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- PDB-3bxu: PpcB, A Cytochrome c7 from Geobacter sulfurreducens -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxu
タイトルPpcB, A Cytochrome c7 from Geobacter sulfurreducens
要素Cytochrome c3
キーワードELECTRON TRANSPORT / Multiheme cytochromes / cytochrome c7 Geobacter sulfurreducens
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c7-like / Cytochrome c7 and related cytochrome c / Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the modulation of the redox properties of two Geobacter sulfurreducens homologous triheme cytochromes.
著者: Morgado, L. / Bruix, M. / Orshonsky, V. / Londer, Y.Y. / Duke, N.E. / Yang, X. / Pokkuluri, P.R. / Schiffer, M. / Salgueiro, C.A.
履歴
登録2008年1月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c3
B: Cytochrome c3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2659
ポリマ－15,4702
非ポリマー3,7957
水3,621201
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8270 Å2
ΔGint-152.7 kcal/mol
Surface area8660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.200, 47.500, 88.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Biological unit of PpcB is unknown. It appears to be a dimer in the crystal with a buried surface area of 1190 square angstrom calculated with the program SURFACE (CCP4).

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c3


分子量: 7735.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
遺伝子: cyd-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q74G83
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 45% Jeffamine ED-2001 0.2 M ammonium iodide, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1.73766, 1.73859, 1.78875
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.737661
21.738591
31.788751
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 58322 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3851 / % possible all: 62

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→19.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 0.931 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.078 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The number of unique measured reflections is too large because the Bijvoet pairs are treated as separate reflections with the scale anomalous option in HKL2000. The following side chain atoms ...詳細: The number of unique measured reflections is too large because the Bijvoet pairs are treated as separate reflections with the scale anomalous option in HKL2000. The following side chain atoms are in weak density and are probably disordered. On Chain A, Asp2: OD1; Lys9: CD, CE, NZ; Lys18: CD, CE, NZ; Lys19: CD, CE, NZ; Lys33: CD, CE, NZ; Lys49: CD, CE, NZ; Lys52: NZ; Glu56: CD, OE1, OE2; Lys60: CD, CE, NZ; Lys70: CG, CD, CE, NZ; Lys71: CB, CG, CD, CE, NZ; on Chain B, Lys9: CG, CD, CE, NZ; Lsy18: NZ; Lys33: CE, NZ; Lys37: CE, NZ; Met58: SD, CE; Lys60: CG, CD, CE, NZ. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18575 3006 9.9 %RANDOM
Rwork0.16168 ---
obs0.16411 27324 93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.746 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→19.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1076 0 263 201 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221406
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6482.5081963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.87732609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2015142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021478
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0290.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.4040.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9441.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49121123
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9683702
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7064.5838
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.06721406
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free3.1172201
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.74121341
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.248 124
Rwork0.219 1286
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0909-0.34440.0261.0526-0.42311.09-0.01760.0079-0.0056-0.03060.0776-0.00350.0108-0.0715-0.060.02140.003-0.00170.0055-0.00310.00987.3736-0.914711.8341
21.7063-0.4625-0.41480.6039-0.0181.4389-0.0083-0.0176-0.01090.01440.0321-0.01380.0274-0.0276-0.02380.023-0.011-0.00440.0060.00570.0179-7.7491-0.6995-10.1498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA - F1 - 741
2X-RAY DIFFRACTION2BB - I1 - 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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