PDB-3bwc: Crystal structure of spermidine synthase from Trypanosoma cruzi i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bwc

タイトル

Crystal structure of spermidine synthase from Trypanosoma cruzi in complex with SAM at 2.3 A resolution

要素

Spermidine synthase

キーワード

TRANSFERASE / Spermidine synthase / Trypanosoma cruzi / SAM / SGPP / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

spermidine synthase / spermidine synthase activity / polyamine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bosch, J. / Arakaki, T.L. / Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of spermidine synthase from Trypanosoma cruzi.
著者: Bosch, J. / Arakaki, T.L. / Le Trong, I. / Merritt, E.A. / Hol, W.G.J.

履歴

登録	2008年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bwc.cif.gz	138 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bwc.ent.gz	107.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bwc_validation.pdf.gz	899.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bwc_full_validation.pdf.gz	903.4 KB	表示
XML形式データ	3bwc_validation.xml.gz	29.2 KB	表示
CIF形式データ	3bwc_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/3bwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/3bwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bwbSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6o64-4 4yv2-d 5h3l-d 1b93-d 4yv1-1 5b1s-2 5e7i-1 5thk-2 7kfp-d 5fby-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tcru019078AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spermidine synthase

B: Spermidine synthase

ヘテロ分子

70 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.080, 99.943, 69.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.26, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	HIS	HIS	3	A	A	31 - 241	31 - 241
2	1	ALA	ALA	HIS	HIS	3	B	B	31 - 241	31 - 241
3	2	HIS	HIS	ILE	ILE	1	A	A	241 - 250	241 - 250
4	2	HIS	HIS	ILE	ILE	1	B	B	241 - 250	241 - 250

#1: タンパク質	Spermidine synthase 分子量: 34525.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) 株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053510339.50 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q4DA73, spermidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Potassium phosphate, 0.04 M Tris-HCl pH 8.0, 0.06 M Tris-HCl pH 9.0, 34% PEG 4000, 2 mM SAM, 5 mM BME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 25208 / Num. obs: 25208 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.324 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3BWB

3bwb

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.884 / SU B: 16.524 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.493 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25912	1274	5 %	RANDOM
R_work	0.20307	-	-	-
obs	0.20593	24235	100 %	-
all	-	24235	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.23 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4364	0	56	424	4844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	4616
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.975	6269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.784	3	7731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.344	5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.767	23.602	211
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.908	15	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.593	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.052	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.08	0.2	2439
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.112	0.2	383
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.085	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.138	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.128	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.829	4	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.114	4	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.318	6	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.283	6	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.894	10	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1287	tight positional	0.01	0.05
1419	loose positional	0.53	5
1287	tight thermal	0.02	0.5
1419	loose thermal	0.56	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.423 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.307	165	-
R_work	0.25	3453	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.8353	-5.9107	-2.4023	17.012	5.1229	11.1054	-0.4673	-0.4716	-0.5801	0.5953	1.0327	-1.2472	0.198	1.3264	-0.5654	-0.0663	0.0572	-0.0765	0.1637	0.0597	0.0135	2.329	60.2207	44.0046
2	8.3105	1.3201	2.0551	5.0058	-1.9407	4.607	0.0118	0.1533	-0.1328	0.0783	-0.0675	-0.1805	-0.5797	0.1112	0.0557	0.1533	0.041	-0.0452	-0.0051	0.0624	0.0729	-2.1279	63.2699	53.5995
3	1.9988	-0.0693	0.7638	3.0552	-0.429	2.3056	-0.1112	-0.2981	0.2908	0.174	0.039	-0.0239	-0.3019	-0.2078	0.0722	0.0636	0.0657	-0.0173	0.0629	-0.0926	0.0154	0.9931	52.7485	69.7729
4	5.21	0.6682	2.0315	3.5675	0.054	3.1199	-0.1131	-0.2291	0.3529	-0.2062	0.0467	0.0608	-0.1452	0.0444	0.0664	0.1153	0.04	-0.0373	0.1019	-0.1371	0.0041	7.8917	56.1906	74.5019
5	1.4712	1.4957	1.2081	3.5405	4.6198	6.687	-0.5301	0.139	0.0704	-0.3171	0.6178	-0.4122	-0.8347	0.5012	-0.0877	0.0328	-0.0072	0.0083	0.0811	-0.0839	0.081	15.0592	44.9613	62.5161
6	0.6014	0.361	-0.0227	2.2294	1.4713	4.6512	-0.0745	-0.1303	-0.386	0.2979	0.0566	-0.0236	0.3233	0.1581	0.0179	0.0793	0.0529	-0.0451	0.0257	0.0062	0.0294	4.2883	35.9235	66.2232
7	21.1961	-11.5832	-26.9467	8.1009	18.6036	49.4955	0.674	0.5074	-0.7687	0.1065	-0.2709	-0.4366	1.1926	-0.5508	-0.4031	0.0724	-0.0781	-0.0608	-0.1125	0.1656	0.0643	-2.2444	53.5009	36.5428
8	2.7336	0.2992	0.0715	2.9096	-0.8526	1.9283	0.0283	0.4971	-0.045	-0.3138	-0.0381	-0.1176	-0.22	0.1922	0.0098	0.0526	-0.0225	0.0563	0.0929	-0.0478	-0.0368	1.5571	33.2235	33.0243
9	4.9816	1.7879	-1.7057	2.4369	-1.0282	3.8415	-0.0496	0.4416	-0.3028	-0.2576	0.0748	-0.0171	-0.0591	-0.1105	-0.0252	-0.0031	-0.0029	0.0134	0.0653	-0.1495	0.073	-8.8967	20.9993	33.8375
10	7.3626	5.4676	2.8998	7.0502	2.9052	3.7481	-0.5491	0.4166	0.4028	-0.5895	-0.0681	0.5958	-0.3906	-0.3143	0.6172	-0.0294	0.0717	-0.0476	0.0336	-0.108	-0.0187	-14.3627	32.7127	48.5684
11	7.6916	1.5305	0.1671	0.3389	0.3444	2.818	0.1572	-0.2619	-0.1055	-0.0467	-0.0606	0.1425	-0.0708	0.0087	-0.0966	0.0694	-0.0045	0.0398	-0.0071	-0.0519	0.0141	-1.4788	25.4477	48.7441
12	5.7491	-3.5349	-2.0459	4.7994	3.0961	3.3561	-0.0099	-0.3503	-0.3123	0.1655	-0.0964	0.1768	0.0518	0.0945	0.1062	0.0474	0.0049	0.0211	0.0481	0.0017	-0.0023	-0.8911	30.5141	54.025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	12 - 34	12 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	35 - 72	35 - 72
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	73 - 140	73 - 140
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	141 - 178	141 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	188 - 253	188 - 253
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	254 - 302	254 - 302
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	16 - 32	16 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	33 - 139	33 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	140 - 207	140 - 207
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	208 - 240	208 - 240
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	241 - 275	241 - 275
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	276 - 302	276 - 302

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