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万見
- PDB-4af1: Archeal Release Factor aRF1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4af1
タイトルArcheal Release Factor aRF1
要素PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1
キーワードHYDROLASE / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


translation release factor complex / translation release factor activity, codon specific / sequence-specific mRNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor aRF1 / eRF1 domain 2 / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 ...Peptide chain release factor aRF1 / eRF1 domain 2 / Peptide chain release factor eRF1/aRF1 / eRF1, domain 1 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 2 / eRF1 domain 1/Pelota-like / eRF1 domain 3 / eRF1, domain 2 superfamily / eRF1 domain 1 / eRF1 domain 3 / eRF1_1 / 50S ribosomal protein L30e-like / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peptide chain release factor subunit 1 / Peptide chain release factor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Karlsen, J.L. / Kjeldgaard, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Archeal Release Factor Arf1 Contains a Metal Binding Domain
著者: Karlsen, J.L. / Kjeldgaard, M.
履歴
登録2012年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7582
ポリマ－46,6921
非ポリマー651
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.020, 31.990, 111.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PEPTIDE CHAIN RELEASE FACTOR SUBUNIT 1 / TRANSLATION TERMINATION FACTOR ARF1 / RELEASE FACTOR 1


分子量: 46692.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HALOBACTERIUM SALINARUM (好塩性) / 株: R1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL
参照: UniProt: Q9HNF0, UniProt: B0R748*PLUS, protein-synthesizing GTPase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: VAPOR DIFFUSION IN SITTING DROPS WITH RESERVOIR CONTAINING 1.8-2.2 M NA MALONATE (PH 8), 50 MM MES PH 6.5, 7 MM 2-MERCAPTOETHANOL.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→64.16 Å / Num. obs: 29222 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 29.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.23 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
UCLAMBI DIFFRACTION ANISOTROPY SERVERデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DT9

1dt9


解像度: 2→64.16 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 2 / 位相誤差: 31.52 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 1385 5 %
Rwork0.2537 --
obs0.255 29073 94.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.468 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0427 Å20 Å2-0.2722 Å2
2--2.1956 Å20 Å2
3----2.2384 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→64.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3223 0 1 181 3405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043284
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0884439
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5591236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003596
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0026-2.07410.3981780.38161485X-RAY DIFFRACTION55
2.0741-2.15720.38251380.3532635X-RAY DIFFRACTION95
2.1572-2.25530.34351440.33162724X-RAY DIFFRACTION99
2.2553-2.37430.33371420.32282691X-RAY DIFFRACTION99
2.3743-2.5230.37771450.31342760X-RAY DIFFRACTION100
2.523-2.71780.38321450.31352748X-RAY DIFFRACTION100
2.7178-2.99130.32071450.29052757X-RAY DIFFRACTION100
2.9913-3.4240.24821460.23582790X-RAY DIFFRACTION100
3.424-4.31360.2421480.20352803X-RAY DIFFRACTION100
4.3136-51.02510.21351540.20282919X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.10360.0508-0.07050.21920.08670.2715-0.30160.03340.0719-0.13450.26250.3388-0.21981.0557-0.04380.13740.02410.0150.2977-0.07830.073723.7272-3.71844.3788
20.06330.0391-0.00730.1810.04110.07730.40960.13870.29870.3076-0.26280.18740.12440.24070.00140.16030.07030.00440.681-0.01230.207150.926-7.036112.0916
30.3417-0.04170.0850.32410.19690.50420.5609-0.1440.01160.2855-0.3372-0.65730.6933-0.48040.17460.2478-0.0394-0.07190.0304-0.03750.12079.4273-21.314722.0064
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESID 6:144
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESID 145:279
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESID 280:500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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