PDB-3byn: Crystal structure of B. subtilis levansucrase mutant E342A bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3byn

タイトル

Crystal structure of B. subtilis levansucrase mutant E342A bound to raffinose

要素

Levansucrase

キーワード

TRANSFERASE / beta propeller / glycoshide hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Futterer, K. / Meng, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Donor substrate recognition in the raffinose-bound E342A mutant of fructosyltransferase Bacillus subtilis levansucrase
著者: Meng, G. / Futterer, K.

履歴

登録	2008年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年5月30日	Group: Non-polymer description
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3byn.cif.gz	106.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3byn.ent.gz	78.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3byn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3byn_validation.pdf.gz	795.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3byn_full_validation.pdf.gz	795.7 KB	表示
XML形式データ	3byn_validation.xml.gz	19.4 KB	表示
CIF形式データ	3byn_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3byjC 3bykC 3bylC 1oygS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3byl-d 3byj-d 4rnv-2 4zjv-1 4rnw-2 2fxv-d 3byk-d 1pt2-d 1al8-d 3om7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levansucrase

ヘテロ分子

53.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.211, 66.700, 124.042
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Levansucrase / Beta-D-fructofuranosyl transferase / Sucrose 6-fructosyl transferase

分子量: 52974.766 Da / 分子数: 1 / 変異: E342A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: SACB / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05655, levansucrase

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-fructofuranose / raffinose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: raffinose

記述子	タイプ	プログラム
DGalpa1-6DGlcpa1-2DFrufb	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5][a2112h-1a_1-5]/1-2-3/a2-b1_b6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: microdialysis / pH: 6.3 詳細: diammonium phosphate, sodium acetate, pH 6.3, MICRODIALYSIS, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月5日
放射	モノクロメーター: OSCMIC CONFOCAL MIRROR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→62.02 Å / Num. all: 27688 / Num. obs: 27688 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.053 / R_sym value: 0.053 / Net I/σ(I): 25.1
反射シェル	解像度: 2.03→2.1 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Mean I/σ(I) obs: 25.5 / R_sym value: 0.097 / % possible all: 98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OYG

1oyg

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 7.768 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22357	1268	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17923	-	-	-
all	0.185	25079	-	-
obs	0.18144	23811	98.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.237 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.52 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3438	0	35	275	3748

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.066	1.949	4813
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.963	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.685	25.562	169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.329	15	582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.683	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2697
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.087	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.188	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.248	1.5	2248
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.416	2	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.715	3	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.144	4.5	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	98	-
R_work	0.178	1724	-
obs	-	3611	98.49 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.1377 Å / Origin y: 29.7902 Å / Origin z: 15.2224 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0833 Å²	0.016 Å²	-0.0084 Å²	-	-0.0881 Å²	0.0027 Å²	-	-	-0.0704 Å²
L	0.7993 °²	0.0664 °²	0.0753 °²	-	0.6977 °²	0.213 °²	-	-	0.9297 °²
S	-0.0125 Å °	-0.024 Å °	0.0196 Å °	0.0411 Å °	0.003 Å °	-0.0099 Å °	-0.038 Å °	0.0003 Å °	0.0095 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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