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万見
- PDB-3byy: Manipulating the coupled folding and binding process drives affin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3byy
タイトルManipulating the coupled folding and binding process drives affinity maturation in a protein-protein complex
要素
  • Enterotoxin type C-3
  • T cell receptor beta chain 8.2
キーワードTOXIN / Secreted / Superantigen
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 ...Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 1. / Staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold / Staphylococcal/Streptococcal toxin, OB-fold domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal/Streptococcal toxin, beta-grasp domain / Staphylococcal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin, conserved site / Staphyloccocal enterotoxin/Streptococcal pyrogenic exotoxin signature 2. / Superantigen, staphylococcal/streptococcal toxin, bacterial / Ubiquitin-like (UB roll) - #120 / Superantigen toxin, C-terminal / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / Ubiquitin-like (UB roll) / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enterotoxin type C-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cho, S. / Eric, J.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Manipulating the coupled folding and binding process drives affinity maturation in a protein-protein complex
著者: Cho, S. / Swaminathan, C.P. / Kerzic, M.C. / Guan, R. / Yang, J. / Kieke, M.C. / Andersen, P.S. / Krantz, D.M. / Mariuzza, R.A. / Eric, S.J.
履歴
登録2008年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T cell receptor beta chain 8.2
B: Enterotoxin type C-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6074
ポリマ－39,4152
非ポリマー1922
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.690, 96.690, 91.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 T cell receptor beta chain 8.2


分子量: 11765.953 Da / 分子数: 1 / 断片: Variable domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Enterotoxin type C-3 / SEC3


分子量: 27649.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: entC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A0L5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUES 129-133 (GKVTG) OF UNP ENTRY P0A0L5 WERE REPLACED WITH RESIDUES 102-104 (WWP) IN THE ...RESIDUES 129-133 (GKVTG) OF UNP ENTRY P0A0L5 WERE REPLACED WITH RESIDUES 102-104 (WWP) IN THE CRYSTALLIZED SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-Cl pH 7.0, 0.3 % 1,6-diaminohexane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 0.9902 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 33391 / Num. obs: 27415 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.754 / SU ML: 0.123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1287 5.2 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.192 24792 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20.62 Å20 Å2
2--1.25 Å20 Å2
3----1.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2752 0 10 109 2871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0222824
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.9463816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4915339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.04425.145138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31715490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.075158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21120
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.21889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1380.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3470.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4211.51753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29122742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.45431258
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0644.51074
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 97 -
Rwork0.224 1719 -
all-1816 -
obs--99.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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