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- PDB-3c0f: Crystal Structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeog... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3c0f | ||||||
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Title | Crystal Structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeoglobus fulgidus DSM 4304 solved by S-SAD using a Cr X-ray source | ||||||
![]() | Uncharacterized protein AF_1514 | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / hot dog fold / sulphur SAD / methylated | ||||||
Function / homology | Dna Ligase; domain 1 - #340 / Domain of unknown function DUF5619 / Domain of unknown function (DUF5619) / Dna Ligase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein AF_1514![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, Y. / Bahti, P. / Shaw, N. / Song, G. / Yin, J. / Zhu, J.-Y. / Zhang, H. / Xu, H. / Wang, B.-C. / Liu, Z.-J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of a novel non-Pfam protein AF1514 from Archeoglobus fulgidus DSM 4304 solved by S-SAD using a Cr X-ray source. Authors: Li, Y. / Bahti, P. / Shaw, N. / Song, G. / Chen, S. / Zhang, X. / Zhang, M. / Cheng, C. / Yin, J. / Zhu, J.Y. / Zhang, H. / Che, D. / Xu, H. / Abbas, A. / Wang, B.C. / Liu, Z.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 29.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 23.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 415.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 415.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 9.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10654.134 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Species: Archaeoglobus fulgidus / Strain: DSM4304 / Gene: AF1514 / Plasmid: pET28b / Species (production host): Escherichia coli / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.09 Å3/Da / Density % sol: 60.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 10 % v/v MPD, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation | Monochromator: Graphite / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.8→45.08 Å / Num. all: 13109 / Num. obs: 11982 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 1.7 / Observed criterion σ(I): 1.74 / Redundancy: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 46.2 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.86 Å / Redundancy: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 735 / Rsym value: 0.216 / % possible all: 58 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 19.372 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.035 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.08 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0.114 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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