[日本語] English
万見
- PDB-3bwl: Crystal structure of PAS domain of HTR-like protein from Haloarcu... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bwl
タイトルCrystal structure of PAS domain of HTR-like protein from Haloarcula marismortui
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / APC87707.1 / PAS domain / HTR-like protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Kinase / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / PAS fold-4 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif ...: / PAS fold-4 / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / Histidine kinase-like ATPases / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Haloarcula marismortui ATCC 43049 (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of PAS domain of HTR-like protein from Haloarcula marismortui.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Freeman, L. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
C: Sensor protein
D: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,05413
ポリマ－59,3524
非ポリマー7029
水8,467470
1
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0156
ポリマ－29,6762
非ポリマー3394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
手法PISA
2
C: Sensor protein
D: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0397
ポリマ－29,6762
非ポリマー3635
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.811, 68.533, 105.988
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

-
要素

#1: タンパク質
Sensor protein


分子量: 14837.896 Da / 分子数: 4 / 断片: PAS domain: Residues 387-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haloarcula marismortui ATCC 43049 (好塩性)
生物種: Haloarcula marismortui / 株: DSM 3752 / JCM 8966 / 遺伝子: htlD, rrnAC0075 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5V5P7, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-I3A / 1H-INDOLE-3-CARBALDEHYDE / 1H-インド-ル-3-カルボアルデヒド


分子量: 145.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H7NO / コメント: アゴニスト*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M Hepes buffer, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月5日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→35.6 Å / Num. all: 51106 / Num. obs: 51106 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 32.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Χ2: 1.893 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 2998 / Χ2: 0.933 / % possible all: 81.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.73→35.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.274 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ELECTRON DENSITY INDICATES THAT AN INDOLE DERIVATIVE, MODELED AS INDOLE-3-CARBOXALDEHYDE (I3A), IS LOCATED IN PUTATIVE ACTIVE SITE OF ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ELECTRON DENSITY INDICATES THAT AN INDOLE DERIVATIVE, MODELED AS INDOLE-3-CARBOXALDEHYDE (I3A), IS LOCATED IN PUTATIVE ACTIVE SITE OF EACH MONOMER. HOWEVER, AUTHORS DO NOT EXCLUDE POSSIBILITY THAT ANOTHER LIGAND IS PRESENT IN THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 2589 5.1 %RANDOM
Rwork0.159 ---
all0.161 51009 --
obs0.161 51009 98.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.822 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20 Å20 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----1.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→35.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3947 0 49 470 4466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224351
