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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bur | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Delta(4)-3-ketosteroid 5-beta-reductase in complex with NADP and TESTOSTERONE. RESOLUTION: 1.62 A. | ||||||
![]() | 3-oxo-5-beta-steroid 4-dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / 5BETA-REDUCTASE / CATALYTIC TETRAD / TESTOSTERONE / NADP / Bile acid catabolism / Disease mutation / Lipid metabolism / Steroid metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / steroid dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / bile acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity ...Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase / C21-steroid hormone metabolic process / bile acid catabolic process / steroid dehydrogenase activity / Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / aldo-keto reductase (NADPH) activity / bile acid biosynthetic process / aldose reductase (NADPH) activity / androgen metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / cholesterol catabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / digestion / steroid binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Costanzo, L. / Christianson, D.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Human Liver {Delta}4-3-Ketosteroid 5{beta}-Reductase (AKR1D1) and Implications for Substrate Binding and Catalysis. 著者: Di Costanzo, L. / Drury, J.E. / Penning, T.M. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 159 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 123.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 34.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37427.898 Da / 分子数: 2 / 断片: AKRD1 / 変異: Aldo-keto reductase family 1 member D1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P51857, Delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.86 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-20% WT/VOL PEG 4000; 1O% ISOPROPANOL; 100 MM TRIS PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月8日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111) |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 86037 / Num. obs: 86037 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 20.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.68 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7952 / % possible all: 90 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1J96 解像度: 1.62→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→50 Å
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拘束条件 |
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