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- PDB-3bw1: Crystal structure of homomeric yeast Lsm3 exhibiting novel octame... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bw1
タイトルCrystal structure of homomeric yeast Lsm3 exhibiting novel octameric ring organisation
要素U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA-BINDING PROTEIN / SM-LIKE PROTEIN / SM PROTEIN / RING / HOMOMERIC / OCTAMER / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleus / Ribonucleoprotein / rRNA processing / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / P-body assembly / tRNA processing / precatalytic spliceosome / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / P-body assembly / tRNA processing / precatalytic spliceosome / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. ...Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LSM complex subunit LSM3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Lsm3 octamer from Saccharomyces cerevisiae: implications for Lsm ring organisation and recruitment
著者: Naidoo, N. / Harrop, S.J. / Sobti, M. / Haynes, P.A. / Szymczyna, B.R. / Williamson, J.R. / Curmi, P.M.G. / Mabbutt, B.C.
履歴
登録2008年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年12月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: reflns_shell / struct_ref_seq_dif
Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all ..._reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5677
ポリマ－21,9992
非ポリマー5695
水362
1
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
ヘテロ分子

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
ヘテロ分子

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
ヘテロ分子

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,27028
ポリマ－87,9958
非ポリマー2,27520
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
Buried area21230 Å2
ΔGint-296.2 kcal/mol
Surface area38540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.743, 83.743, 141.931
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 80 / Label seq-ID: 8 - 87

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10999.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SMX4 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysS / 参照: UniProt: P57743
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.75M lithium sulfate, 8% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M imidazole (pH 7.0), 10mM uridine-5-monophosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月25日
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→36.25 Å / Num. all: 9583 / Num. obs: 9073 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 71.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1169 / % possible all: 83.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1I81

1i81


解像度: 2.5→24.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 23.823 / SU ML: 0.229 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.38 / ESU R Free: 0.251 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24296 429 4.7 %RANDOM
Rwork0.21564 ---
all0.21694 9073 --
obs0.21694 8603 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→24.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1368 0 37 2 1407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1252.0031931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5035170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.87824.17967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.43815257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6881512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021023
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.2958
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1270.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3080.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2210.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.5879
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.39221400
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2763585
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4164.5530
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 626 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
tight positional0.070.05
tight thermal0.130.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.444 28 -
Rwork0.393 601 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.42830.02075.11272.2544-0.44057.23720.3462-0.880.27470.68130.0188-0.0542-0.0326-0.1213-0.3650.0965-0.02440.073-0.2593-0.197-0.05510.599223.252419.8099
26.8008-4.11282.19447.5471-2.82269.80140.0506-0.81210.05910.96350.3494-0.3299-0.08890.0165-0.4-0.0952-0.1776-0.0934-0.0972-0.1629-0.060717.004316.075519.8517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 808 - 87
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 808 - 87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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