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.9755909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0215572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.96623.948271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68215827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6281558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21935
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22947
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.2369
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0061.52667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44224135
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.39731916
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7884.51727
LS精密化 シェル解像度: 1.73→1.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 144 -
Rwork0.237 2830 -
all-2974 -
obs-2974 78.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.30314.4288-1.469314.6034-3.849514.0159-0.01140.2780.2249-0.3465-0.03380.0211-0.30490.19290.0453-0.00570.0013-0.00890.00110.0076-0.009927.126-4.711-10.672
211.1029-0.4448-14.27791.59815.941750.59890.24230.13810.2345-0.0139-0.1562-0.0343-0.993-0.5605-0.0860.03240.0053-0.0016-0.0396-0.0091-0.080222.703-2.311-0.39
37.71624.5346-1.23172.6812-1.225515.55240.18750.3654-0.47520.20730.0961-0.06730.01170.1106-0.28360.0098-0.00950.01280.0193-0.0443-0.043718.104-0.3569.137
41.5327-0.54540.03622.27683.78146.91330.0302-0.0110.1547-0.08740.0148-0.0359-0.1138-0.0692-0.0450.0133-0.00350.01280.0168-0.0009-0.020415.0453.77118.86
54.0044-1.02290.74371.99482.06564.485-0.03130.1944-0.1277-0.37210.1783-0.2055-0.21890.4452-0.147-0.0061-0.08210.04680.0708-0.042-0.021526.27813.60322.723
62.8656-0.8-1.04940.79911.83224.49940.07360.1378-0.0491-0.10230.01170.0117-0.4306-0.1464-0.08530.0358-0.0136-0.00770.00830.0022-0.016412.7719.68519.789
716.52695.4014-7.10752.4819-1.859310.3304-0.01360.40120.754-0.26510.1290.2994-0.2455-0.1518-0.11540.05930.0112-0.0395-0.06710.0425-0.0413.48318.00719.312
82.0677-0.9874-1.43112.5844-1.361715.0940.021-0.02130.0468-0.05170.0974-0.1294-0.3876-0.0718-0.11840.025-0.03830.01850.025-0.004-0.050721.86519.22925.454
91.74920.0167-0.89770.89961.52773.0845-0.06090.094-0.01940.12290.18620.0613-0.19170.1134-0.12540.0446-0.02620.01880.0118-0.0153-0.029920.82817.2134.449
1012.9405-10.45850.649910.83763.68757.47370.0808-0.23920.17060.16420.1137-0.4042-0.1643-0.0495-0.1946-0.0421-0.05360.01120.0673-0.0695-0.01530.21512.68734.174
117.63763.45283.89818.75892.93045.8542-0.0122-0.0554-0.0470.18460.1333-0.30320.39450.6234-0.1211-0.07810.0421-0.0260.1014-0.0532-0.03132.2821.62229.991
122.8856-1.55241.23321.6985-0.02341.0819-0.0866-0.01010.00720.13970.057-0.0413-0.0459-0.0230.0296-0.00480.00470.01270.0162-0.0199-0.021113.39811.5431.874
134.09810.4207-1.54370.6034-0.00282.1109-0.03170.18530.06860.00290.1261-0.00960.05030.1425-0.0944-0.00950.00140.01080.0489-0.0254-0.017925.6315.14425.115
1423.5583-5.53252.342710.4701-4.727314.0486-0.5790.29860.5119-0.2498-0.1753-0.52680.7050.97650.75430.38660.1840.152-0.00020.0449-0.015631.2087.017-5.504
153.81110.7581-5.65377.2286-8.769516.64450.289-0.17460.4525-0.4119-0.1775-0.11560.16640.1452-0.11150.05810.00630.041-0.0069-0.0086-0.014727.0592.3699.686
162.77851.33041.79780.99560.71121.7880.01380.0310.13030.1506-0.05390.12980.12990.09060.04020.02190.0075-0.0020.0262-0.0161-0.019217.671-7.24419.41
1711.9346.64472.14086.60182.17962.5267-0.12660.08240.2622-0.10770.08690.15250.25540.08020.03970.00580.0142-0.0032-0.0053-0.027-0.033613.664-14.43413.327
182.4429-2.37271.50413.6912-0.9271.1315-0.0017-0.0508-0.0261-0.01030.00970.05720.14820.3385-0.0080.02730.02780.0070.0685-0.0142-0.041724.364-10.86222.313
