PDB-3c02: X-ray structure of the aquaglyceroporin from Plasmodium falciparum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c02

タイトル

X-ray structure of the aquaglyceroporin from Plasmodium falciparum

要素

Aquaglyceroporin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / glycerol / water / transport / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Porin / Transmembrane

機能・相同性

機能・相同性情報

channel activity / membrane => GO:0016020 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Newby, Z.E. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the aquaglyceroporin PfAQP from the malarial parasite Plasmodium falciparum.
著者: Newby, Z.E. / O'Connell, J. / Robles-Colmenares, Y. / Khademi, S. / Miercke, L.J. / Stroud, R.M.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年5月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c02.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c02.ent.gz	44.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c02.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c02_validation.pdf.gz	609.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c02_full_validation.pdf.gz	613.3 KB	表示
XML形式データ	3c02_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	3c02_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c02 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c02	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1fx8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6qzi-1 6qzj-1 1ldf-1 1rc2-1 6qf5-d 6n1g-1 3nkc-1 6n1g-2 1lda-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#173 - 2014年5月アクアポリン (Aquaporin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Aquaglyceroporin

ヘテロ分子

29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aquaglyceroporin

ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin

ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin

ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.430, 92.430, 193.168
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

#1: タンパク質

Aquaglyceroporin

分子量: 28319.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: AQP / プラスミド: pET29b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8WPZ6

#2: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 17% PEG MME 2000, 0.1M Sodium citrate, 15% Glycerol, 0.04M n-octyl-B-D-glucopyranoside, 0.01 Nickel sulfate, 0.01M DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射	モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.2 Å / Num. all: 25478 / Num. obs: 24719 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15 % / B_iso Wilson estimate: 47.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 1819 / R_sym value: 0.435 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1FX8

1fx8

解像度: 2.05→46.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 7.214 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19824	1299	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18088	-	-	-
all	0.184	24719	-	-
obs	0.18175	24179	95.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.51 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1853	0	50	56	1959

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	1981
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.628	1.975	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.374	5	253
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.083	23.286	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.646	15	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.794	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1436
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1089
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.19	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.218	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.854	1.5	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.329	2	1958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.395	3	846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.346	4.5	731
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	67	-
R_work	0.232	1231	-
obs	-	-	67.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.552 Å / Origin y: 19.124 Å / Origin z: 22.738 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2831 Å²	-0.0816 Å²	-0.0288 Å²	-	0.1454 Å²	-0.1112 Å²	-	-	0.0286 Å²
L	1.2542 °²	-0.1237 °²	-0.0528 °²	-	1.079 °²	0.0185 °²	-	-	1.9651 °²
S	-0.0163 Å °	-0.3277 Å °	0.2916 Å °	0.2784 Å °	0.0253 Å °	-0.1287 Å °	-0.519 Å °	0.237 Å °	-0.0089 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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