528	-0.3771	-0.2391	0.4482	0.2567	0.0107	-0.0372	0.0285	0.106	-0.0414	-0.0112	24.892	21.687	-2.267
2	31.0341	0.1242	7.3803	4.3188	-0.6319	15.9937	-0.2957	-0.7735	-0.6525	0.3834	0.2974	-0.232	0.6772	0.2039	-0.0017	0.0199	0.0661	0.0248	0.0715	0.0028	-0.0337	30.263	9.338	-5.375
3	16.8098	-3.0384	-4.0965	6.1705	1.4216	5.6402	-0.0219	-0.3261	-0.5663	0.0824	-0.0706	0.0448	0.3397	0.2773	0.0925	0.0182	-0.0259	0.0102	0.0674	0.0125	-0.0026	19.998	11.735	-5.591
4	4.4905	-0.4854	-1.4263	0.8888	0.6817	1.6146	0.0602	-0.1288	-0.0752	-0.0213	-0.0482	-0.0574	-0.0711	0.0734	-0.012	0.0431	-0.0111	-0.0048	0.0833	-0.0023	0.0144	25.576	16.617	-13.484
5	16.1165	-6.2572	-5.5389	24.8154	15.4812	10.8073	0.3746	1.0946	0.9414	-1.3759	0.6344	-1.3512	-1.3547	0.8988	-1.009	0.163	-0.0079	0.0636	0.1428	-0.0113	0.0653	32.918	23.337	-22.959
6	19.9059	-0.0989	-0.0582	4.4325	-3.0433	6.2264	0.0074	-0.0291	0.5235	-0.0846	0.0577	-0.2469	-0.5501	-0.1468	-0.0651	0.0648	0.0022	0.0251	-0.005	0.0033	-0.0433	25.605	23.824	-19.472
7	5.2969	-2.5477	3.0636	2.978	-1.4957	5.9229	-0.2013	0.2498	0.1598	-0.0908	0.0328	-0.1305	-0.4027	0.1269	0.1685	0.0258	-0.0296	0.0198	0.0576	-0.0016	0.0113	20.449	22.438	-12.763
8	7.1326	0.2094	1.8546	1.2533	0.0122	2.9705	-0.1102	0.0545	-0.0232	-0.0423	0.0839	0.1123	-0.0842	-0.0566	0.0263	0.0455	0.0076	0.016	0.0718	-0.0219	0.0124	19.168	18.344	-11.187

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	A	3 - 13	3 - 13
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	A	14 - 20	14 - 20
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	A	21 - 29	21 - 29
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	A	30 - 50	30 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	A	51 - 57	51 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	A	58 - 64	58 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	A	65 - 74	65 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	A	75 - 87	75 - 87

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