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- PDB-1mw8: Crystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mw8
タイトルCrystal Structure of a Complex between H365R mutant of 67 kDA N-terminal fragment of E. coli DNA Topoisomerase I and 5'-ACTTCGGGATG-3'
要素
  • 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*G)-3'
  • DNA Topoisomerase I
キーワードISOMERASE / DNA TOPOISOMERASE / DECATENASE ENZYME / TOPRIM DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 ...DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Perry, K. / Mondragon, A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2003
タイトル: Structure of a Complex between E. coli DNA Topoisomerase I and Single-Stranded DNA.
著者: Perry, K. / Mondragon, A.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of the 67K N-terminal fragment of E. coli DNA topoisomerase I
著者: Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A.
履歴
登録2002年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.72024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE AUTHOR'S SEQUENCE HAS ASN AT POSITION 549, WHICH HAS BEEN CONFIRMED BY SEQUENCING THE GENE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Y: 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*G)-3'
X: DNA Topoisomerase I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1238
ポリマ－70,3202
非ポリマー8036
水9,962553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.392, 79.148, 141.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*AP*CP*TP*TP*CP*GP*GP*GP*AP*TP*G)-3'


分子量: 3389.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 DNA Topoisomerase I / Omega-protein / Relaxing enzyme / Untwisting enzyme / Swivelase


分子量: 66930.812 Da / 分子数: 1 / Fragment: 67 kDa N-terminal fragment / Mutation: H365R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TopA / プラスミド: pGEX-4T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: P06612, EC: 5.99.1.2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-TMP / THYMIDINE-5'-PHOSPHATE / TMP


分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2(SO4)11
2(Na)(C2H3O2)11
3(Na)(C2H3O2)12
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.1 Mammonium sulfate1reservoir
21
31

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11031
21031
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 5ID-B10.95
シンクロトロンAPS 5ID-B20.95
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2001年12月7日
MARRESEARCH2CCD2002年2月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 53723 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 7.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 209779
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 66.4 % / Rmerge(I) obs: 0.334

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: H365R mutant, apo form

解像度: 1.9→70.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27257 2846 5.1 %RANDOM
Rwork0.22346 ---
obs0.22595 52986 97.89 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.266 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2--1.16 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→70.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4621 126 46 553 5346
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0214895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3211.9926676
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.726310127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.7513594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg17.63715879
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.31384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.240.34558
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2420.5533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3050.515
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2350.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2750.528
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7511.52897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41124701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.95631998
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3294.51975
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.317 176
Rwork0.28 3253
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 5 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 70 Å / Num. reflection Rfree: 2749 / Rfactor Rfree: 0.272 / Rfactor Rwork: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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