PDB-3bxg: Crystal structure of effector binding domain of central glycolyti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bxg

タイトル

Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (CggR) from Bacillus subtilis in complex with glucose-6-phosphate

要素

Central glycolytic gene regulator

キーワード

GENE REGULATION / effector binding domain / catabolic repressor / transcriptional regulator / DeoR family / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Rezacova, P. / Otwinowski, Z.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the effector-binding domain of repressor Central glycolytic gene Regulator from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several ...
著者: Rezacova, P. / Kozisek, M. / Moy, S.F. / Sieglova, I. / Joachimiak, A. / Machius, M. / Otwinowski, Z.

履歴

登録	2008年1月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3bxg.ent.gz	95.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3bxg_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bx/3bxg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2okgSC 3bxeC 3bxfC 3bxhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mwt-3 3mx2-3 5dvx-d 3mx2-4 3mwp-3 3bxf-d 2okg-2 1l4b-1 3mwp-2 6rre-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Central glycolytic gene regulator

B: Central glycolytic gene regulator

ヘテロ分子

55.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.494, 83.806, 113.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	93 - 339	8 - 254
2	LYS	LYS	ARG	ARG	B	B	89 - 338	4 - 253

NCSアンサンブル: (詳細: A B)

詳細

AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

#1: タンパク質

Central glycolytic gene regulator

分子量: 27560.508 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector binding domain: Residues 89-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: cggR, yvbQ, BSU33950 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32253

#2: 糖

ChemComp-BG6 / 6-O-phosphono-beta-D-glucopyranose / BETA-D-GLUCOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-glucose / 6-O-phosphono-D-glucose / 6-O-phosphono-glucose / β-D-グルコピラノ-ス6-りん酸

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃O₉P

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 487 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium formate pH 6.6, 20% (w/v) PEG 3350. 25mg/ml protein with 10mM glucose-6-phosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→49.8 Å / Num. obs: 49657 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 25.5 Å² / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 24.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OKG

2okg

解像度: 1.8→46.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 5.236 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23281	2507	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18266	46775	98.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.798 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→46.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3777	0	32	487	4296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4030
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.447	1.982	5475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.64	5	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.316	25.394	165
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.821	15	754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.978	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2973
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	79
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.16	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	2664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.012	2	4153
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.919	3	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.068	4.5	1299
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1147 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	medium positional	0.69	0.5
B	medium thermal	1.09	2

