PDB-3by6: Crystal structure of a transcriptional regulator from Oenococcus oeni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3by6

タイトル

Crystal structure of a transcriptional regulator from Oenococcus oeni

要素

Predicted transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Transcriptional regulator / structural genomics / PSI-2 / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Oenococcus oeni (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Zhang, R. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a transcriptional regulator from Oenococcus oeni.
著者: Zhang, R. / Volkart, L. / Gu, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3by6.cif.gz	125.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3by6.ent.gz	99.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3by6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3by6_validation.pdf.gz	461.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3by6_full_validation.pdf.gz	470.1 KB	表示
XML形式データ	3by6_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	3by6_validation.cif.gz	33.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3by6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3by6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1l7c-3 6uyj-d 1n12-d 1nty-d 2bkg-d 3zf6-d 2qsv-d 3zf5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC89087

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted transcriptional regulator

B: Predicted transcriptional regulator

C: Predicted transcriptional regulator

D: Predicted transcriptional regulator

E: Predicted transcriptional regulator

ヘテロ分子

69.3 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Predicted transcriptional regulator

D: Predicted transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Predicted transcriptional regulator

ヘテロ分子

E: Predicted transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Predicted transcriptional regulator

ヘテロ分子

C: Predicted transcriptional regulator

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.434, 103.893, 131.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.85, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Predicted transcriptional regulator 分子量: 13832.881 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oenococcus oeni (バクテリア) / 株: PSU-1 / 遺伝子: GI:116491763, OEOE_1803 / プラスミド: pDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q04D30
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.35 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 3000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月3日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: Si(111) channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2.2→64.02 Å / Num. all: 52664 / Num. obs: 51521 / % possible obs: 97.83 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 40 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 17.48

反射シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 4.26 / Num. unique all: 4108 / % possible all: 87.17

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→41.78 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 13.781 / SU ML: 0.176 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27786	2778	5.1 %	RANDOM
R_work	0.23875	-	-	-
obs	0.24076	51521	97.83 %	-
all	-	51521	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.602 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.93 Å²	0 Å²	-2.82 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4630	0	3	144	4777

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.515	1.984	6280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.987	3	7950
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.008	5	597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.524	26.042	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.403	15	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.06	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	772
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5055
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	767
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	1121
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	3133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	2352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	2378
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	161
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.547	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.179	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.218	0.2	75
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.234	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.889	1.5	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.16	1.5	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.442	2	4853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.113	3	1739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.367	4.5	1427

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.368	169	-
R_work	0.289	3412	-
obs	-	3581	87.17 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.836 Å / Origin y: 58.894 Å / Origin z: 26.856 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0626 Å²	-0.0305 Å²	-0.0741 Å²	-	0.0554 Å²	0.006 Å²	-	-	-0.1045 Å²
L	0.1834 °²	-0.1054 °²	0.3037 °²	-	0.1857 °²	0.0138 °²	-	-	0.7867 °²
S	-0.0732 Å °	0.0687 Å °	0.0285 Å °	0.0272 Å °	0.0131 Å °	0.0567 Å °	-0.0207 Å °	0.1967 Å °	0.0601 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-1 - 40	2 - 43
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	41 - 80	44 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	81 - 117	84 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	0 - 40	3 - 43
5	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	41 - 80	44 - 83
6	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	81 - 117	84 - 120
7	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	0 - 40	3 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	41 - 80	44 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	81 - 117	84 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	0 - 40	3 - 43
11	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	41 - 80	44 - 83
12	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	81 - 117	84 - 120
13	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	-1 - 40	2 - 43
14	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	41 - 80	44 - 83
15	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	81 - 119	84 - 122

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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