[日本語] English
万見
- PDB-3c02: X-ray structure of the aquaglyceroporin from Plasmodium falciparum -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c02
タイトルX-ray structure of the aquaglyceroporin from Plasmodium falciparum
要素Aquaglyceroporin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glycerol / water / transport / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP / Porin / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


glucosylglycerol transmembrane transport / Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / polyol transmembrane transporter activity / polyol transmembrane transport / glycerol transmembrane transporter activity / glycerol channel activity / glycolipid biosynthetic process / urea transmembrane transporter activity ...glucosylglycerol transmembrane transport / Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Passive transport by Aquaporins / polyol transmembrane transporter activity / polyol transmembrane transport / glycerol transmembrane transporter activity / glycerol channel activity / glycolipid biosynthetic process / urea transmembrane transporter activity / glycerol transmembrane transport / urea transmembrane transport / water transport / water channel activity / ammonium channel activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Glycerol uptake facilitator protein / Glycerol uptake facilitator protein. / Major intrinsic protein / Major intrinsic protein / Aquaporin-like / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Newby, Z.E. / Stroud, R.M. / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the aquaglyceroporin PfAQP from the malarial parasite Plasmodium falciparum.
著者: Newby, Z.E. / O'Connell, J. / Robles-Colmenares, Y. / Khademi, S. / Miercke, L.J. / Stroud, R.M.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aquaglyceroporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0727
ポリマ－28,3191
非ポリマー7536
水1,00956
1
A: Aquaglyceroporin
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin
ヘテロ分子

A: Aquaglyceroporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,28828
ポリマ－113,2764
非ポリマー3,01124
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area12670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.430, 92.430, 193.168
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

-
要素

#1: タンパク質 Aquaglyceroporin


分子量: 28319.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: AQP / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8WPZ6
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 17% PEG MME 2000, 0.1M Sodium citrate, 15% Glycerol, 0.04M n-octyl-B-D-glucopyranoside, 0.01 Nickel sulfate, 0.01M DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→46.2 Å / Num. all: 25478 / Num. obs: 24719 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15 % / Biso Wilson estimate: 47.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 28.8
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 1819 / Rsym value: 0.435 / % possible all: 69.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FX8

1fx8


解像度: 2.05→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 7.214 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19824 1299 5.1 %RANDOM
Rwork0.18088 ---
all0.184 24719 --
obs0.18175 24179 95.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.452 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å20 Å2
2--1.51 Å20 Å2
3----3.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1853 0 50 56 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221981
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6281.9752696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3745253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08323.28670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.64615301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.794154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.190.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2180.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.51249
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32921958
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3953846
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3464.5731
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.242 67 -
Rwork0.232 1231 -
obs--67.18 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.552 Å / Origin y: 19.124 Å / Origin z: 22.738 Å
111213212223313233
T0.2831 Å2-0.0816 Å2-0.0288 Å2-0.1454 Å2-0.1112 Å2--0.0286 Å2
L1.2542 °2-0.1237 °2-0.0528 °2-1.079 °20.0185 °2--1.9651 °2
S-0.0163 Å °-0.3277 Å °0.2916 Å °0.2784 Å °0.0253 Å °-0.1287 Å °-0.519 Å °0.237 Å °-0.0089 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る