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	185	-
R_work	0.252	3005	-
obs	-	-	87.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0402	0.5882	0.4049	5.1573	2.8596	4.7118	0.0319	-0.2527	-0.248	0.1137	-0.0389	-0.0718	0.1405	-0.0343	0.007	-0.1464	-0.0033	-0.0135	-0.1152	0.0443	-0.1399	70.5474	74.3632	76.7147
2	6.4186	-5.1109	-2.1891	6.4257	1.3865	3.0795	-0.1155	-0.2033	0.0303	0.2055	0.2178	0.1657	0.0789	-0.2464	-0.1023	-0.1273	-0.0156	-0.0079	-0.0878	0.0121	-0.166	55.1045	78.0559	73.3615
3	2.5936	-1.2792	-0.1684	3.5456	-0.03	2.2659	0.0218	0.2049	-0.2709	-0.1065	0.0549	0.2215	0.2238	-0.2161	-0.0766	-0.0811	-0.0165	-0.0381	-0.1089	-0.0093	-0.1569	57.9174	77.3126	64.4515
4	5.0466	0.7913	-0.1586	3.2681	-0.6806	3.9651	-0.024	0.3317	-0.0934	-0.1582	0.0688	0.1457	-0.0576	-0.0435	-0.0449	-0.0791	0.0057	-0.0407	-0.0956	0.0049	-0.1674	55.7545	82.8249	59.8735
5	2.5891	7.5895	-5.4763	25.3016	-20.148	17.0738	-0.6732	-0.5836	-0.4318	-0.8781	-0.5637	-2.3494	-0.1052	1.3771	1.2369	0.219	-0.0116	-0.0119	0.2496	0.1292	0.3519	60.0758	98.7955	49.7082
6	3.0751	-1.8097	0.921	3.7474	-1.0611	3.831	-0.1493	0.1569	0.4145	-0.0672	0.0644	0.2417	-0.6224	-0.2912	0.0849	-0.0135	0.0168	-0.051	-0.0998	0.0178	-0.0708	54.7037	93.9579	63.034
7	10.035	10.6271	-9.0897	11.9924	-8.2265	10.9234	-0.5712	0.5556	-0.1312	-1.0923	0.4422	-0.4317	0.4318	-0.3091	0.129	-0.01	-0.0581	0.0558	-0.0051	-0.0175	-0.0932	78.268	89.0042	56.8468
8	5.9424	0.8646	-0.4957	4.71	-1.6533	4.874	-0.1652	0.3136	0.1222	-0.1791	0.0631	-0.1541	-0.4735	0.2673	0.1021	-0.0525	-0.0701	-0.0092	-0.0815	0.015	-0.1413	77.6018	92.8277	65.6416
9	3.2437	-0.041	0.5766	2.6104	-0.0572	1.9311	-0.0558	0.0363	0.2663	0.0451	-0.0044	-0.0082	-0.2579	0.1296	0.0602	-0.1161	-0.0425	-0.0026	-0.1128	0.0027	-0.1802	69.4475	86.6504	71.3647
10	24.3892	-0.0293	17.2396	22.3953	3.7436	24.5448	0.4422	0.1209	-0.6023	0.6413	0.1528	-1.1386	0.5997	-0.2378	-0.595	-0.1209	-0.0074	-0.0286	-0.0731	0.0041	-0.1171	81.363	74.2592	78.3475
11	2.5941	0.9867	-0.6627	2.5032	-0.5219	1.9477	-0.0754	-0.0762	-0.2213	0.0074	0.0186	-0.1811	0.1279	0.079	0.0568	-0.1217	0.0001	-0.0197	-0.1392	-0.0028	-0.1326	48.6245	74.2635	37.6639
12	7.2375	-3.8873	-2.7847	5.664	3.677	5.1543	0.0022	-0.3558	-0.0134	0.3266	0.068	-0.217	-0.013	0.0011	-0.0702	-0.0742	-0.0269	-0.04	-0.0604	0.0124	-0.1634	52.4506	81.4841	44.7413
13	4.917	-9.0476	-3.9221	18.2036	8.43	4.0744	0.0676	0.1637	0.1354	0.2339	0.0162	0.1332	-0.3661	-0.3742	-0.0838	0.1996	0.0572	0.0104	-0.0047	-0.0002	-0.0459	53.1623	100.8852	42.4641
14	4.2498	0.4828	-1.3146	2.2049	0.2753	1.6511	0.0103	-0.0167	0.2299	-0.0835	0.0929	-0.2806	-0.1862	0.1002	-0.1032	-0.096	0.015	0.0166	-0.1394	0.0048	-0.1525	51.4687	88.3207	33.6126
15	5.8618	-4.9596	-1.2064	15.3002	4.3354	7.7292	-0.071	-0.2497	0.5037	1.263	0.2965	-0.4485	-0.3465	0.4497	-0.2256	0.1573	0.0175	0.1005	-0.0416	-0.0077	-0.0608	32.886	93.9507	47.8638
16	6.4457	-0.0393	0.259	5.7344	-0.98	4.6971	-0.0177	-0.008	0.2108	0.2421	0.1418	0.1684	-0.4641	-0.1743	-0.1242	-0.0585	0.0479	0.033	-0.1206	0.0224	-0.1158	30.9788	92.1661	37.8756
17	6.0698	1.799	1.0977	14.3483	15.693	20.4387	0.1621	0.2339	0.5854	-0.4428	-0.2451	0.1582	-0.864	-0.5405	0.083	-0.08	0.0146	0.0217	-0.0762	0.0543	-0.0468	43.2681	92.9066	31.8642
18	2.2273	0.6184	-0.5347	2.6832	-1.2169	2.6385	-0.0019	0.1182	-0.066	-0.029	0.052	0.2332	-0.0544	-0.1818	-0.0502	-0.1337	0.0014	0.0035	-0.1282	-0.0052	-0.1397	33.7541	78.561	34.0282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	93 - 126
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	127 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	144 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	165 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	203 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	221 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	241 - 260
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	261 - 285
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	286 - 333
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	334 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	120 - 178
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	179 - 202
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	203 - 221
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	222 - 242
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	243 - 260
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	261 - 285
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	286 - 296
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	297 - 332

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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