1914.66812.2025.08520.34881.07567.09070.28130.081-0.3866-0.0232-0.1410.13780.51970.3825-0.14030.03610.0717-0.03130.0123-0.0072-0.025423.076-18.43916.568
201.1984-0.75141.01120.472-0.58953.41770.1309-0.0630.00170.0849-0.00970.06660.4298-0.086-0.12120.0758-0.04220.02780.0042-0.0034-0.03989.997-19.82723.747
2113.0956-1.0925-0.176811.9469-6.06323.11830.0402-0.0521-0.1464-0.55270.00990.33820.0579-0.0622-0.0501-0.0263-0.05370.01340.0189-0.0245-0.00472.659-14.75519.976
224.8141.32083.37411.65533.62798.0126-0.0166-0.11490.06190.0879-0.21770.2231-0.2636-0.350.2343-0.03040.00620.02110.02160.00170.01132.136-2.98118.578
235.3946-3.43851.04613.5789-0.97670.71260.0253-0.0483-0.0830.1882-0.05280.07790.1587-0.00080.02760.05080.0111-0.0024-0.00830.0011-0.057216.144-15.02129.136
241.1217-0.2356-0.33811.3137-0.85230.7762-0.1269-0.0590.10170.151-0.05340.08260.0777-0.02620.18020.05560.00410.011-0.0017-0.0256-0.030510.733-6.49523.62
253.52430.05294.66733.2257-0.49988.8024-0.01620.27560.036-0.11250.0513-0.0878-0.14490.3075-0.0350.0020.00350.03260.0261-0.0077-0.03699.526-6.31210.421
262.3119-2.6907-0.63163.78780.9590.2489-0.2072-0.1075-0.0040.06640.519-0.1187-0.2795-0.0266-0.31170.05450.0125-0.01290.03920.0019-0.038217.062-5.66829.87
2711.8762-1.8283-3.721325.51297.875815.46410.40510.6972-0.0724-2.04330.0357-0.3955-0.3507-0.131-0.44080.205-0.01090.0555-0.04890.006-0.0381-15.297-0.298-12.849
284.38711.74281.04721.31070.42381.55-0.04080.1744-0.0219-0.06180.0109-0.0923-0.1301-0.07190.02990.0612-0.0165-0.0006-0.02370.0118-0.0257-11.8876.098-0.466
2912.83444.688411.1313.15123.63959.8712-0.34570.55650.2793-0.17710.27360.0082-0.5560.39210.07210.0696-0.09760.0081-0.02680.0288-0.0514-5.9213.661-1.427
304.3369-3.0511.01122.41940.07982.52980.06310.0274-0.062-0.0647-0.13320.2788-0.361-0.18090.070.0847-0.0014-0.0179-0.02870.019-0.0257-19.0988.7460.204
3121.04519.454-11.95667.4467-2.30210.82230.39420.1690.7375-0.1766-0.16670.385-0.8507-0.017-0.22740.15680.0572-0.0532-0.10740.03-0.0783-16.90317.212-1.08
324.13373.35543.81018.868210.453312.329-0.2286-0.0676-0.10910.3121-0.3078-0.1904-1.03490.24950.53640.1728-0.0387-0.0369-0.08290.0185-0.0597-7.27118.4774.569
333.5136-0.2187-0.49770.07390.48113.42930.0891-0.16630.177-0.0699-0.02820.0105-0.55460.0494-0.06090.1642-0.0568-0.0152-0.0641-0.0109-0.0447-6.41516.11811.825
343.0581-5.3111-2.424510.46082.66484.7045-0.34570.04750.15380.28580.3186-0.6843-0.2780.18920.0272-0.0045-0.064-0.0562-0.0239-0.00440.02773.5288.0457.635
351.945-1.33481.07791.4248-0.52660.68670.00490.0115-0.01760.25020.2521-0.07430.13510.0915-0.2570.0025-0.0243-0.00190.0188-0.00850.0061-2.7531.0559.496
364.3545-2.05793.15864.03630.70453.867-0.1068-0.22910.1168-0.2666-0.0149-0.1079-0.5017-0.10450.12170.12220.03820.0017-0.0466-0.0225-0.0327-19.00515.37510.363
370.9428-1.5996-2.10512.72573.58634.7186-0.094-0.0542-0.05210.06610.0023-0.0680.09270.04620.09170.04670.00380.0123-0.01660.0081-0.0076-10.0453.9349.088
381.29530.1913-0.54580.59240.05211.8391-0.18450.2465-0.0187-0.13030.06060.0452-0.10160.04140.12390.0549-0.04230.01730.02080.0245-0.0276-4.2064.6840.083
397.0235.1968-10.714717.7424-12.9853115.38820.2220.14810.7633-2.8913-0.7760.31540.72881.00170.5540.44370.23030.02810.08410.17990.0566-8.0295.106-24.678
4011.29044.72970.84659.3312-10.123721.8994-0.15610.48370.1768-0.06230.1035-0.16170.0440.09820.05260.0487-0.02260.0138-0.02710.0072-0.0871-7.7510.382-10.132
413.96921.64741.39621.39470.80570.99670.01310.05420.0471-0.0448-0.01580.0361-0.05270.01490.00270.02290.0046-0.00620.00860.0029-0.0214-13.057-7.864-2.501
422.87833.8183-1.32735.2607-2.68374.96990.01140.0990.0517-0.3002-0.0540.12480.1930.03730.04270.00220.0036-0.00330.0145-0.0244-0.0128-19.114-15.255-7.068
