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万見
- PDB-3bzi: Molecular and structural basis of polo-like kinase 1 substrate re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bzi
タイトルMolecular and structural basis of polo-like kinase 1 substrate recognition: Implications in centrosomal localization
要素
  • 9 mer peptide from M-phase inducer phosphatase 3
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードTRANSFERASE / Kinase / cell cycle / localization / ATP-binding / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / mitotic nuclear membrane disassembly / polo kinase / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / nuclear membrane disassembly / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / Golgi inheritance / Phosphorylation of the APC/C / anaphase-promoting complex binding / outer kinetochore / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / microtubule bundle formation / mitotic chromosome condensation / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / regulation of mitotic spindle assembly / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / centrosome cycle / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic cell cycle phase transition / regulation of mitotic nuclear division / WW domain binding / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / mitotic spindle pole / spindle midzone / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic cytokinesis / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / phosphoprotein phosphatase activity / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / RHO GTPases activate PKNs / protein localization to chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / centriole / Mitotic Prometaphase / protein-tyrosine-phosphatase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / protein serine/threonine kinase binding / regulation of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Condensation of Prophase Chromosomes / regulation of cytokinesis / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / establishment of protein localization / RHO GTPases Activate Formins / protein destabilization / peptidyl-serine phosphorylation / kinetochore / mitochondrial intermembrane space / centriolar satellite / positive regulation of protein localization to nucleus / spindle / G2/M transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / spindle pole / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / double-strand break repair / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / midbody / microtubule binding / cell population proliferation / protein phosphorylation / protein ubiquitination / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. ...M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / M-phase inducer phosphatase 3 / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Garcia-Alvarez, B. / de Carcer, G. / Ibanez, S. / Bragado-Nilsson, E. / Montoya, G.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Molecular and structural basis of polo-like kinase 1 substrate recognition: Implications in centrosomal localization.
著者: Garcia-Alvarez, B. / de Carcer, G. / Ibanez, S. / Bragado-Nilsson, E. / Montoya, G.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年2月5日ID: 2OJS
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
E: 9 mer peptide from M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5453
ポリマ－28,4992
非ポリマー461
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.726, 67.481, 87.888
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27502.334 Da / 分子数: 1 / 断片: Polo Box Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1 / プラスミド: pGEX-6-1P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Rosetta / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド 9 mer peptide from M-phase inducer phosphatase 3 / 9 mer peptide from Dual specificity phosphatase Cdc25C


分子量: 997.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P30307
#3: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES pH 7.5, 2M ammonium formate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.84 Å / Num. all: 13378 / Num. obs: 12144 / % possible obs: 90.77 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1owl

1owl


解像度: 2.1→36.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 5.194 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.222 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24579 627 4.9 %RANDOM
Rwork0.17434 ---
obs0.17785 12144 90.77 %-
all-13378 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1865 0 0 175 2040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.9772576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6255228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11223.22290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.93915339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21309
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1920.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2091.51181
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.04621850
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1953829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7374.5726
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.152 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 40 -
Rwork0.203 844 -
obs--87.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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