PDB-3buu: Crystal structure of LolA superfamily protein NE2245 from Nitroso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3buu

タイトル

Crystal structure of LolA superfamily protein NE2245 from Nitrosomonas europaea

要素

Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / LolA superfamily / Nitrosomonas europaea / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

Uncharacterised conserved protein UCP028205 / Putative outer membrane lipoprotein-sorting protein / Outer membrane lipoprotein-sorting protein / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / Clam / Mainly Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of LolA superfamily protein NE2245 from Nitrosomonas europaea.
著者: Chang, C. / Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3buu.cif.gz	219.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3buu.ent.gz	187.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3buu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3buu_validation.pdf.gz	438.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3buu_full_validation.pdf.gz	448.2 KB	表示
XML形式データ	3buu_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	3buu_validation.cif.gz	36 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/3buu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/3buu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fb9-1 3pos-1 5zyh-d 3o0x-1 5fbg-1 6nko-4 1n0w-1 3ngm-4 3vzh-d 5zyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87350.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

B: Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

53.1 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
26.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	35.019, 59.116, 89.676
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245 分子量: 26540.008 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 32-257 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア) 生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: NE2245 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q82SR2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized LolA superfamily protein NE2245

分子量: 26540.008 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 32-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Nitrosomonas europaea ATCC 19718 (バクテリア)
生物種: Nitrosomonas europaea / 株: IFO 14298 / 遺伝子: NE2245 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q82SR2

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 25% PEG 1000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 114457 / Num. obs: 112699 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 10.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 47.67
反射シェル	解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 6.84 / Num. unique all: 10959 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.2→49.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 1.303 / SU ML: 0.028 / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19227	5639	5 %	RANDOM
R_work	0.15834	-	-	-
all	0.16004	112526	-	-
obs	0.16004	112526	98.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4013	0	0	449	4462

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4140
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.968	5686
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.494	5	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.402	24	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.747	15	770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.989	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.313	0.2	2910
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	411
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	172
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.215	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.099	1.5	2569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.786	2	4122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.076	3	1774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.472	4.5	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.2→1.23 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	395	-
R_work	0.169	7523	-
obs	-	7918	94.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0869	0.0501	-0.0332	0.158	-0.0258	0.1679	-0.0008	-0.0122	0	0.0019	-0.0028	-0.0036	0.0056	-0.003	0.0036	-0.0088	0.0009	0.0001	0.0001	0.0005	-0.0069	31.0651	27.6242	39.3614
2	0.0786	-0.0574	-0.0797	0.0478	0.0934	0.2895	0.0022	-0.0072	-0.0028	-0.0287	0.0043	-0.0028	-0.0263	0.0272	-0.0065	-0.0009	-0.0043	0.0007	-0.0008	0.0014	-0.0044	40.4996	27.9837	19.6845
3	0.3125	0.2109	-0.163	1.342	0.5956	0.5887	-0.0196	-0.0278	0.001	-0.0237	0.0322	-0.0291	-0.0093	0.0229	-0.0126	-0.0108	-0.0006	0.0007	0.0023	0.0007	-0.0072	42.7442	27.8259	30.441
4	0.2733	-0.2659	-0.0532	0.3852	0.0194	0.1441	-0.0246	-0.0175	0.0111	0.0252	0.0198	-0.0113	-0.0048	-0.0068	0.0048	-0.0076	0.0003	-0.002	-0.0072	-0.0009	-0.0037	48.8183	57.4098	5.1057
5	0.3585	0.0988	0.0982	0.1728	0.2417	0.3434	-0.0788	-0.0628	0.0503	0.1713	0.0599	-0.0378	0.0579	0.0331	0.0189	0.057	0.0331	-0.0284	0.001	-0.0016	-0.0132	58.3123	58.7556	23.8708
6	1.2982	-0.9621	-0.4119	2.8677	1.2967	1.1405	-0.1228	-0.0962	0.0668	0.127	0.1447	-0.1013	0.048	0.0475	-0.0219	-0.0032	0.0129	-0.0181	-0.0001	-0.01	-0.0086	60.533	57.9363	13.9217

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	35 - 51	7 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	137 - 241	109 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	52 - 119	24 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	242 - 257	214 - 229
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	120 - 136	92 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	35 - 51	7 - 23
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	137 - 241	109 - 213
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	52 - 119	24 - 91
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	242 - 253	214 - 225
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	120 - 136	92 - 108

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