PDB-3bzg: UVDE pH4.4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bzg

タイトル

UVDE pH4.4

要素

UV endonuclease

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) /

TIM barrel (TIMバレル) / UVDE /

DNA repair (DNA修復) /

endonuclease (エンドヌクレアーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

response to UV / nucleotide-excision repair /

endonuclease activity /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Meulenbroek, E.M. / Paspaleva, K. / Thomassen, E.A.J. / Abrahams, J.P. / Goosen, N. / Pannu, N.S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Involvement of a carboxylated lysine in UV damage endonuclease
著者: Meulenbroek, E.M. / Paspaleva, K. / Thomassen, E.A. / Abrahams, J.P. / Goosen, N. / Pannu, N.S.

履歴

登録	2008年1月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bzg.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bzg.ent.gz	52.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bzg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bz/3bzg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bzjC 3c0lC 3c0qC 3c0sC 2j6vS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3c0l-d 3tev-1 3tev-2 6x7p-d 4hzp-d 6e29-2 4tuf-2 4u9o-d 3dz1-d 3cer-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UV endonuclease

34 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: UV endonuclease

ソフトウェアが定義した集合体
68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.140, 107.140, 90.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-341- HOH

#1: タンパク質	UV endonuclease / UV damage endonuclease 分子量: 33983.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q746K1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: Acetate, Naformate, MnCl2, pH4.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器	タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→92.848 Å / Num. obs: 24142 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_sym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.282 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
BEST		データ収集
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2J6V

2j6v

解像度: 1.91→28.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 7.448 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24437	1231	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19583	-	-	-
all	0.19823	22835	-	-
obs	0.19823	22835	98.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.794 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0.02 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→28.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2201	0	0	130	2331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.021	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.979	3067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.615	22.212	113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.512	15	382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.11	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.119	0.2	329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1764
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.202	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.216	1.5	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.731	2	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.988	3	940
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.626	4.5	859

LS精密化シェル

解像度: 1.91→1.959 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	89	-
R_work	0.286	1646	-
obs	-	-	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2314	0.7879	-0.1706	1.6617	-0.0689	0.278	-0.0678	-0.2697	-0.0061	0.1864	0.0978	-0.0031	-0.0509	-0.026	-0.03	-0.0217	0.0487	0.0111	0.0309	0.0191	-0.0493	4.33	39.222	14.367
2	29.4703	-5.5003	-11.9396	1.0267	2.211	8.3284	-0.3424	-1.5323	1.6078	0.3848	0.5678	-0.3106	0.0777	0.8166	-0.2254	0.0182	0.0315	-0.0425	0.0318	-0.1898	0.1848	6.643	60.342	14.812
3	1.3398	-0.0913	0.2455	1.9498	0.4395	1.0885	-0.0775	-0.0641	0.0377	-0.0637	0.0538	0.0229	-0.0518	0.0885	0.0237	-0.0641	0.0181	0.0281	-0.0258	0.0162	-0.0251	3.99	45.58	3.118
4	42.0332	-8.4761	-11.738	8.9325	2.6476	3.2897	0.0629	0.2748	1.2089	0.5539	0.0806	1.0929	-0.7915	-0.3525	-0.1436	0.0847	0.0952	0.0558	0.0774	0.0227	0.2352	-18.706	45.753	0.637
5	1.611	0.1276	0.0874	0.9479	-0.3836	2.5542	-0.035	0.1414	-0.166	-0.1008	0.0883	0.1548	0.2132	-0.3038	-0.0533	-0.0777	-0.0473	-0.0091	-0.0109	0.0039	-0.0216	-12.782	33.445	1.929

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 20	26 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	21 - 30	42 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	31 - 140	52 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	141 - 150	162 - 171
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	151 - 275	172 - 296

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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