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- PDB-3buk: Crystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3buk
タイトルCrystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex
要素
  • Neurotrophin-3
  • Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
キーワードSIGNALING PROTEIN / Ligand-receptor complex / BETA-sheet / Neurotrophin-3 / p75NTR / Cleavage on pair of basic residues / Glycoprotein / Growth factor / Secreted / Apoptosis / Developmental protein / Differentiation / Membrane / Neurogenesis / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NTF3 activates NTRK3 signaling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival ...Regulated proteolysis of p75NTR / NFG and proNGF binds to p75NTR / NADE modulates death signalling / NTF3 activates NTRK3 signaling / Axonal growth inhibition (RHOA activation) / Axonal growth stimulation / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / Activated NTRK3 signals through PLCG1 / NRIF signals cell death from the nucleus / NF-kB is activated and signals survival / detection of temperature stimulus / dorsal aorta development / p75NTR recruits signalling complexes / Signaling by NTRK3 (TRKC) / death receptor activity / nerve growth factor receptor binding / preprotein binding / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of hair follicle development / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / negative regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of dendritic spine development / neurotrophin binding / positive regulation of myelination / nerve growth factor signaling pathway / nerve development / clathrin-coated endocytic vesicle / nerve growth factor binding / induction of positive chemotaxis / peripheral nervous system development / neurotrophin TRKA receptor binding / positive regulation of neural precursor cell proliferation / Activated NTRK3 signals through PI3K / activation of GTPase activity / regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / regulation of neuron differentiation / skin development / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Rho protein signal transduction / neuronal cell body membrane / chemoattractant activity / skeletal muscle cell differentiation / intracellular glucose homeostasis / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / positive regulation of receptor internalization / Rho protein signal transduction / Activated NTRK3 signals through RAS / hair follicle development / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / coreceptor activity / dendrite membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / positive regulation of neuron differentiation / activation of protein kinase B activity / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / axon guidance / intracellular protein transport / growth factor activity / positive regulation of MAP kinase activity / circadian regulation of gene expression / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / memory / small GTPase binding / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of miRNA transcription / positive regulation of protein localization to nucleus / circadian rhythm / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / cell-cell junction / synaptic vesicle / presynapse / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / cell-cell signaling / negative regulation of neuron projection development / glucose homeostasis / nuclear envelope / presynaptic membrane / nervous system development / amyloid-beta binding / cellular response to oxidative stress / growth cone / fibroblast proliferation / regulation of gene expression / perikaryon / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site ...Neurotrophin-3 / Neutrophin-3, N-terminal / Neutrophin-3 N-terminus / Tumour necrosis factor receptor 16 / Tumor necrosis factor receptor 16, N-terminal / Tumor necrosis factor receptor member 16, transmembrane domain / Tumor necrosis factor receptor member 16 trans-membrane domain / Nerve growth factor family profile. / Nerve growth factor-related / Nerve growth factor conserved site / Nerve growth factor-like / Nerve growth factor family / Nerve growth factor family signature. / Nerve growth factor (NGF or beta-NGF) / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A, domain 2 / Tumor Necrosis Factor Receptor, subunit A; domain 2 / TNFR/NGFR family cysteine-rich region domain profile. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / TNFR/NGFR family cysteine-rich region signature. / Tumor necrosis factor receptor / nerve growth factor receptor repeats. / TNFR/NGFR cysteine-rich region / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Death domain profile. / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / Cystine-knot cytokine / Death-like domain superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Neurotrophin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Jiang, T. / Gong, Y. / Cao, P. / Yu, H.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of the neurotrophin-3 and p75NTR symmetrical complex.
著者: Gong, Y. / Cao, P. / Yu, H.J. / Jiang, T.
履歴
登録2008年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / diffrn_source ...chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurotrophin-3
B: Neurotrophin-3
C: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
D: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8616
ポリマ－63,4194
非ポリマー4422
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8060 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area28700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.8, 125.8, 133.1
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 Neurotrophin-3 / NT-3 / Neurotrophic factor / HDNF / Nerve growth factor 2 / NGF-2


分子量: 13649.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20783
#2: タンパク質 Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16 / Low-affinity nerve growth factor receptor / NGF receptor / Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin ...Low-affinity nerve growth factor receptor / NGF receptor / Gp80-LNGFR / Low affinity neurotrophin receptor p75NTR


分子量: 18059.869 Da / 分子数: 2 / Fragment: ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ngfr, Tnfrsf16 / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P07174
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5
詳細: 0.9M Lithium Sulfate, 0.05M Na Citrate, 0.7M Ammonium Sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 1.003 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 23326 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル解像度: 2.6→2.66 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NT3

1nt3


解像度: 2.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.552 / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28771 1190 5.1 %RANDOM
Rwork0.22422 ---
all0.22749 22069 --
obs0.22749 22069 96.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.243 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.98 Å20.49 Å20 Å2
2--0.98 Å20 Å2
3----1.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4080 0 28 143 4251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0214218
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.9515754
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9525536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.96425.104192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.34815666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.8141524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.250.21736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.22844
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2233
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0760.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4731.52686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61724334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05331532
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9424.51420
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.475 97 -
Rwork0.293 1682 -
obs--97.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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