PDB-3byk: Crystal structure of B. subtilis levansucrase mutant D247A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3byk

タイトル

Crystal structure of B. subtilis levansucrase mutant D247A

要素

Levansucrase

キーワード

TRANSFERASE / beta propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

levansucrase / levansucrase activity / carbohydrate utilization / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Futterer, K. / Meng, G.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Donor substrate recognition in the raffinose-bound E342A mutant of fructosyltransferase Bacillus subtilis levansucrase
著者: Meng, G. / Futterer, K.

履歴

登録	2008年1月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3byk.cif.gz	103.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3byk.ent.gz	78.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3byk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3byk_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3byk_full_validation.pdf.gz	426.3 KB	表示
XML形式データ	3byk_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	3byk_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3byjC 3bylC 3bynC 1oygS 1pt2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3byj-d 1oyg-d 1pt2-d 3byn-d 3rm9-2 5m8c-2 6jm7-d 4mnm-d 3rm4-2 6g9e-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Levansucrase

ヘテロ分子

53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.158, 67.351, 123.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Levansucrase / Beta-D-fructofuranosyl transferase / Sucrose 6-fructosyl transferase 分子量: 52988.793 Da / 分子数: 1 / 変異: D247A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: SACB / プラスミド: pET11c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05655, levansucrase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.88 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: microdialysis / pH: 6.3 詳細: diammonium phosphate, sodium acetate, pH 6.3, MICRODIALYSIS, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年3月7日
放射	モノクロメーター: OSCMIC CONFOCAL MIRROR OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→30 Å / Num. all: 26627 / Num. obs: 26627 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.038 / R_sym value: 0.038 / Net I/σ(I): 25
反射シェル	解像度: 2.07→2.14 Å / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Mean I/σ(I) obs: 25.1 / R_sym value: 0.068 / % possible all: 99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OYG

1oyg

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 4.034 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.18 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1290	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
all	0.171	25579	-	-
obs	0.171	25579	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.073 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.43 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3439	0	1	271	3711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	3514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2982
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.193	1.933	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.773	3	6987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.813	5	439
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3978
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	705
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	629
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.141	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.28	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.285	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.34	1.5	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.621	2	3504
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.133	3	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.745	4.5	1256

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.213 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.225	183
R_work	0.161	3482
obs	-	3665

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 44.4055 Å / Origin y: 29.8743 Å / Origin z: 15.2897 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.016 Å²	0.0094 Å²	-0.0074 Å²	-	0.0058 Å²	-0.0024 Å²	-	-	0.0223 Å²
L	0.5569 °²	0.0227 °²	-0.0126 °²	-	0.468 °²	0.1271 °²	-	-	0.6407 °²
S	-0.0072 Å °	-0.0384 Å °	0.0281 Å °	0.0368 Å °	0.0091 Å °	-0.0018 Å °	-0.0401 Å °	0.0184 Å °	-0.0019 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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