431.4656-1.7330.51092.1122-0.88541.43410.02180.0426-0.0970.11590.02-0.021-0.0310.1645-0.04190.0259-0.01510.00370.0226-0.0044-0.0035-6.81-11.446-0.764
449.9392-0.02869.34340.1492-0.501810.2960.2660.26650.0146-0.0631-0.08620.10.35620.4245-0.17980.01220.0486-0.00860.0267-0.0205-0.0198-8.128-18.774-5.526
451.3928-0.86380.44711.4446-3.858614.25480.0475-0.21690.0947-0.0671-0.0646-0.03940.37490.16170.0170.05010.0084-0.0105-0.015-0.0063-0.0129-17.907-21.427-1.716
462.1477-1.33560.37841.38671.03562.971-0.0025-0.1086-0.04460.10320.03450.11460.119-0.002-0.0320.0152-0.00440.0222-0.01010.03230.0008-21.207-20.3785.987
472.741-2.9681.440912.3731-3.28732.40890.132-0.0328-0.1646-0.1318-0.08670.29320.0837-0.1831-0.0452-0.05870.00060.00240.04390.0065-0.0123-29.4-12.2261.093
482.2299-2.17550.01892.4905-0.74881.4489-0.1234-0.02610.0280.18450.0845-0.0291-0.0028-0.08030.03890.01080.0088-0.0097-0.00750.00380.0057-21.902-8.0996.525
490.5809-0.3471-0.0670.708-0.42280.941-0.1166-0.0593-0.12920.06960.06960.1077-0.09390.03390.04710.00410.003-0.006-0.0023-0.0026-0.0156-15.038-12.4754.002
504.5719-1.64963.75492.7742-0.15763.74180.15860.348-0.081-0.0799-0.0258-0.0786-0.22810.2412-0.13280.04390.00570.00040.04440.0041-0.0503-23.889-7.263-9.405
515.1055-1.22682.87512.04232.45897.88660.01860.0361-0.10130.06080.2081-0.1106-0.09340.1166-0.22670.0173-0.0079-0.0143-0.02030.0163-0.0122-12.516-6.6167.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA384 - 3911 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2AA392 - 3999 - 16
3X-RAY DIFFRACTION3AA400 - 40517 - 22
4X-RAY DIFFRACTION4AA406 - 41323 - 30
5X-RAY DIFFRACTION5AA414 - 42431 - 41
6X-RAY DIFFRACTION6AA425 - 43242 - 49
7X-RAY DIFFRACTION7AA433 - 44050 - 57
8X-RAY DIFFRACTION8AA441 - 44658 - 63
9X-RAY DIFFRACTION9AA447 - 45664 - 73
10X-RAY DIFFRACTION10AA457 - 46374 - 80
11X-RAY DIFFRACTION11AA464 - 46981 - 86
12X-RAY DIFFRACTION12AA470 - 48687 - 103
13X-RAY DIFFRACTION13AA487 - 508104 - 125
14X-RAY DIFFRACTION14BB386 - 3933 - 10
15X-RAY DIFFRACTION15BB394 - 40711 - 24
16X-RAY DIFFRACTION16BB408 - 41825 - 35
17X-RAY DIFFRACTION17BB419 - 42436 - 41
18X-RAY DIFFRACTION18BB425 - 43442 - 51
19X-RAY DIFFRACTION19BB435 - 44352 - 60
20X-RAY DIFFRACTION20BB444 - 45661 - 73
21X-RAY DIFFRACTION21BB457 - 46274 - 79
22X-RAY DIFFRACTION22BB463 - 46980 - 86
23X-RAY DIFFRACTION23BB470 - 48387 - 100
24X-RAY DIFFRACTION24BB484 - 493101 - 110
25X-RAY DIFFRACTION25BB494 - 503111 - 120
26X-RAY DIFFRACTION26BB504 - 508121 - 125
27X-RAY DIFFRACTION27CC395 - 40612 - 23
28X-RAY DIFFRACTION28CC407 - 41824 - 35
29X-RAY DIFFRACTION29CC419 - 42536 - 42
30X-RAY DIFFRACTION30CC426 - 43243 - 49
31X-RAY DIFFRACTION31CC433 - 44150 - 58
32X-RAY DIFFRACTION32CC442 - 44659 - 63
33X-RAY DIFFRACTION33CC447 - 45764 - 74
34X-RAY DIFFRACTION34CC458 - 46675 - 83
35X-RAY DIFFRACTION35CC467 - 47384 - 90
36X-RAY DIFFRACTION36CC474 - 48391 - 100
37X-RAY DIFFRACTION37CC484 - 491101 - 108
38X-RAY DIFFRACTION38CC492 - 508109 - 125
39X-RAY DIFFRACTION39DD388 - 3985 - 15
40X-RAY DIFFRACTION40DD399 - 40616 - 23
41X-RAY DIFFRACTION41DD407 - 41824 - 35
42X-RAY DIFFRACTION42DD419 - 42436 - 41
43X-RAY DIFFRACTION43DD425 - 43342 - 50
44X-RAY DIFFRACTION44DD434 - 44251 - 59
45X-RAY DIFFRACTION45DD443 - 44760 - 64
46X-RAY DIFFRACTION46DD448 - 45665 - 73
47X-RAY DIFFRACTION47DD457 - 46674 - 83
48X-RAY DIFFRACTION48DD467 - 47684 - 93
49X-RAY DIFFRACTION49DD477 - 49494 - 111
50X-RAY DIFFRACTION50DD495 - 502112 - 119
51X-RAY DIFFRACTION51DD503 - 508120 - 125

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る