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- PDB-3bx4: Crystal structure of the snake venom toxin aggretin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bx4
タイトルCrystal structure of the snake venom toxin aggretin
要素
  • Aggretin alpha chain
  • Aggretin beta chain
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cytokine activity / signaling receptor activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily ...: / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snaclec rhodocytin subunit beta / Snaclec rhodocytin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Agkistrodon rhodostoma (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Hooley, E. / Papagrigoriou, E. / Navdaev, A. / Pandey, A. / Clemetson, J.M. / Clemetson, K.J. / Emsley, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the platelet activator aggretin reveals a novel (alphabeta)2 dimeric structure.
著者: Hooley, E. / Papagrigoriou, E. / Navdaev, A. / Pandey, A.V. / Clemetson, J.M. / Clemetson, K.J. / Emsley, J.
履歴
登録2008年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aggretin alpha chain
B: Aggretin beta chain
C: Aggretin alpha chain
D: Aggretin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,16214
ポリマ－65,2054
非ポリマー95710
水5,837324
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.318, 91.305, 118.916
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLEULEU5AA6 - 1346 - 134
21ASPASPLEULEU5CC6 - 1346 - 134
12SERSERPHEPHE4BB4 - 12127 - 144
22SERSERPHEPHE4DD4 - 12127 - 144

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Aggretin alpha chain


分子量: 15812.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agkistrodon rhodostoma (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q9I841
#2: タンパク質 Aggretin beta chain


分子量: 16790.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agkistrodon rhodostoma (ヘビ) / Secretion: venom / 参照: UniProt: Q9I840
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2.4M ammonium sulphate, 25mM ammonium acetate, 2% isopropanol, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月26日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→14.91 Å / Num. obs: 77418 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.6
反射 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FVU

1fvu


解像度: 1.7→14.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.121 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 3853 5 %RANDOM
Rwork0.20236 ---
all0.20404 73565 --
obs0.20404 73565 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.968 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4189 0 51 324 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0214320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.9085873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4285511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64324.844225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.6815675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5821513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.22872
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2170.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3371.52587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17324052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92932056
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2514.51818
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A513medium positional0.240.5
2B947medium positional0.440.5
1A516loose positional0.645
1A513medium thermal2.592
2B947medium thermal2.872
1A516loose thermal3.0510
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 270 -
Rwork0.273 5312 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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